В мае 1944 г. нарком внутренних дел СССР Л. П. Берия, «в связи с усилившейся активностью бандпроявлений» на территории Кабардинской АССР и бывшей ЧИАССР, издал приказ о проведении чекистско-войсковой операции «по ликвидации бандитизма». Задачей операции было «полностью ликвидировать основные кадровые бандгруппы и их главарей… являющихся ядром бандформирования на Северном Кавказе», а «укрывшееся население и скот вывести из гор». Операция была проведена с 23 мая по 31 августа 1944 г. В результате ее было уничтожено 72, задержано 114 и легализовано 111 участников бандгрупп. Потери с советской стороны составили 66 убитых (в том числе 16 гражданских) и 34 раненых (в том числе 7 гражданских). Кроме того, было обнаружено и выведено из гор свыше 1 тыс. человек, избежавших депортации. Остатки выявленных бандгрупп составили: в Грозненской области — 8 банд численностью до 60 человек, в Кабардинской АССР — 4 банды до 69 человек (вместе с гражданским населением, скрывавшимся от депортации), в Дагестанской АССР — 2 банды в составе 8 человек[1316].

В ходе проведения операции было подтверждено, что в «труднодоступной местности Пригородного, Галанчожского, Шатоевского, Ботлихского и Ахалхоевского секторов» укрывается население, избежавшее депортации, и большое количество скота, а «бандиты пополняются, питаются и готовят базы на зиму за счет населения, укрывшегося от переселения». Органы НКВД полагали, что гражданское население из числа аварцев, тавлинов и др., которые «по своим особенностям и обычаям немного отличаются от чеченцев и ингушей», могли также «служить для бандитов их пособниками и укрывателями»[1317].

К сентябрю 1944 г., по оценкам НКВД, в лесах и горах осталась лишь «незначительная часть» населения, избежавшего депортации. Активность оставшихся бандгрупп утихла, банды укрылись в лесах и малодоступных местах. Перед войсками НКВД была поставлена цель — не допустить «выхода бандитов на плоскость с целью грабежа местного населения и убийства колхозников»[1318].

По состоянию на ноябрь 1944 г., в лесах и горах по-прежнему оставалась «небольшая часть» населения, избежавшего депортации, которое стало испытывать «большую тягу к легализации» в связи с недостатком в продовольствии, одежде и боеприпасах. В частности, в Галанчожском районе скрывалась группа в количестве 40 семей. Хотя большая часть мужчин из этой группы была вооружена, намерений к совершению грабежей и террористических актов они не проявляли. С группой были начаты переговоры на предмет склонения ее к легализации[1319].

К середине декабря 1944 г. в Грозненской области и Ахалхевском районе Грузинской ССР[1320] осталось 6 банд, а также некоторое количество одиночек. Отмечалось, что люди, избежавшие депортации, имеют «тяготение к добровольной сдаче». В Кабардинской АССР осталось 5 бандгрупп и некоторое количество одиночек. К концу декабря 1944 г. было легализовано 24 бандита и 22 лица, избежавшие депортации. По итогам 1944 г. органы НКВД сделали вывод, что «в горах остались немногие одиночки, которые истребляются нашими бойцами». Оставшиеся бандгруппы укрывались в основном в труднопроходимых лесных зарослях, в отстроенных землянках. В течение зимы 1944/45 г. банды активности не проявляли и шли на легализацию. С наступлением весны 1945 г. бандгруппы вновь активизировались, и мероприятия по их легализации перестали давать ощутимые результаты[1321].

В мае 1945 г. на территории Красноармейского, Советского и Первомайского районов Грозненской области и Ахалхевского района Грузинской ССР была проведена новая оперативно-войсковая операция. К этому времени на данной территории действовали 6 бандгрупп в составе 110 человек, а также скрывалось до 100 человек, избежавших депортации, в том числе старики, женщины и дети. Участники бандгрупп и мужская часть уклонившихся были вооружены. На западном берегу реки Аргун, в селениях и хуторах, населенных дагестанцами, бандгруппы имели «пособнические базы». Перед войсками НКВД была поставлена задача — перекрыть горные тропы, создать скрытые наблюдательные пункты, сколотить из местного населения группы содействия. В результате операции 5 участников банд было убито, один бандит ранен, уничтожено свыше 10 бандитских баз[1322].

Борьба с бандгруппами и выявление лиц, избежавших депортации, продолжались в Чечено-Ингушетии вплоть до 1953 г. За весь этот период было выявлено 6544 человека, уклонившиеся от депортации, и ликвидировано 36 банд в составе 338 человек[1323]. Кроме того, в период с 1944 по 1948 г. на территории бывшей ЧИАССР было задержано 28 человек, бежавших с мест поселений и вернувшихся на родную землю. В Балкарии призывы местных органов власти к бандповстанцам прекратить сопротивление желаемых результатов не давали, однако быстрое заселение предгорных сел Балкарии кабардинскими семьями в значительной степени стабилизировало обстановку. Тем не менее ликвидация остатков банд в бывшем Черекском районе и других горных ущельях Балкарии продолжалась до конца 1940-х гг.[1324]

Органы власти осознавали, что сопротивление может быть оказано и в местах нового поселения. Поэтому «для усиления охраны и предотвращения попытки к бегству с места расселения переселенных… чеченцев, ингушей, карачаевцев и балкарцев» в апреле 1944 г. в Казахстан был передислоцирован 289-й си ВВ НКВД. В местах нового поселения среди людей, депортированных с Северного Кавказа, наблюдались «сопротивленческие» настроения: «У нас на Кавказе много было банд, они и здесь из нашего брата будут»; «Они думают, что нас всех выслали, но нас всех не вышлешь, наших людей много осталось на месте»; «В данное время я решил организовать из чеченцев надежную группу, с которой мог бы совершить отсюда побег обратно на Кавказ, соединиться с оставшейся там бандой и вместе с ней действовать против Советской власти»[1325]. Однако до открытых выступлений в местах нового поселения дело не дошло.