Несмотря на политические разногласия между разными ветвями семьи из-за титула Великого Хана, экономическая и торговая система продолжала работать бесперебойно. Только иногда случались краткие перерывы в связи со спорадическими конфликтами. Иногда даже во время войны воюющие поддерживали обмен такими «хуби». Хайду, внук Хана Угедея и правитель центральной степи, часто восставал против своего двоюродного брата Хубилая. Но тем не менее, у Хайду все равно оставались также имел обширные владения вокруг китайского города Наньцзина. В перерывах между войнами с Хубилаем Хайду требовал пересылки ему Наньцзинских товаров, и, по-видимому, в обмене он позволял Хубилаю получать свою долю лошадей и других товаров от степных племен. Разделение Монгольской империи на четыре части — Китай, Могулистан, Персию и Русь — никак не уменьшил потребность в товарах из других областей. Политическая раздробленность увеличила необходимость сохранения старой системы долей «хуби». Если бы один хан отказался делиться с другими членами семьи, то и они перестали бы посылать товары на его земли. Взаимные финансовые интересы перевешивали политические раздоры.

Постоянное движение товаров постепенно преобразовало военные маршруты в монгольские торговые пути. Благодаря постоянному расширению «орту» или «ям», сообщения, людей и товары можно было бы послать караванами из Монголии во Вьетнам и из Кореи в Персию. Поскольку объемы перевозки товаров увеличились, монгольские власти искали более быстрые и легкие маршруты, чем традиционные. Именно с целью разведать новые пути Хан Хубилай и организовал в 1281 году экспедицию, которая должна была обнаружить и нанести на карту истоки Желтой реки, которую монголы назвали Черной Рекой. Ученые использовали эту информацию, чтобы создать подробную карту реки. Экспедиция открыла маршрут из Китая в Тибет, и монголы использовали его как средство включения Тибета и Гималаев в монгольскую почтовую систему. Новые связи сделали больше для торгового, религиозного и политического присоединения Тибета к Китаю, чем любые другие усилия монголов.

Во время военных кампаний монгольские чиновники старались четко определять местонахождение городов и приспосабливать карты, атласы и другие географические работы, найденные во вражеских лагерях или городах, для своих целей. По приказу Хубилая, ученые сводили воедино китайские, арабские и греческие познания в географии, чтобы создать самую сложную картографическую систему в истории. Под влиянием арабских географов, приглашенных Ханом Хубилаем, особенно Джамаля ад-Дина, мастера делали для Хубилая глобусы уже в 1267 году. На них были изображены Европа, Африка и Азия, а также соседние тихоокеанские острова.

Несмотря на то, что первичные торговые пути совпадали с теми, которые проложило монгольское завоевание, скоро стало очевидно, что хотя конные армии двигаются быстрее по суше, большие объемы товаров лучше сплавлять водным путем. Монголы расширили и удлинили Великий Канал, который уже соединял Желтую реку и Янцзы, чтобы перевозить зерно и другие сельскохозяйственные продукты в северные районы. Приспосабливая китайские инженерные технологии к новым условиям, они строили водные каналы по всей территории империи. В Юньнани, монгольский правитель создал дюжину дамб и бассейнов соединенных каналами, которые сохранились до наших дней.

Неудавшиеся вторжения в Японию и на Яву многому научили монголов в области судостроении, и когда их военные усилия потерпели неудачу, они обратили эти знание на пользу мирной торговли. Хан Хубилай принял стратегическое решение перевозить пищу в пределах его империи, прежде всего, на кораблях, поскольку понимал, что водные пути более дешевы и эффективны. В первые годы монголы перевозили на кораблях приблизительно 3000 тонн товаров, но к 1329 году объемы возросли до 210 000 тонн. Марко Поло проплыл от Китая до Персии и по возвращении домой описал суда монголов как большие четырехмачтовые джонки с тремястами матросами на борту и шестьдесятью каютами для торговцев. Согласно Ибн Баттуте, на некоторых из судов даже были даже специальные растения в кадках, их плоды использовались в пищу моряками. Хан Хубилай начал строительство еще больших мореходных джонок, которые могли перевозить тяжелые грузы в дальние порты. Они улучшили устройство компаса и научились делать более точные навигационные диаграммы. Маршрут от порта Цзайтунь в южном Китае да Хормуза в Персидском заливе стал главной морской артерией между Дальним и Ближним Востоком. Именно по нему плавали Марко Поло и Ибн Баттута.

По пути корабли монголов заходили также в порты Вьетнама, Явы, Цейлона и Индии, и в каждом монгольские купцы столкнулись с большим количеством новых товаров, вроде сахара, слоновой кости, корицы, и хлопка. Из Персидского залива корабли выходили в моря неподвластные монголам и вели регулярную торговлю с Аравией, Египтом и Сомали. Правители и торговцы в этих странах не признавали системы «хуби»; вместо этого монгольские власти установили с ними долгосрочные торговые отношения. Под защитой монголов их вассалы показали себя достойными конкурентами в торговле, так же как сами монголы показали себя прекрасными завоевателями. Поэтому они стали доминировать в торговле на берегах Индийского океана.

Чтобы расширить торговлю на новые земли вне монгольского протектората, они поощряли некоторых из своих вассалов, особенно южные китайцев, эмигрировать и обустраивать торговые станции в иноземных портах. За время правления монгольской династии тысячи китайцев уехали из дому, чтобы обосноваться в городах Вьетнама, Камбоджи, Малайского полуострова, Борнео, Явы и Суматры. Они работали главным образом в области погрузки товаров и торговли, но постепенно стали проникать и в другие профессии.

Чтобы выйти на европейские рынки непосредственно, без длинного обхода через южные мусульманские страны, монголы поощряли иностранцев создавать торговые посты на границах империи по берегам Черного моря. Хотя изначально монголы грабили такие торговые посты, уже в 1226 году во время правления Чингисхана они разрешили генуэзцам держать торговый дом в Каффе в Крыму, а позже и еще один в Тане. Чтобы защищать эти торговые посты на земле и на море, монголы выслеживали пиратов и грабителей. В книге «Практика торговли», коммерческом руководстве, изданном в 1340 году, флорентийский торговец Франческо Бальдуччи Пеголотти подчеркивает, что маршруты в монгольский Китай «совершенно безопасны и днем, и ночью».

Открытие новых торговых маршрутов в сочетании с разрушением производства в Персии и Ираке монгольским нашествием, создало новые возможности для китайского производства. Завоевание монголами Китая было намного менее разрушительным, чем военные кампании на Ближнем Востоке, и Хубилай начал усиленно проталкивать традиционные китайские товары на эти рынки, а также занялся приспособлением арабских и индийских технологий в Китае. Благодаря своим «хуби», члены монгольской правящей фамилии контролировали большую часть производства по всей Евразии, но они зависели от торгового класса, который перевозил и продавал эти товары. Монголы превратились из воинов в акционеров, но они не имели никакого таланта или желания становиться еще и торговцами.

Такая привязанность монгольской элиты к торговле представляла собой заметный разрыв с традицией. От Китая до Европы аристократы обычно презирали торговое ремесло как недостойное, грязное и безнравственное. Кроме того, экономический идеал феодальной Европы того времени требовал не только, чтобы каждая страна была абсолютно самостоятельной экономически, но даже чтобы отдельные поместья могли существовать сами по себе. Прибыли от торговли не должны были тратиться на приобретение других товаров, которые могли бы пригодиться крестьянам, их следовало использовать для покупки предметов роскоши для аристократов или реликвий для церкви. В феодальной системе зависимость от привозных товаров была равносильна разорению.