Хубилай и его придворные утверждали, что вторжение завершилось успехом, так как Монголы победили японскую армию в кратком сражении на суше; последующие жертвы и уничтожение почти всего флота казалась им менее важными. Поэтому он вновь отправил послов в Японию в следующем году и потребовал, чтобы император сам приехал в монгольскую столицу в знак покорности, после чего Хубилай утвердил бы его в качестве монгольского наместника в Японии. Однако японцы тоже считали, что они победили, хотя и потерпели поражение в битве, и отклонил требования монголов. С новой верой в свои силы и защиту со стороны своих богов японцы совершили самое страшное с точки зрения монголов преступление — они казнили посланников, отрубив им головы и пролив их кровь на землю, а затем выставили головы для всеобщего осмеяния.

Хубилай приготовился к новой экспедиции. Японцы начали строить собственный небольшой флот, чтобы бороться с захватчиками на воде, а вдоль берега они возвели каменную стену, чтобы затруднить высадку монгольских войск.

В 1279 году от Хубилая в Японию прибыла последняя дипломатическая миссия, японцы казнили всех послов, и обе стороны, стали готовиться к неизбежной войне. На сей раз монголы вторглись с двух направлений. Они отправили еще один флот из Кореи, а вслед за ним должны были прибыть из Китая 3500 судов, с 60 000 моряков и 100 000 солдат на них. Теперь они вышли в море летом, а не осенью.

В конце мая 1281 года корейский флот прибыл на место, и, несмотря на отчаянное сопротивление японцев, в течение нескольких дней, они снова захватили острова в проливе. Но монгольские планы на море оказалось не так легко и просто осуществить как на суше. Китайские суда столкнулись с многочисленными трудностями и задержками. Когда корейский флот приплыл в залив Хаката, монголы ждали, что с юга их поддержит китайская армия, но та все не появлялась. Японские укрепления помешали успешной высадке войск, и завоеватели оказались запертыми на своих кораблях. Духота и июльская жара привели к быстрому распространению эпидемий среди солдат. По ночам корабли подвергались нападениям небольших японских лодок, в задачу которых входило более сеять панику и беспорядки, чем наносить врагам какой-либо серьезный ущерб. В виду невозможности высадки измотанный ночными нападениями корейский флот 30 июня отплыл, чтобы возвратиться на остров Такасима и ждать там прибытия южного флота. Тот прибыл две недели спустя. Войска были измотаны, больны и провели в море гораздо больше времени, чем планировалось. Тем не менее, вся армада все же вновь приплыла в Японию в середине августа. И вновь разыгрался шторм, который переворачивал корабли и разбивал их о берег. В этот раз погибло более ста тысяч человек. Нескольким судам удалось спастись, чтобы затем поведать историю этого несчастливого похода.

Вторжения Хубилая в Японию потерпели неудачу, но они оказали огромное влияние на японскую социальную и политическую жизнь, подтолкнув Японию к культурному объединению под властью военной элиты. Монголы, тем временем, сделали вид, будто ничего вообще не произошло, и забыли про Японию. Они стали искать более легкие цели для дальнейших завоеваний.

Монгольские завоевания на суше продолжались. Несмотря на ужасающие трудности, возникшие из-за тропической жары и неизвестного ландшафта, монгольская армия успешно воевала в Бирме, Аннаме, северном Вьетнаме, и Лаосе. Несколько юго-восточных азиатских царств, включая Чампу в южном Вьетнаме и Малабар на побережье Индии, добровольно приняли власть монголов. На самом деле это покорение было скорее номинальным, чем реальным, так как монголам не хватало людей, чтобы эффективно управлять этими странами. Впрочем, новые подданные исправно посылали дань к монгольскому двору, включая слонов, носорогов, и даже, как говорят, зуб самого Будды. Обмен данью и подарками служил тонкой церемониальной маскировкой для обычной торговли, которая постоянно набирала в обороты.

Монголы не только преуспели в объединении китайского государства; в то же самое время, их влияние помогло сплотить небольшие царства на границах империи. Монголы начали с того, что объединили вечно враждующие царства Корейского полуострова. Точно так же в Юго-восточной Азии, которая оставалась вне зоны прямого управления монгольскими чиновниками, под их влиянием сформировались новые нации, ставшие основанием для рождения современных Вьетнама и Таиланда. До монгольской эры та область, которая сегодня составляет Таиланд, Лаос, Вьетнам и Камбоджу, была подчинена индийской культуре и подражала архитектурным стилям, религиозным методам, и мифологии индуистской Индии. Монголы и китайские иммигранты, которых они привезли с собой, создали новую гибридную культуру, которая впоследствии стала известна как индокитайская.

На островах современной Индонезии монголам повезло меньше. В 1289 году Хубилай отправил посла на Яву, чтобы тот предложил тамошнему монарху те же условия сдачи, что и соседним царствам, но он опасался, что монголы могут ослабить яванский контроль над торговлей специями с Молуккских островов. Яванский монарх заклеймил лицо посланника и послал его назад к Хубилаю, который приказал готовить армию вторжения, чтобы покорить Яву и отомстить ее царю. В 1292 году новопостроенный флот в одну тысячу судов и лодок с двадцатью тысячами солдат на борту отплыл с годовым запасом пищи в трюмах. Он прибыли на Яву в 1293 году. Монголы легко одерживали одну победу за другой и вскоре даже убили преступного царя Явы. Но именно тогда они попали в ловушку. Будучи уверенными, что новый царь Явы готовится церемонно заявить о своей покорности, монгольские предводители угодили в засаду, многие из них погибли, а оставшиеся войска с позором отступили с острова.

Хубилай не смог приспособить успешную военную стратегию монголов к заморским кампаниям. Древние методы верхового охотника, которые его дед положил в основу монгольских войн на суше, нельзя было перевести на язык морских походов. В отличие от прежних морских государств, вроде Рима и Афин, которые контролировали замкнутый окоем Средиземного моря, монголы превратили Китай в океанскую сверхдержаву. В этом отношении, монголы предвосхитили новый тип имперской власти, основанный на военно-морских армадах, которые появились в Испании, Англии, и Нидерландах в последующих столетиях.

Однако, в то время поражения Хубилая в Японии и на Яве положили восточный предел Монгольской империи. Точно так же поражение в битве с египетскими мамелюками в 1260 году отметило юго-западную границу, как и добровольный отказ от Польши и Венгрии — северо-западную. Таким образом, между 1242 и 1293 годами Монгольская империя достигла своего его высшего предела. Четыре сражения отметили внешние границы Монгольского мира — ими стали Польша, Египет, Ява и Япония. Земли внутри этих границ перенесли разрушительные завоевания и радикальные политические перемены, но теперь их ждали столетие мира и беспрецедентный коммерческий, технологический и интеллектуальный взрыв, подобного которому еще не было в истории.

Каждую весну, когда стаи журавлей пролетали через северный Китай, хан Хубилай ждал их, растянувшись на шелковой кушетке, покрытой шкурами тигров, в красивом позолоченном павильоне, установленном на спинах четырех слонов, которые достались ему как часть дани из Бирмы. Он был уже слишком толст, чтобы ехать верхом, и его мучила подагра. Поэтому хан выезжал на охоту таким образом. Когда он был готов охотиться, крыша павильона опускалась и открывала его взору небо, усеянное тысячами летящих журавлей. По знаку Хубилая, сотни сокольничих, выстроившихся по обе стороны от слонов, снимали кожаные колпачки с голов птиц, и охотничьи соколы, сапсаны и орлы взлетали вверх. Они мчались за журавлями, хватали их одного за другим и приносили своему хозяину.