В общей сложности русские отряды при отступлении с КВЖД потеряли около 100 человек погибшими и пропавшими без вести, включая не только военнослужащих, но и железнодорожных служащих и членов их семей.

Китайцы проявили крайнюю жестокость по отношению к тем русским, кто попадал в их руки. С другой стороны, отступающие русские отряды не были ограничены в применении оружия против мирного населения китайских деревень, через которые они отступали.

По мере отхода русского персонала с КВЖД все более актуальным становился вопрос о дальнейшей судьбе дороги. Комментируя это, Приамурский генерал-губернатор Н.И. Гродеков еще 11 июля 1900 года доносил Военному министру:

«Считаю теперь вопрос об усилении охранной стражи не отвечающим обстоятельствам. Стража эта свою роль выполнила, но с самого возникновения серьезных тревог оказалась бессильной…

Сила сопротивления почти 5 тысяч отборных русских людей фактически свелась на нет; железная дорога разгромлена, престиж наш подорван. Теперь очевидно, что участь постройки нами Китайской железной дороги может быть решена только силой оружия.

Надо сначала завоевать Маньчжурию, необходимы войска, необходимо объединение всего дела в руках одного Военного министерства».

Все это обусловило необходимость проведения в Маньчжурии решительной военной операции российских войск.

Только с окончанием военных действий в Маньчжурии русский персонал вернулся на КВЖД, полотно и постройки на трассе были в кратчайшие сроки восстановлены и сданы в эксплуатацию.

В мае—июне 1900 года военно-политическая обстановка в Приамурье обострилась до предела. Китайская сторона усиливала свои пикеты вдоль реки, укрепляла оборону населенных пунктов. Китайское население, проживавшее на территории России, в массовом порядке отзывалось за Амур. Российская сторона готовилась к войне.

12 июня началась мобилизация местного населения.

26 июня последовало Высочайшее повеление о вступлении русских войск в Маньчжурию. 29 июня первый отряд под командованием генерал-майора Сахарова в составе четырех батальонов, трех сотен, 26 орудий и команды саперов уже двинулся из Хабаровска и Благовещенска вверх и вниз по Амуру и далее вверх по Сунгари.

Благовещенск начал подготовку к обороне 1 июля. На заседании городской Думы было принято решение создать 6 участков обороны и сформировать городское ополчение в количестве 1000 человек. Но никаких конкретных шагов к организации обороны вплоть до 1 июля предпринято не было.

Военный конфликт на Амуре начался 1 июля 1900 года. В этот день российский пароход «Михаил» с пятью баржами, груженными артиллерийским имуществом, шел из Благовещенска в Харбин и был встречен ружейным огнем в районе Айгуня. Китайцы сигналами приказали прекратить движение по реке.

На пароходе в качестве охраны находилось всего 10 солдат во главе со штабс-капитаном Кривцовым.

Прибывшие на борт российского судна три китайских офицера заявили, что из Пекина получен приказ, запрещающий плавание по Амуру. Для объяснений айгуньский амбань потребовал к себе капитана и офицера с корабля-«нарушителя». На переговоры с китайскими властями пошел сам Кривцов с одним из своих солдат. После встречи с амбанем они были направлены под конвоем в сторону Благовещенска берегом реки. По пути русские военнослужащие были «связаны, подверглись разным оскорблениям, насилиям и угрозам быть убитыми».

Через три часа — к 13.00 по местному времени — к району конфликта подошел пароход «Селенга», на борту которого находился пограничный комиссар Амурской области подполковник Колыымидт со взводом казаков Амурского казачьего полка.

Оценив обстановку, подполковник Колыимидт приказал капитанам обоих судов продолжать плавание. Китайцы открыли огонь из ружей и артиллерийских орудий, пытаясь остановить «нарушителей». В ответ казаки с «Селенги» начали обстреливать китайские береговые сооружения. Объединенный отряд вернулся в Благовещенск, понеся потери: семь человек, включая самого Кольшмидта, были ранены. Серьезный ущерб был нанесен пароходам и грузам.

В тот же вечер военный губернатор Амурской области генерал-лейтенант К.Н. Грибский снарядил отряд в составе двух рот пехоты от 2-го Восточно-Сибирского линейного батальона, трех взводов артиллерии (6 орудий) 2-й батареи 2-й Восточно-Сибирской артиллерийской бригады и сотни казаков Амурского казачьего полка для того, чтобы «очистить свободный путь нашим пароходам по Амуру мимо Айгуня». Отряд был отправлен по левому берегу Амура к Айгуню, находившемуся всего в 37 км от Хабаровска.

Вместе с сухопутным отрядом в экспедицию были отправлены и оба парохода — «Селенга» с двумя орудиями на борту и «Михаил». Их задача заключалась в содействии сухопутному отряду, прежде всего при необходимости организации переправы на правый (китайский) берег реки. На борту «Селенги» в качестве командира экспедиции находился сам генерал К.Н. Грибский.

2 июля, когда русский отряд спустился по реке ниже пограничного поста № 1, с китайской стороны был открыт сильный огонь из ружей и артиллерийских орудий. По оценкам генерала К. Грибского, на правом берегу Амура китайцы соорудили целую полосу укреплений и огневых сооружений общей длиной около 12 км, в которых сосредоточили большое количество войск с 40 орудиями. К вечеру 2 июля огневой бой с китайцами был прекращен в связи с тем, что русский отряд услышал артиллерийскую канонаду, раздававшуюся со стороны Благовещенска, и вынужден был немедленно вернуться в город. Русские потери составили 2 матроса убитыми и 6 ранеными; оба парохода были сильно повреждены.

В воскресенье 2 июля 1900 года в 18.35 с правого берега со стороны Сахаляна по Благовещенску был открыт сильный беспорядочный ружейный и артиллерийский огонь. По оценкам, в тот момент на китайской стороне находилось около 2 тысяч пехоты и 8 орудий.

В самом городе Благовещенске 2 июля находились две роты 2-го Восточно-Сибирского линейного батальона, местная команда, два легких орудия, сотня казаков и запасные нижние чины, вооруженные топорами. Начальником гарнизона был оставлен полковник Волковинский.

Китайский обстрел продолжался почти три часа, вызвав в городе панику и беспорядки. Часть местных жителей стала покидать город, другие, вооружившись чем попало, бросились на берег реки для отпора возможной переправе китайцев. В городе произошли столкновения с местными китайцами, принятыми за переправившегося врага. Толпа из 3 тысяч горожан окружила оружейный склад, требуя немедленной выдачи оружия. На руки горожанам было роздано без всякого учета 546 ружей.

Когда паника немного улеглась, оказалось, что ущерб от китайской акции оказался не слишком серьезным. Повреждения городских зданий и сооружений оказались «незначительными». Однако в результате китайского нападения было убито 3 и ранено 6 человек. В то же время русский ответный огонь разрушил и поджег в китайском Сахаляне «казарму и много жилых фанз».

На следующий день китайский обстрел вновь повторился и продолжался до 20.00. Русская сторона потеряла ранеными 2 человек.