В соответствии с условиями русско-китайского секретного договора в августе 1896 года китайский посланник в Берлине подписал с Русско-Китайским банком соответствующий контракт. Для практического решения задач по строительству и организации эксплуатации железной дороги банк специально создал Общество Китайско-Восточной железной дороги. По высочайше утвержденному 4 декабря 1896 года уставу это общество получило также права на ведение хозяйственной деятельности вдоль линии будущей железной дороги, прежде всего разработку каменноугольных месторождений.

Концессия на эксплуатацию Китайско-Восточной железной дороги предоставлялась русской стороне на 80 лет со дня открытия движения по всей линии. Через 80 лет КВЖД должна была быть передана китайскому правительству, однако, по условиям соглашения, Китай имел право выкупить железную дорогу через 36 лет.

Правление общества КВЖД было образовано в начале 1897 года и находилось в Петербурге, а его отделение — в Пекине. В состав правления входили: председатель, назначаемый китайским правительством, и девять членов. Вице-председателем правления был назначен инженер С.И. Кербедз, директором-распорядителем — инженер Циглерфон-Шафгаузен, главным инженером (строителем) дороги — инженер А.И. Югович, его заместителем (помощником) — инженер С.В. Игнациус. Правление общества по назначению китайского правительства возглавил Сюй Цзинчен, бывший посланник при берлинском и петербургском дворах. Судьба этого деятеля впоследствии оказалась трагической: в 1900 г. он был казнен в Пекине в ходе «боксерского» восстания «за службу русскому делу».

Русское правительство взяло на себя обязательство гарантировать Обществу КВЖД покрытие всех расходов. Фактически строительство дороги перешло в руки Комитета сибирских железных дорог и лично министра финансов С.Ю. Витте.

Первым этапом деятельности общества КВЖД являлись изыскательские работы на местности. Предполагалось, что на завершение всех работ по строительству и наладке железной дороги потребуется 6 лет.

В апреле 1897 года первая партия русских инженеров и техников из Владивостока была направлена в Маньчжурию для проведения изыскательских работ. 4 августа того же года состоялась торжественная церемония освящения начала земляных работ по сооружению железной дороги. Она проходила на пограничной реке Уше, недалеко от Никольское-Уссурийское.

Первоначальными планами предусматривалось сооружение железной дороги через всю Маньчжурию с запада на восток. Однако вскоре после целой серии территориальных захватов европейских держав в Китае и получения Россией прав на аренду на 25-летний срок Порт-Артура и Даляня на Ляодунском полуострове встал вопрос о сооружении железной дороги вплоть до этого района.

Концессия на южную ветку КВЖД была оформлена в июне 1898 года. Начальником этой линии был назначен инженер Ф.О. Гиршман.

Экономическое и военно-стратегическое значение Порт-Артура для России было огромным. Это был фактически единственный выход России к незамерзающим портам Тихого океана. Поэтому для России было так важно связать этот ключевой район надежным сухопутным сообщением с собственно территорией России.

В 1898 году в Северо-Восточном Китае развернулись крупномасштабные строительные работы. К концу мая 1900 года строительные работы продвинулись столь быстро, что сдача железнодорожной линии в эксплуатацию ожидалась уже в 1902 году.

В административном плане вся Китайско-Восточная железная дорога была разделена на три части:

— западную от Кайдолово до Харбина;

— восточную от Харбина до Никольского;

— южную от Харбина до Порт-Артура. Протяженность главной трассы составляла 1535 км и

южной ветви — 1054 км. Общая длина железной дороги достигала 2580 км. Однако с учетом подъездных путей и боковых вспомогательных веток длина всех железнодорожных путей достигала 3 тысяч км. На трассе началось сооружение и реконструкция 107 железнодорожных станций, поселков, городов, в том числе Харбина и Дальнего, а также целого ряда мостов, туннелей и других объектов.

Все три части КВЖД делились на 22 участка во главе с собственным инженером и техническим персоналом. Всего на железной дороге было задействовано 150 русских инженеров и техников, а также внушительный медицинский персонал — 24 врача и 75 фельдшеров. Должности технического персонала дороги — мастеров, десятников и мастеровых (слесарей, кузнецов) — занимались рабочими из России. Прочий же персонал железной дороги численностью 100 тысяч человек набирался среди местного населения. В ведении всего этого огромного по численности предприятия находились значительные пространства Маньчжурии, по которой проходила сама железная дорога.

Для несения охраны и поддержания внутреннего порядка на КВЖД была специально создана русская охранная стража, набиравшаяся преимущественно из запасных нижних чинов под начальством кадровых офицеров. Специфика статуса охранной стражи состояла в том, что их содержание производилось не из государственного бюджета, а за счет фонда самого общества КВЖД.

Формирование корпуса охранной стражи, по предложению Военного министра, было поручено командиру 4-го Закаспийского стрелкового батальона полковнику А.А. Гернгроссу. Первые пять сотен стражи (Терская, две Кубанских, Оренбургская и смешанная, состоящая частично из нижних чинов Закаспийского батальона) прибыли из Одессы во Владивосток в декабре 1897 года. В 1899 году прибыло еще 14 сотен казаков с Кавказа и Урала. В 1898—1899 гг. было сформировано и размещено вдоль дороги 8 рот охранной стражи численностью 2 тысячи человек, набранных из числа солдат, служивших в войсках на Дальнем Востоке. Однако Высочайшим повелением еще в октябре 1898 года Обществу КВЖД было разрешено постепенно довести численность охранной стражи до 5 тысяч человек.

Служба в охранной страже засчитывалась как действительная, причем отличалась целым рядом льгот (в частности, два дня службы засчитывались за три). Охранная стража имела российское военное обмундирование, однако погоны и знаки различия отсутствовали. Кокарды и знаки в петлицах несли изображение дракона.

Охрана дороги осуществлялась смешанными постами по 3—4 человека и более крупными отрядами в городах и портах. Кроме линии железной дороги охранялась также река Сунгари и лесозаготовки.

К июню 1900 года общая численность охранной стражи достигала 69 офицеров и 4658 нижних чинов.

С началом восстания «боксеров» в Китае для усиления охраны железнодорожных путей КВЖД началось наращивание численности охранной стражи. 2 июня министр финансов обратился к императору с просьбой об увеличении численности охранной стражи до 6 тысяч человек. Согласие на это он сразу получил.

19 июля 1900 года Военный министр обратился к императору с предложением немедленно перевести в запас почти 3 тысячи солдат из Московского и Киевского военных округов, изъявивших желание перейти на службу в охранную стражу КВЖД. В том же докладе отмечалось, что численность стражи достигла 8 тысяч человек — и, по плану, должна была возрасти в ближайшее время до 11 тысяч солдат и офицеров.