Постепенно отряд Мищенко, отбиваясь от постоянных атак китайских войск и «боксеров», вырос численно за счет присоединения к нему отдельных групп и застав охранной стражи с КВЖД и подошедшей на помощь роты 7-го Восточно-Сибирского полка из Квантуна. 1 июля отряд Мищенко, отступив к Дашицяо, соединился с русскими войсками, двигавшимися с Квантуна.

За весь период отступления от Ляояна потери отряда Мищенко составили 50 военнослужащих и 5 железнодорожных служащих, из которых убито — 18; ранено — 22; контужено — 4; без вести пропало — 6.

Действия отряда Мищенко нашли высокую оценку со стороны администрации КВЖД. Инженер Гиршман 1 июля донес в Главный штаб:

«Само предприятие Мищенко, при слабых силах отряда, недостатке лошадей и обоза и свидетельствуемых им самим высоких качествах, прекрасном вооружении и многочисленности неприятеля, рискованно и, вероятно, вполне бесполезно.

Мнение Мищенко подтверждает мое мнение о необходимости быстрой, сильной помощи для спасения дороги.

Служащие сообщают, что путь вполне разорен. Подвижной состав, мосты, здания, склады сожжены; телеграф уничтожен; рельсы развинчены. Разгром полный…».

Отступление русских служащих и охранной стражи с других участков Южной ветви КВЖД оказалось не менее трагическим. 23 июня китайцы напали на станцию Суетунь между Мукденом и Ляояном, где находилось в то время 5 служащих и 12 чинов охранной стражи. Русский отряд отбивался до последнего патрона, а затем попытался прорваться врукопашную. В короткой ожесточенной схватке в живых остались лишь пятеро. С большими трудностями и лишениями им удалось по реке Ляохэ 13 июля добраться до Инкоу и выйти к своим. Один из пятерых вскоре умер от изнеможения. Остальные русские погибли, а над их телами надругались, вырезав на груди кресты.

Еще более трагической оказалась судьба русского отряда в Мукдене. После нескольких дней провокаций и диверсий, 23 июня, китайские войска силой 5 тысяч человек начали наступление на русский гарнизон, состоявший из 39 чинов охранной стражи и 21 служащего, в числе которых было две женщины.

Первый налет китайцев русский отряд под командованием поручика Валевского отразил. Видя безвыходность дальнейшего сопротивления, в ночь на 24 июня русские отступили на юг вдоль железной дороги, стараясь обходить китайские населенные пункты стороной. По пути к ним присоединялись одиночные солдаты и группы охранной стражи. К вечеру 24 июня отряд Валевского наткнулся на многочисленные китайские войска. Русскому отряду пришлось «прочистить» дорогу штыками. Взяв одну из маленьких станций, Валевский нашел «два русских трупа, ужасно изуродованных, с отрубленными головами и руками и вскрытой грудью».

Продолжавшееся несколько суток днем и ночью движение отряда поручика Валевского закончилось во многом трагически. Не застав в Ляояне русских войск, которые к тому времени уже успели покинуть этот город, Валевский решился отступать не на юг, где было много китайских войск, а на восток — к корейской границе.

28 июня русский отряд был завлечен в засаду китайским проводником. В ожесточенном бою поручик Валевский погиб, получив смертельное ранение.

Гибель командира вызвала панику и разногласия в рядах русского отряда. Инженер Б.А. Верховский отказался возглавить отряд и незаметно отделился от него с группой в 10 человек, намереваясь пробиваться к югу. Остальная часть отряда в количестве 58 человек под командованием унтер-офицера Филипенко продолжила путь к востоку, как и планировал погибший Валевский.

После целого ряда трудностей и лишений, ожесточенных стычек с китайцами отряд Филипенко 8 июля достиг корейской территории, где был «радушно принят корейцами». За весь период отхода его потери составили 12 человек, включая поручика Валевского, 10 нижних чинов и одного служащего. Пройдя 340 километров в тылу противника, отряд в составе 56 человек добрался до Сеула, а затем — Порт-Артура.

Судьба отколовшейся от общего отряда группы инженера Верховского была трагична. Эта группа вскоре вновь разделилась, и уже маленькие группки русских просачивались в направлении юга и востока. Большинство из них попало в плен к китайцам, 5 человек были замучены в плену до смерти. Самого Верховского китайцы убили, отрезали голову и выставили ее в клетке на обозрение на крепостной стене в Ляояне. Тело русского инженера не было найдено, а голова только 16 сентября специально отряженной русской военной экспедицией была захоронена.

Отступление русских гарнизонов на Южной ветке железной дороги, находящихся севернее Мукдена, производилось в сторону Харбина. Гарнизон Телина под командованием штабс-капитана С.А. Ржевуцкого, состоявший из 200 чинов охранной стражи, мужественно отражал атаки и нападения китайцев начиная с 20 июня.

В ночь с 24 на 25 июня, получив информацию о подходе регулярных китайских войск, Ржевуцкий решается отступить в сторону Харбина. Вместе с его отрядом выступили 200 служащих с семьями и 250 китайцев-христиан. Отряд шел с ежедневными боями, неся большие потери. Одновременно отряд вырос численно почти в два раза за счет присоединения к нему русских гарнизонов и караулов.

7 июля отряд вошел в Харбин, потеряв 10 человек убитыми и умершими, 30 — ранеными и 3 — без вести пропавшими.

Харбин — главный административный центр русской железной дороги. Город был основан в 1898 году, именно здесь основная трасса КВЖД соединялась с Южной веткой. Река Сунгари связывала этот город с Амуром и, соответственно, с российской территорией.

С самого начала обороны Харбина главный инженер А.И. Югович и генерал-майор А.А. Гернгросс отправили из города по реке Сунгари семьи служащих железной дороги. На пароходах из Харбина в Россию были переправлены помимо семей документация и деньги правления железной дороги. 11 июля ушел последний транспорт, увозивший раненых при отступлении с КВЖД рабочих и охранников. На обратном пути все пароходы везли в город оружие и боеприпасы. Город готовился к осаде.

Главную роль в осаде Харбина сыграли войска из Хуланьчена — города, находившегося в 7—8 километрах к северу от Харбина. Во всех окрестных китайских населенных пунктах велась активная пропаганда против иностранцев, в отряды повстанцев вербовались добровольцы, китайские войска вели активную боевую учебу.

Цицикарский цзянцзюнь Шоу Шань готовился к войне, но наступать на Харбин не решался. Он надеялся, что русский гарнизон покинет город добровольно. Шоу Шань предлагал А. Юговичу временно покинуть Маньчжурию со всем русским персоналом, пока китайские власти не наведут порядок в стране.

Однако когда Россия в конце июня заявила о вводе своих войск в Маньчжурию, Шоу Шань объявил о мобилизации войск для защиты от русского вторжения. В послании Юговичу цицикарский цзянцзюнь писал: «Обе страны находятся в войне между собой. Война объявлена давно, вследствие общего раздражения нашего народа, и ни наш император, ни я, цзянцзюнь, не можем восстановить порядок. Надеюсь, что вы прикажете своим войскам жестоко сражаться, но не убивать беззащитных жителей».

В ответ на это главный инженер КВЖД ответил, что «войны между Китаем и Россией не существует и что ее не будет никогда».