3 июля в город вернулся отряд генерала К. Грибского. С учетом всех подразделений, общая численность русских войск в Благовещенске составила 1300 человек пехоты, 600 казаков и 8 орудий. Для обороны подвергшегося нападению Благовещенска и для восстановления судоходства по Амуру из Хабаровска и из Забайкалья началось формирование и выдвижение подкреплений в составе 9 батальонов пехоты, 8 сотен казаков, 30 легких орудий, 2 мортир, 12 медных орудий.

Обстановка на Амуре вызвала серьезную озабоченность у Военного министерства. А.Н. Куропаткин направил послание К.Н. Грибскому, в котором выразил свое крайнее неудовлетворение: «Надеюсь, что по сборе необходимых сил и средств вы проявите со всеми вверенными вам чинами огромную энергию к полному поражению китайцев. Этим вы изгладите тяжелое и невыгодное для вас впечатление, результат незнакомства вашего с тем, что происходит на другом берегу Амура против Благовещенска».

5 июля Военный министр послал короткую телеграмму-молнию Приамурскому губернатору генералу Н.И. Гродекову в Хабаровск:

«Незнакомство генерала Грибского с тем, что происходило у него на глазах против Благовещенска, производит недоумение и тяжелое впечатление».

Такие оценки неизбежно вызывали соответствующие шаги Амурского генерал-губернатора, который вынужден был своей энергией и жесткостью принимаемых мер реабилитировать себя в глазах Петербурга.

По донесению генерала К. Грибского, доложенному Всеподданнейшим докладом российскому императору, китайских войск на линии Айгунь — Благовещенск было около 18 тысяч человек с 45 орудиями. Из Цицикара выдвигалось подкрепление с 10 орудиями. Генерал К.Н. Грибский уже 3 июля доносил Военному министру свои принципиальные соображения: «Произведенное движение отряда по левому берегу Амура к Айгуню и бомбардировка Благовещенска показали, что нам приходится иметь дело с противником серьезным своею многочисленностью, массою выбрасываемых снарядов, что свидетельствует о больших огнестрельных запасах китайцев».

3 июля цзянцзюнь Хэйлунцзяна Шоу Шань телеграфировал Приамурскому генерал-губернатору Н.И. Гродекову в Хабаровск о том, что, в связи с переходом русскими войсками границ Маньчжурии, он приказал китайским войскам открывать огонь по ним. Это предупреждение последовало вслед за изданием 28 июня воззвания «К властям и населению Маньчжурской провинции Дайцинского государства от Приамурского генерал-губернатора и командующего войсками Приамурского военного округа», в котором говорилось о решении России ввести свои войска для защиты КВЖД.

Обстановка на Амуре становилась все более неуправляемой и опасной.

В ночь с 4 на 5 июля 1900 года китайский отряд с 18 орудиями переправился через Амур в Зазейский район, населенный в основном маньчжурами. Китайцы потеснили русские отряды и сожгли казарму поста № 1. Однако атака противника была отбита казаками. В этот район был послан небольшой отряд под командованием полковника Печенкина, командира Амурского конного казачьего полка. Пограничные посты № 1 и 2 еще накануне были усилены крестьянской дружиной численностью в 480 человек.

6 июля левый берег Амура был очищен от противника. По приказу генерала К. Грибского вслед за этим и все маньчжурское население Зазейского района было в течение пяти суток выселено на правый берег Амура, а жилые дома китайцев сожжены крестьянскими дружинами.

В Благовещенске и всей Амурской области было введено военное положение.

С 6 июля русское военное командование начало организовывать и проводить ночные вылазки в расположение китайских войск с разведывательными и диверсионными целями. В ночь на 6 июля отряд под командованием подпоручика Юрковского численностью в 150 человек переправился через Амур, завязал бой в районе деревни Сахалян и сжег несколько китайских фанз. Китайцы были ошеломлены дерзостью русских и понесли большие потери. В ночной схватке погибли командир отряда и один солдат.

Подобные акции предпринимались русским командованием и в последующие ночи. Так, 13 июля от Верхне-Благовещенска вверх и вниз по реке были посланы два казачьих разъезда. В донесении по итогам казачьей вылазки говорилось: «Сотник Резунов внезапно напал на китайский пикет, изрубил, поджег деревню. Потерь нет».

В ночь на 17 июля отряд казаков численностью 60 человек с тремя офицерами под командованием Генерального штаба капитана Запольского скрытно переправился на китайскую сторону реки. В бою погиб сотник Резунов, и один казак был ранен. Потери китайцев составили 20 человек убитыми. Русский отряд захватил 2 орудия и вернулся утром в город.

Вылазки против китайцев не были ограничены окрестностями Благовещенска. К.Н. Грибский издал приказ, в котором призвал казаков «снять» все китайские пограничные караулы. Большинство постов было уничтожено станичниками, но некоторые разбиты совместными действиями казаков и проходивших войск. В течение нескольких дней русские стали хозяевами положения на Амуре, опасность вторжения неприятельских сил была устранена.

Военные действия, начавшиеся между русскими и китайцами на Амуре, спровоцировали резкое ухудшение и так достаточно натянутых отношений местного русского населения к китайцам, проживавшим и работавшим на российской территории. Насилия над китайцами, отмечавшиеся уже с середины июня, после 2 июля стали массовыми. Военный губернатор Амурской области К.Н. Грибский, учтя «массу просьб избавить город от проживающих в нем китайцев, якобы злоумышлявших поджечь город», приказал собрать и отправить за Амур всех китайцев. Полицейскими, к которым присоединились мобилизованные горожане, был прочесан город. Всех китайцев собрали в полицейские участки, к тем, кто сопротивлялся, применили силу. Некоторые китайцы, опасаясь погромов, сами искали спасения в полиции. Горожане вполне обоснованно опасались присутствия большого количества китайских подданных в Благовещенске в такой критический момент.

Общее количество оставшихся в Благовещенске китайцев неизвестно. В официальном докладе К.Н. Грибский говорил о 2800 человек, а в письме Приамурскому губернатору речь шла о 4—5 тысячах.

В официальном обзоре русского военного ведомства, посвященном анализу военных действий в Китае, подробно описана акция по выселению китайского населения из Благовещенска:

«Недостаток войск и оружия и появившиеся в городе прокламации «Большого Кулака» о том, что будто бы в ночь на 4 июля назначены, при содействии находившихся в городе китайцев, общая высадка маньчжур и грабеж города, усилили беспокойство горожан до высшей степени. При таких обстоятельствах местные власти пришли к сознанию необходимости выселения китайцев на противоположный берег Амура. В этом смысле и даны были инструкции полиции генерал-лейтенантом Грибским (без указания подробностей), причем самую переправу он приказал совершить у поселка Верхне-Благовещенского, в 7 верстах от города. Общее число китайцев, подлежащих выселению, предполагалось в 800 человек; в действительности же их оказалось несколько тысяч.

Первая партия китайцев была отправлена полицмейстером Благовещенска титулярным советником Батаревичем 4 июля, о чем предварительно было сообщено председателю Амурского войскового управления полковнику Карпен-ко-Волковинскому. Последний отдал приказание подъесаулу Плотникову отправиться в поселок для наблюдения за порядком при переправе, а поселковому атаману приказал наблюсти, чтобы «ни один китаец не оставался на нашей стороне», и переправлять их вплавь. Впоследствии привлеченный к следствию по этому делу полковник Волковинский оправдывался тем, что перевозочных средств было мало, да и тех нельзя было дать из опасения, чтобы ими не воспользовался неприятель.