В отличие от космополита Хубилая Арик-Буга жил так же, как и остальные кочевники в степи. Как младший сын он получил титул Князя Домашнего Очага и теперь мог претендовать на титул Великого Хана, как его отец, которого Мункэ посмертно сделал Великим Ханом. К тому же Арик-Буга пользовался большим доверием внутри Золотой Семьи, так как представлял меньшую угрозу для их власти над их собственными царствами, а имперские настроения Хубилая вызывали некоторые опасения. В полном согласии с монгольским законом Арик-Буга созвал курултай на родине в Монголии. Вдова Мункэ и его сыновья поддержали его кандидатуру, также как и большинство родичей, кроме двух братьев, Хулагу и Хубилая. В июне 1260 года представители всех ветвей семьи провозгласили Арик-Бугу Великим Ханом на курултае в Каракоруме.

Тем не менее, Хубилаю удалось осуществить государственный переворот. Следуя совету своих китайских придворных, Хубилай созвал курултай на своей земле. Вряд ли кто-то еще приехал, кроме его приверженцев, но все равно этот маленький совет провозгласил его Великим Ханом. Чтобы добиться верности и подчинения от своих китайских подданных, он еще провозгласил себя императором в том же году и принял имя Чжунтун, Срединный Властитель. Этот титул был переводом-калькой монгольского обозначения Великого Хана, как управителя центрального лагеря между войсками Левого и Правого крыла.

Каким бы необычным ни казалось избрание Хубилая с точки зрения монгольских законов, он твердой рукой управлял китайской армией и своим собственным военным контингентом монголов. Но что важнее всего, он контролировал поставки пищи и продуктов в Каракорум. Население степной столицы монголов сильно разрослось и уже никак не могло прокормиться только за счет стад скота в округе. Несмотря на попытки начать обрабатывать вокруг города землю, Монгольский климат оказался слишком суровым для сельского хозяйства. Без постоянных и обширных поставок из земледельческих территорий, которые контролировал Хубилай, Каракорум оказался бы на грани голода.

Хубилай прекратил поставки и отправил армию на захват Каракорума. Арик-Буга отчаянно сопротивлялся, но его войска постоянно отступали под давлением огромных китайских армий Хубилая. Каракорум быстро пал, но в 1261 году Арик-Буга сумел ненадолго восстановить контроль над городом. Войска враждующий ханов встречались в битве еще два раза, но армия Арик-Буги скоро ослабла и стала разваливаться, союзники его покинули, убедившись, что молодой хан никогда не сможет справиться со своим старшим, опытным и, вероятно, более умным братом. Окончательно подкосила его самая страшная напасть, которую знали монголы — падеж скота. В 1250–1270 гг. в Монголии снизилась среднегодовая температура. В такой хрупкой экологической системе как монгольская это имело ужасающие последствия: сократилось количество осадков, выросло меньше травы и животные стали умирать от голода. Без сильных коней и дополнительных поставок пищи из обильных земель Хубилая Арик-Буга оказался просто не в силах вести затяжную войну. Зима 1263 года выдалась особенно холодной и жестокой, и когда пришла весна, Арик-Буга понял, что проиграл. Не в силах накормить своих сторонников, он отправился в Шанду, где и сдался на милость Хубилая в 1264 году.

Когда после многолетней борьбы братья, наконец, встретились, Хубилай принудил Арик-Бугу провести прилюдный ритуал изъявления покорности. Перед собравшимися придворными Хубилай стал допрашивать брата, требуя ответить на чьей стороне была правда в их борьбе за титул Великого Хана. Арик-Буга еще не потерял своей гордости и ответил: «Раньше — на нашей, теперь — на твоей». Другие члены семьи, даже Хулагу, были настолько оскорблены тем, как Хубилай прилюдно унизил своего брата, что они послали ему официальные жалобы. Хубилай созвал еще один курултай, теперь уже на территории Монголии, чтобы решить судьбу Арик-Бути и подтвердить свой титул. Несмотря на потрясающее численное превосходство китайской армии Хубилая, Золотая Семья не прибыла на совет. Родичи готовы были признать власть Хубилая над захваченными им землями, но они не хотели принимать участие в суде над Арик-Бугой, которого они сами утвердили на престоле Великого Хана, а также они не собрались рисковать, отправляясь на курултай, с которого могли и вовсе не вернуться. В отсутствие кворума Хубилай публично простил своего брата. Он судил и казнил многих его приверженцев, но единственным наказанием, которое он наложил на Арик-Бугу, был запрет появляться при дворе. Вскоре в 1266 году, к вящему удобству Хубилая, Арик-Буга, не достигший еще старости, вдруг заболел и умер. Можно с большой уверенностью утверждать, что его отравили.

Теперь Великим Ханом Монгольской империи стал Хубилай. Он владел самой многочисленной армией на планете и правил самой густонаселенной территорией. Однако, победа далась ему дорогой ценой: некоторые члены монгольской Золотой Семьи отказались признать его законным правителем, или в лучшем случае, только на словах признали его верховенство, но в остальном не обращали на него внимания и продолжали вести между собой бесконечные пограничные войны.

Как и четыре фонтана Серебряного Древа, Монгольская империя разделилась теперь на четыре основных зоны влияния. Хубилай правил Китаем, Тибетом, Манчжурией, Кореей и восточной Монголией, но постоянно вынужден был подавлять восстания в Монголии и Манчжурии. Золотая Орда правила славянскими землями и постоянно отказывалась признавать Хубилая Великим Ханом. Земли, которыми правил Хулагу и его потомки, от Афганистана до Турции стали известны как Ильханат или «вассальная империя». Именно там после веком арабского владычества вновь расцвела персидская культура, заложившая основу для появления современного Ирана. Наиболее традиционные монголы жили в центральной степи, которая получила имя Могулистан и располагалась на территории современных Казахстана и Сибири на севере и через Туркестан и Среднюю Азию до Афганистана на юге. На некоторое время они объединились под властью правнука Удегея и Туракины, Хайду. Он правил из Бухары и соперничал с властью Хубилая, но вскоре эти земли рассыпались на множество небольших княжеств.

Более трех десятков лет Каракорум служил столицей Монгольской империи, но теперь монголы под предводительством Хана Хубилая сами разграбили и практически разрушили его. На короткое время он стал центром, сердцем всего мира. Во время разграбления Каракорума монголы разобрали Серебряное Древо и увезли его.