По сравнению с победами и завоеваниями Хулагу на Ближнем Востоке успехи его брата Хубилая в борьбе против Южной Сун оставались весьма умеренными. Исполнению планов монголов на востоке мешало отсутствие у Хубилая заметного военного опыта. В отличие от братьев, которые сражались в Европе и на Ближнем Востоке, Хубилай провел большую часть жизни в монгольских землях к югу от Гоби. Там он держал двор более пышный и благородный, чем даже в Каракоруме. Войнам и битвам он предпочитал пиры и увеселения. Он растолстел да еще и страдал от подагры, что, несомненно, не добавляло ему привлекательности в качестве военного предводителя на боевом коне. Получив приказ от брата, хана Мункэ, Хубилай начал вести открытые приготовления к войне, но его армия достигла только довольно скромных успехов в войнах против пограничных с Сун княжеств на западе Китая. Хубилай продвигался очень медленно. В дополнение к трудностям, которые возникли с расширением на юг, у него было множество тружностей с управлением уже подчиненных ему земель: их разрывала религиозная рознь. Буддисты и даосисты вовсю боролись между собой и мешали хану готовиться к войне.

Вместо того, чтобы посылать в Каракорум вести о победах и караваны захваченных богатств, Хубилай посылал одно за другим письма с извинениями за задержки и описания неожиданно возникших осложнений. Ученые, благорасположенные к Хубилаю, объясняют это тем, что он был зрелым и благоразумным политиком и хотел действовать с осторожностью и в полном порядке, а не спонтанно, прекрасно сочетая монгольские и китайские стратегические и тактические приемы. Другие считают, что он был просто лишен обычного монгольского военного таланта, а неудач ему удалось избежать только благодаря общему импульсу монгольского нашествия и военному превосходству его воинов и военачальников.

Хан Мункэ был сильно разочарован. Он отправил особых людей расследовать все дела связанные с военным походом Хубилая.

Эти чиновники обнаружили достаточно доказательств коррупции и мошенничества при дворе Хубилая и казнили многих его приближенных, а также лишили его самого многих финансовых прерогатив и обязанностей. Следователи вели себя примерно так же, как и когда проводили чистку в клане Удегея, и казалось, что не только власть, но и сама жизнь Хубилая стоит сейчас на кону.

Мункэ призвал Хубилая в Каракорум, официально, чтобы разобраться с путаницей в налогообложении и других финансовых вопросах, а на самом деле, чтобы спросить с него за все, а особенно за отсутствие военных успехов в войне против Сун. Некоторые советники рекомендовали Хубилаю воспротивится желанию брата, но он не послушал их и приехал в столицу, а там отдался на милость своего старшего брата. Хубилай униженно просил прощения и клялся в верности.

Он разжалобил Мункэ и тот открыто простил его и примирился с ним. Тем не менее, это мало помогло разрешить конфликт между ними и еще меньше — добиться успеха в завоевании земель династии Сун. Раздосадованному Мункэ пришлось придумать новый план.

Осенью 1257 года, когда войска Хулагу двигались к Багдаду, Хан Мункэ собрал небольшой семейный курултай в долине Хорхонаг на реке Онон, неподалеку от священной горы Бурхан Халдун. Там ему стало ясно — или, во всяком случае, он ясно объяснил это родичам — что ему придется вести кампанию против сунского Китая самому. Хан Мункэ много воевал в европейских походах, и учился военному делу у самого заслуженного монгольского военачальника Субэдея. После смерти его учителя в 1256 году он был, наверное, самым лучшим монгольским военным лидером в империи. На время своего отсутствия по военным делам он доверил управление империей и заботу о своих детях своему младшему брату Арик-Буге. Хан Мункэ приказал Хубилаю возвратиться в свои земли и положить конец религиозной распре между буддистскими и даосскими монахами.

Мункэ использовал старинную военную стратегию своего деда, которая заключалась в том, чтобы наносить удары сперва по меньшим и слабейшим целям, а лишь затем направлять все усилия на достижение главной цели. Для Мункэ это означало, что следует начать завоевание соседних земель, таких как Сычуань на западе и Юньнань на северо-западе. Если бы монголам удалось установить контроль над этими территориями, они смогли бы ударить по династии Сун со всех сторон одновременно. В мае 1258, всего через три месяца после того, как Хулагу разграбил Багдад, хан Мункэ перевел войска через Желтую реку. Меньше чем за год они прошли от холодной реки Онон на границе Сибири до влажных и теплых южных земель.

Быстро подчинив себе соседние княжества, на второй год военной кампании Мункэ начал боевые действия собственно против династии Сун, но погода изменилась, стало невыносимо жарко. С таким климатом Мункэ и большинство его солдат не сталкивались ни в родной Монголии, ни в своих европейских походах. Многие монголы страдали от кровавого поноса, видимо, от дизентерии. Впоследствии по лагерю стали распространяться и другие инфекционные заболевания. Хан Мункэ тоже заболел, но выздоровел, — а затем, 11 августа 1259 года он неожиданно умер. Исторические источники расходятся во мнениях о причинах его смерти. Китайцы пишут, что он умер от холеры, персы — что от дизентерии, а другие утверждают, что его сразила вражеская стрела. Смерть Хана Мункэ парализовала империю, и завоевание остановилось.

Вместо того чтобы броситься сломя голову в Монголию, дабы принять участие в выборах нового Великого Хана, как это происходило до сих пор после смерти предыдущих трех Великих Ханов, каждая фракция старалась как можно более обезопасить свои земли. На Ближнем Востоке победоносный Хулагу оккупировал самые богатые земли и города в империи; он владел богатством большим, чем все остальные владыки империи вместе взятые. Он уже наложил руку на часть великолепных азербайджанских пастбищ, которые раньше принадлежали его двоюродным родичам, правившим Русью. Опасаясь утратить и другие свои земли, они закрепились на своих территориях и не думали даже отправляться в Монголию на выборы. Ни Хулагу, ни Золотая Орда (так стали называться наследники Джучи в Европе) не хотели рисковать своими уже завоеванными вотчинами, чтобы бороться за титул Великого Хана.

Монгольская империя достигла своих наибольших размеров при Хане Мункэ, последнем из потомков Чингисхана, которого все монголы признавали Великим Ханом. Впоследствии разными частями империи правили многие ханы, и многие из них претендовали на то, что они полноправные наследники Чингисхана, но ни один из них не был признан всеми фракциями и кланами. Хан Мункэ начал, но так и не закончил вторую Монгольскую мировую войну. Она не закончилась ни победой, ни поражением; она просто потухла.

Его братья вели эпизодические войны, но они больше занимались друг другом, чем внешними врагами. Хубилай вдруг отвлекся от покорения династии Сун и стал бороться за титул Великого Хана со своим младшим братом Арик-Бугой, который правил Монголией из Каракорума. Каждый из них созвал отдельный курултай на своей территории. Разница между двумя кандидатами и, главное, их сторонниками была очевидной и прозрачной. Более образованный Хубилай получил земледельческие районы, где бесспорной популярностью пользовалась китайская культура. Он никогда не пользовался особым доверием или расположением других членов Золотой Семьи. Хубилай любил города и строения. Он, казалось, чувствовал себя удобнее во дворце, чем в традиционном гэре, и, вероятно, даже немного говорил по-китайски. Он настолько отошел от обычного монгольского образа жизни, что вокруг него образовалась некая аура чуждости, которая так никогда и не покинула его.