Генеральный капитул в 1206 г. узаконил порядок выбора магистра. В приниципе он был таким же, как в 1170 г. Когда магистр чувствовал приближение смерти, он призывал к себе наиболее верных и честных братьев и вручал им свою печать. После его кончины печать передавалась в Конвент, который теперь управлял Госпиталем до созыва Генерального капитула. На капитул собирались все братья в Латинской Сирии вместе с европейскими приорами и другими компетентными и достойными членами ордена. Магистерская печать полагалась в середине собрания, и выбирался брат для ведения дебатов. Председательствующий по совету капитула выбирал брата-священника, брата-рыцаря и брата-сержанта. Эти трое выборщиков, известные позднее как триумвират, назначали четвертого, четверо выбирали пятого; и так продолжалось до тех пор, пока не собирался комитет из 13 человек. Председательствующий и капитул давали обещание ратифицировать решение выборщиков, простого большинства которых было достаточно для принятия окончательного решения.

Генеральный капитул 1262 г. постановил, что магистры должны избираться из братьев-рыцарей. Явно с намерением предупредить проявление насилия во время выборов в 1283 г. был принят указ, согласно которому ни один брат в пределах Конвента в период между смертью одного магистра и назначением другого не должен был иметь при себе оружия. Однако реальных перемен в порядке выборов не происходило вплоть до правления Жана де Вильера. Ни текст статута, принятый им в 1295 г., ни дополнение к нему, сделанное в 1297 г. Генеральным капитулом, до наших дней не сохранились. Можно только утверждать, что многие были недовольны выборами. В 1302 г. прошли реформы, в результате которых, по-видимому, было принято следующее правило: представители ланжисов в капитуле должны выбирать делегатов в комитет в составе семи человек, который уже выбирает триумвират. Не важно, относились ли эти реформы к XIII в. или к более позднему времени, но они имели большое значение. Они лишили Генеральный капитул права выбора магистра и наделили им представителей конвентуальных братьев на Востоке. Генеральный капитул 1262 г. рассматривал вопрос о том, какие действия необходимо предпринять в случае, если магистр попадет в плен к сарацинам. Все еще была свежа в памяти катастрофа, постигшая орден. Гийом де Шато-нёф был узником египтян с 1244 по 1250 г. Был принят указ, согласно которому госпитальеры, вышедшие живыми из подобной стычки, совместно с другими братьями, оказавшимися поблизости в данной местности, где она происходила, должны назначить брата для управления орденом до созыва Генерального капитула. Этот капитул должен был выбрать заместителя магистра, который был обязан приложить все усилия по освобождению магистра ордена.

Вновь избранные магистры приносили клятву. В 1172 г. папа Александр III напомнил им, что впредь они должны давать обещание хранить древние и мудрые обычаи ордена и прислушиваться к советам капитула в важных делах. В 1206 г. магистр торжественно обещал капитулу придерживаться добрых обычаев и статутов ордена, вести дела ордена, учитывая советы братьев, соблюдать указы Генерального капитула и следить за их соблюдением братьями. Подобная клятва привела к серьезным ограничениям власти магистра, но в то же время он снискал большой авторитет. В орденских правилах часто подчеркивалось, что власть была дана магистру Богом. Магистр был отцом, а братья были его детьми, которые смиренно повиновались ему во имя Христа. За открытое выступление против магистра изгоняли из ордена. Он пользовался привилегиями, и его почитали – братья снимали головные уборы в его присутствии. На нем лежала обязанность осуществлять общее управление орденом. Он принимал братьев и собратьев, надзирал за бейлифами, брал на себя общее командование во время военных кампаний, следил за сбором пожертвований и отчитывался за финансы Госпиталя. Он созывал Генеральный капитул и был его председателем. Он принимал окончательное решение после проведения судебного разбирательства. У магистра было право облегчать повинности братьев и проявлять милосердие к тем, кто подвергся наказаниям. Несмотря на ограничение властных полномочий магистров, еще в конце XIII в. они могли принимать авторитарные решения.

У первых двух магистров, Герарда и Раймонда дю Пюи, было несколько разных титулов. Именно в правление дю Пюи титул magister получил всеобщее распространение, хотя в дальнейшем на некоторых особенно важных документах и на печатях встречается надпись pauperum Christi custos. Титул Великий магистр (magnus magister) появляется в XII в., но во всеобщее употребление он входит только после 1489 г. К 1206 г. были разработаны этикет его двора и все остальные атрибуты, полагавшиеся ему по должности. Генеральный капитул разрешил магистру иметь боевого коня, арабского скакуна и мула. Его должны были сопровождать грум (слуга) и 3 эсквайра (оруженосца), все на конях, и 2 брата-рыцаря, его компаньона, каждому из них полагалось по 4 коня. За домашним хозяйством магистра следил брат-сержант, который был его сенешалем. Магистра сопровождали священник и причетник, которых обслуживали эсквайр, писарь, туркопол, повар и ковочный кузнец. Багаж перевозили на двух вьючных животных, к которым был приставлен погонщик. Количество обслуги в следующем столетии почти удвоилось. В 1268 г. у магистра уже было два писца, а к 1300 г. его уже обслуживали камердинеры. В 1302 г. Гийому де Вилларе было разрешено иметь до 4 коней и мулов, 4 грумов, 3 конных эсквайров, комнатного пажа, мальчика на посылках, 3 сержантов-пехотинцев, знаменосца, 2 рыцарей-компаньонов с 3 лошадьми, 2 эсквайрами и 2 грумами. У его сенешаля было 2 коня, эсквайр и слуга. В услужении у него также были священники, каждый из них имел коня и эсквайра, который управлял мулом или конем, которые перевозили их имущество; 2 писца, каждый с лошадью и грумом, кузнец, повар и поваренок, дворецкий и цирюльник.

Во второй половине XII в. символами магистерской власти были ремень, кошелек и печать. Магистр имел свою печать почти со времени учреждения своей должности. Однако в течение XII в. у него появились еще два предмета: свинцовая висячая печать, которая первоначально была большой печатью ордена, и восковая печать, которой скреплялись менее важные документы. Несмотря на то что форма печати в середине XIII в. немного изменилась, свинцовые печати в своей основе выглядели как прежние: свинцовые диски, свешивавшиеся на белой и красной шелковой тесьме. На лицевой стороне было изображение магистра, преклонившего колени перед патриаршим крестом, по обеим сторонам которого стояли буквы альфа и омега, а по окружности диска было написано его имя. На обратной стороне находились два изображения одного человека: возлежащего на тюфяке и на похоронных дрогах. Восковую печать начали использовать до 1206 г. Она была отпечатана на черном воске и не имела обратной стороны, но на лицевой стороне был изображен поясной портрет магистра с крестом на левой стороне груди. Вокруг него тоже было написано его имя.

В управлении орденом магистр опирался на ведущих членов Конвента. Термин «конвент» обозначал любой дом, где постоянно проживали братья, но в узком смысле слова он обозначал резиденцию администрации ордена в Иерусалиме, Акре и Лимасоле и госпитальеров, там проживавших. Впервые это название появляется в 1140 г.; к 1170 г. он обрел узнаваемые черты, а в XIII в. уже было несколько известных конвентов.