В то же время госпитальеры были намерены обеспечить права свидетелей и ввести наказание за ложное обвинение. В Уставе было сказано, что ни один брат не может выдвинуть обвинение против другого брата, до тех пор пока не будет доказана его вина. Если истец не может доказать правоту своей жалобы, то он будет подвергнут такому же наказанию, что и обвиняемый, в случае если была бы доказана его вина. Если официал пожаловался на своего подчиненного и не смог доказать его вины, то ложно обвиненный брат мог передать свое дело командору и потребовать, чтобы бейлиф назначил временного председателя капитула для слушания дела. Стремление иметь непредвзятого председателя в процессе судебного разбирательства также можно увидеть при обсуждении вопроса о правах братьев. Когда Конвент собирался потребовать разбирательства в отношении Гийома де Вилларе в 1299 г., он обратился к магистру с просьбой назначить брата на свое место для слушания дела, потому что он был заинтересованной стороной.

Наличие статутов, служивших доказательством вины, подтверждает ценное собрание судебных разбирательств, сохранившихся с первых лет XIV в. Порядок рассмотрения дела в каждом отдельном случае был одним и тем же, шла ли речь о жалобе, или обсуждался вопрос о чьем-либо праве. Обвинитель выдвигал иск и требовал судебного разбирательства, а затем излагал свое дело, на которое отвечал ответчик. Иногда обе стороны обменивались вопросами и ответами. Свидетелей вызывали и допрашивали отдельно или приводили статью Устава в качестве доказательства вины. Если свидетели отсутствовали, ответчика заставляли клясться. Затем начинались прения между братьями, продолжавшиеся до тех пор, пока не приходили к общему решению; во многих случаях это делалось большинством голосов.

Одной из наиболее поразительных черт этого судебного процесса была его формальная сторона. Подчеркивалось, что даже в случае убийства брат, который однажды уже был осужден за нанесение ран, приведших к смерти потерпевшего, не может быть судим вторично, и таким образом он избегал наказания за убийство. Предполагалось, что иск против него должен быть отложен до тех пор, пока не наступит возможная смерть его жертвы. Вопрос о принятии во внимание нового доказательства уже после проведения судебного разбирательства долго изучал капитул в 1303 г., но решил, что вынесенное решение уже не может быть отменено. К законам ордена и особенно к Уставу относились с глубоким уважением; его доказательные статьи имели большой вес в суде. В 1290-х гг. Гийом де С. Стефано советовал братьям, проводящим разбирательство, сверяться с Уставом, руководствоваться его положениями и практикой его применения. Если решения найти не удастся, говорил Гийом, то в таком случае надо прибегнуть к помощи Священного Писания, обратиться к канонам, гражданскому и естественному праву, хотя он и признавал, что не все судьи разбираются в законе.

Система наказаний для братьев ордена была тщательно продумана и подобна тем, что существовали в других духовно-рыцарских орденах. Самым легким наказанием было немедленное лишение брата либо вина, либо пищи или того и другого вместе. Для более серьезных нарушений Устава были предусмотрены различные наказания. Все они подпадали под понятие правосудие (justice), и их могли налагать только после судебного разбирательства (esgart). Наказание septaine означало, что обвиняемого приговаривают к порке и принудительному посту в течение недели. Quarantaine был подобен septaine, но пост продолжался в течение 40 дней. Это были самые суровые наказания. И наконец, брата лишали права носить сутану – временно либо навсегда.

Лишение вина и пищи, другими словами, принудительная диета – только хлеб и вода – было самым простым наказанием в Госпитале. Настоятель мог применить его немедленно, не обращаясь за разрешением к капитулу. И это было единственным наказанием, которое не требовало решения собрания братьев. В Сирии оно применялось по отношению к тем, кто недостойно вел себя, и его налагал магистр. К этому же наказанию мог прибегнуть маршал по отношению к тем братьям, которые ленились или нарушали правила проживания в гостинице. В обычных условиях подобные наказания в отношении братьев не могли применять конвентуальные бейлифы, хотя, возможно, Главный командор мог наказать служащих братьев. Магистр мог наказывать бейлифов, и он также мог применить в отношении своего Конвента всеобщее наказание. На Западе право на это имели приоры и командоры в своих владениях.

Наказание septaine вело в некоторых случаях к тому, что брата лишали доспехов и он переводился в разряд служащих братьев. Пороли брата на заседании капитула или в церкви; после исполнения наказания брат обменивался Поцелуем мира с настоятелем. Он должен был есть с пола, не пользуясь салфеткой, в течение недели, и ему давали только хлеб и воду по средам и пятницам. Septaine назначали в случае незначительных нарушений Устава: за хулиганство, несоблюдение субординации и недолжное поведение, за самовольную отлучку, за нарушение формы одежды, за мелкие нарушения положений Устава, особенно связанных с поведением в церкви и за трапезой, за непослушание в незначительных делах, за недостаток внимания в отношении чиновников администрации. В более серьезных случаях новый брат получал подобное наказание за свою неопытность.

Наказание quarantaine было серьезным наказанием для бейлифов, которые в таком случае автоматически теряли свой пост. Неудивительно, что оно применялось к ним при нарушении ими своих обязанностей. Бейлифам также грозило наказание, когда их признавали виновными в применении насилия в отношении братьев ордена и в других случаях, в серьезных нарушениях Устава и субординации, в незаконных связях с мирянами и информировании их о положении в ордене.

Существовало два вида наказаний, известных как «лишение сутаны» и «лишение общения с орденом». В первом случае, который оговаривался в самой первой редакции Устава, приговоренный к наказанию мог вновь обрести право ношения сутаны, отбыв определенный срок ссылки. Его бичевали крепкими розгами, а затем изгоняли из ордена. Время изгнания, вероятно, могло меняться. В 1283 г. брат мог лишиться права носить сутану на год, но в 1303 г. ему, по-видимому, могли вернуть монашеское одеяние в течение краткого времени. Братья, пожелавшие вернуться в орден, должны были предстать перед капитулом по истечении срока ссылки. Повторный прием им гарантирован не был, и во многих случаях решение вопроса предоставлялось на усмотрение магистра или приора и капитула. После возвращения к ним относились некоторое время как к «чужакам», и они могли подвергнуться наказанию quarantaine. Оно налагалось за тяжелые проступки, такие как блуд, грабеж, дезертирство, убийство христиан, воровство, лжесвидетельствование в важных делах, насилие против брата, приведшее к его ранению, обман, непослушание, угроза перейти на сторону сарацин, отчуждение собственности ордена без получения на то разрешения, неподобающее отношение к братьям. Некоторые тяжело согрешившие братья – к ним относились убийцы своего собрата – могли вернуть себе право ношения сутаны, только обратившись с просьбой к самому магистру и Конвенту на Востоке.

Брат навсегда терял право ношения монашеского облачения, если обнаруживалось, что он лгал при приеме в орден и был женат, имел долги или иные обязательства или был членом другого ордена; если он выдавал себя за рыцаря, а был бастардом; если он был болен проказой. Те, кто трижды предпринимал попытку оставить Госпиталь, могли получить разрешение перейти в другой орден. Для тех, кто вступил в Госпиталь неосознанно, подвергнув жизни братьев опасности не по своей вине, и проявил раскаяние по причине этого, существовали дисциплинарные меры и менее строгие виды наказаний. Однако еретиков, перебежчиков к сарацинам, бежавших с поля боя и сдавших крепости без приказа, ждало бесповоротное исключение из ордена. Также изгонялись содомиты, лжесвидетели, заговорщики, вступившие в союз с мирянами, с намерением поднять восстание против магистра.