Образ жизни госпитальеров зависел от правил, принятых в Конвенте, где они совместно жили и молились. Однако, как и в других монашеских орденах, правила общежития на протяжении XII–XIII столетий менялись. На Востоке здания конвентов, по-видимому, располагались отдельно от самого Госпиталя. В Иерусалиме все строения образовывали единый комплекс к югу от храма Гроба Господня и занимали западную часть района, известного в наши дни как Муристан. Здесь же находились монастыри Богородицы Латинской и Большой Богородицы. В юго-западном углу Муристана находился древний греческий монастырь, сохранившаяся церковь которого стала храмом Конвента госпитальеров, хотя они также посещали молельню, располагавшуюся ближе к Гробу Господню. Здания конвента были построены вокруг византийской церкви, к северу от которой был большой госпиталь для бедняков и гостиница для пилигримов. В 50-х гг. XII в. здания были достроены и отремонтированы, и в 1163 г. в них проживало 400 рыцарей. Предполагается, что здание госпиталя имело 230 футов (70,1 м) в длину и 120 футов (36,6 м) в ширину; его арочные своды поднимались на высоту 18 футов (5,5 м). Все западные путешественники, приезжавшие в XII в. в Палестину, восхищались этим строением, а посещавшие город арабы считали его необычайно красивым. Вплоть до падения Иерусалима в 1187 г. госпиталь принадлежал его владельцам госпитальерам. После завоевания Саладином Святого города братья были лишены права проживать в нем, хотя 10 госпитальеров остались на год в Иерусалиме для ухода за больными. Христиане вновь заняли Иерусалим между 1229 и 1244 гг., и, несмотря на то что госпитальеры сразу же вернули себе свои здания, штаб-квартира возвращена им не была. Правление ордена осталось в Акре, где у него был новый госпиталь.

Госпитальеры с самого начала XII в. владели домом в Акре, а госпиталем – по крайней мере с 1172 г. После 1192 г. они значительно перестроили орденские здания в центре города, увеличив их площадь. Были также построены склады и магазины. Братья, однако, переехали в другую часть Акры. В середине XIII в. проявилось разделение между госпиталем для малоимущих пилигримов, который стали называть Ospital или Palais des Malades, и жилыми помещениями для братьев ордена, названными auberge (фр. «постоялый двор, гостиница»). В auberge, первое упоминание о котором относится к 1230 г., был дортуар, или общая спальня, и кельи. На картах Акры XIII в. указано его местоположение в пригороде Монмусар. Это место носило название Винь-Нёв (Vigne Neuve, фр. «новый виноградник»). Возможно, в 1260 г. здание было достроено, когда орден приобрел земельный участок поблизости. Госпиталь для пилигримов-бедняков остался в городе, и вокруг него постепенно сосредоточились все другие монастырские строения. Территория, принадлежавшая ордену, представляла собой прямоугольник и располагалась в центре города. На одной стороне был госпиталь, большое здание с центральным двором, вероятно окруженное портиком. С другой стороны, ближе к первой стене города стояла большая крепость, фланкированная башнями, позднее получившая наименование Дворец магистра. На картах она была помечена как «Госпиталь», а в документе 1252 г. названа «манором». Через всю территорию проходила дорога, отделяя манор от гостиницы и церкви конвента Святого Иоанна. Госпиталь и церковь ныне не существуют, их руины простояли до конца XVII в. От Дворца магистра уцелели внушительные залы XIII в., один из которых, с большой долей вероятности, был трапезной, к которой примыкали кухни и несколько комнат. Трапезная разделена на две части огромными столбами, похожими на те, что были возведены в 1300 г. в кафедральном соборе Фамагусты. Восточная часть территории была, вероятно, занята большими складами, посреди которых стояли величественные ворота.

Ничего не сохранилось от монастырских строений в Лимасоле.

Братья отходили ко сну после вечерни, утро тоже встречали молитвой. Они спали в шерстяной или полотняной нижней одежде и в дортуаре должны были соблюдать молчание. За постельные принадлежности отвечал драпьер, в 1206 г. каждому было разрешено иметь три простыни, одна запасная хранилась в мешке. Со временем комплект белья стал более разнообразным. Понятно, что не все братья спали в дортуаре, все более явно стало проявляться стремление к комфорту и приватности, что вообще характерно для западного монашества в данный период. В 1160-х гг. магистр имел отдельное жилище, а в 1206 г. он уже располагал отдельным домом. В XIII в. он, вероятно, продолжал жить поблизости от лазарета, даже после того, как маршал и братья переехали в другую часть города. К 1302 г. магистр владел уже большим по площади домом. У маршала наверняка к 1265 г. уже было жилье в гостинице. А в 1288 г. то же самое можно было сказать о конвентуальных бейлифах и о тех, кто прежде были бейлифами. В Уставе 1206 г. говорится о братьях, которые жили в собственных кельях, а в 1301 г. некоторые из них уже имели отдельные комнаты в здании госпиталя, где им разрешалось трапезничать.

Госпитальеры были обязаны присутствовать на ежедневных богослужениях, называемых часы. По субботам братья выслушивали девять библейских чтений, посвященных Богоматери. Во время воскресной мессы и накануне ее, а также на заседаниях наиболее важных капитулов читались особые молитвы и произносились проповеди. Крестные ходы устраивались каждое воскресенье, в праздники Очищения Марии, Вознесения, Успения и в день памяти Иоанна Крестителя. Братья посещали мессу в эти праздничные дни, а также мессы рождественские и в праздники Обрезания Господня, Крещения, Благовещения, Входа Господня в Иерусалим, Пасхи, Пятидесятницы, Тела Господня, Воздвижения Креста Господня, Рождества Богоматери, Апостолов Петра и Павла и Всех Святых. Братья были обязаны причащаться трижды в год: в Рождество, на Пасху и Пятидесятницу. Каждый день они должны были 150 раз вычитывать «Отче Наш». Устав 1300 г. требовал, чтобы почитание патрона ордена Иоанна Крестителя происходило на утрене один раз в неделю в период времени между Пятидесятницей и Адвентом. После 1304 г. служилась месса Иоанну Крестителю также еженедельно и на протяжении всего того же периода.

Был составлен подробный чин погребения братьев и паломников и поминальные службы. Во второй половине XII в. существовал следующий ритуал. Покойника возлагали на возвышение, покрытое знаменем ордена, вокруг ставили свечи, и читалась Псалтырь. Все братья должны были присутствовать при погребении, за исключением тех, у кого в это время были какие-либо послушания. После 1278 г. братьев погребали в мантиях. День кончины каждого брата вписывался в календарь, и каждый год в этот день происходило его поминание. Устав предписывал служить по каждому преставившемуся брату заупокойную службу из 30 месс; причетники читали псалтырь, а мирские братья произносили 150 раз молитву «Отче Наш». Генеральный капитул разработал и одобрил последование заупокойной службы из 30 месс, дав подробные правила ее проведения. В Госпитале ордена в Иерусалиме пять церковнослужителей читали Псалтырь каждый вечер, поминая скончавшихся благотворителей. После 1262 г. торжественные вечерни и ночные бдения, на которых поминали всех умерших братьев, служились с песнопениями в последнее воскресенье перед Великим постом. В этот день звон колоколов разносился над всеми странноприимными домами госпитальеров, где труждались священники, а в первый великопостный Понедельник звучал реквием по всем почившим магистрам и братьям.