Империя Чингисхана фактически представляла собой конгломерат множества кланов. Он не стал наводить новые порядки в старой организации племен под властью наследственных вождей. Он всего лишь поставил на самом верху свою семью, Алтын Урук, то есть Золотой Род, и учредил центральное правительство, которое находилось в руках его домочадцев и соратников, а во владение свободным кланам отдал множество рабов, захваченных в племенах, которые сопротивлялись ему и проиграли. Он тысячами раздавал невольников родным и друзьям. На курултае 1206 года его мать Оэлун и брат Тэмуге-Отчигин получили по десять тысяч родов в свое пользование, а юные сыновья — по пять-шесть тысяч. Если племена и города покорялись ему без борьбы, он не вмешивался в их дела до тех пор, пока они соблюдали уважали его верховные законы и платили сборщикам налогов нелегкую дань, которой он их обложил. Чтобы крепче связать свои владения, он разработал уложение законов — Ясу, она должна была сменить собой правовые обычаи степей. В Ясе, выходившей несколькими частями в течение правления Чингисхана, излагались права и привилегии родовых вождей, условия военной и прочей службы, которую они обязаны были нести перед ханом, принципы взимания налогов, а также уголовное, гражданское и торговое право. Даже являясь верховным правителем и самодержцем, Чингисхан тем не менее хотел сделать так, чтобы и он, и его преемники были ограничены законом.

Организовав администрацию своей империи, Чингисхан тут же взялся ее расширять. Теперь он располагал значительной армией, об устройстве которой он позаботился не менее тщательно. Все мужчины племен старше четырнадцати и младше шестидесяти лет считались военнообязанными по монгольской и тюркской традиции, и ежегодные зимние охотничьи походы, чтобы запастись мясом для войск и вельмож, выполняли функцию учений и маневров для тренировки солдат. По своему характеру монголы привыкли беспрекословно подчиняться предводителям, а их вожди на своем горьком опыте узнали, что им следует так же беспрекословно подчиняться хану. Его подданных, как все кочевые племена, снедало желание уйти далеко за горизонт и страх, что истощатся их пастбища и леса. Хан предложил им новые страны, громадную добычу и толпы рабов. Они представляли собой полчище всадников, вооруженных луками и копьями, на быстрых, невысоких лошадях, причем и люди, и животные в нем с рождения привыкали к тяжелой кочевой жизни, долгим переходам через пустыни со скудными запасами еды и питья. Такого сочетания скорости, дисциплины и численности история еще не знала.

На тот момент монголы граничили с тремя могущественными государствами: империей Цзинь на востоке со столицей в Пекине; тангутским царством Си Ся в верховьях Желтой реки, где династия тибетского происхождения правила оседлым населением из монголов, тюрок и китайцев; а на юго-западе Каракитайским ханством кочевников-буддистов из Маньчжурии, которых в начале XII века согнали со своих мест императоры династии Цзинь и они ушли на запад и основали империю, отвоевав территорию у уйгуров таримского бассейна и тюрок-мусульман Яркенда и Хотана. Их правитель, имевший титул гурхан, уже представлял собой значительный фактор в политике мусульманского Востока и взял под покровительство уйгуров Турфана. Самым слабым из трех было государство Си Ся, поэтому Чингисхан и атаковал его первым. К 1212 году их хан признал его верховным владыкой. Затем последовали вторжения в Цзинь. Разгромив противника в ряде битв, Чингисхан установил свою власть над территорией вплоть до Желтого моря и Шаньдуна, но монголы не привыкли атаковать укрепленные поселения, и крупные города, обнесенные стенами, устояли против их натиска. Лишь когда на службу к Чингисхану поступил цзиньский инженер Лю Болинь, монгольские армии обучились искусству осадной войны. Но к 1226 году цзиньский император уже стал их вассалом. Уже к 1221 году монголы присоединили цзиньскую провинцию Маньчжурию, а Корея тоже признала монгольское владычество. Когда в 1223 году умер последний цзиньский император, оставшиеся его провинции вошли в монгольскую империю.

Между тем Чингисхан расширял свою власть и на юго-запад. В то время хорезмская империя Мухаммед-шаха находилась в самом расцвете. Мухаммед был хозяином всей части Азии от Курдистана и Персидского залива до Аральского моря, Памира и Инда. Его соседство беспокоило гурхана каракитаев, и он всячески старался усложнить ему жизнь, науськивая на него трансоксианских вассалов. В ходе последовавших войн Каракитайское ханство было серьезно ослаблено, и, пока Мухаммед-шах присоединял их южные территории, гурханом стал узурпатор, беглый сын найманского хана Кучлук. Кучлук, несторианин по рождению, принял буддизм после женитьбы на каракитайской царевне, но, в отличие от прошлых гурханов, устроил гонения на христиан и мусульман среди своих подданных. Его непопулярность дала Чингисхану благоприятную возможность вмешаться. Когда монгольские всадники пронеслись по Турфану, их встречали как освободителей. Уйгуры с радостью признали владычество монголов, и Кучлуку пришлось поселиться в мелком княжестве в долине Тарима.

Эта экспансия привела Чингисхана в непосредственный контакт с хорезмским государством. Мухаммед-шах был человек не того сорта, чтобы терпеть рядом с собой столь же амбициозного соперника, как он сам. Двое владык обменялись посольствами, но, когда Чингисхан потребовал, чтобы хорезмский шах признал его, хана тюрко-монгольских народов, верховным правителем, Мухаммед воспринял это как оскорбление. В 1218 году из Монголии прибыл огромный караван мусульманских купцов, а с ними сотня монголов, посланных со специальным заданием к хорезмскому двору. Когда караван дошел до Отрара на реке Яксарт, который находился во владениях Мухаммеда, местный правитель перебил всех, кто был с караваном, и присвоил товары, а половину из них послал в дар шаху. Такую провокацию Чингисхан стерпеть не мог. Видя, что война неминуема, Кучлук попытался восстановить каракитайское ханство. Но монгольский полководец Джэбэ, проведя блестящую кампанию, преследовал Кучлука с его войсками по всем его владениям и в конце концов убил его в горах Памира.

Устранив Кучлука, Чингисхан приготовился выступить на Хорезм. Это была масштабная задача. Мухаммед-шах, по слухам, мог выставить на поле боя полмиллиона воинов, а Чингисхану притом предстояло действовать в тысяче миль (около 2 км) от родных мест. В конце лета 1219 года монгольская армия в двести тысяч человек вышла из своего лагеря на реке Иртыш. В западном походе Чингисхана участвовали и его вассалы, например уйгурский хан. Мухаммед-шах, не зная точно, где ударят монголы, распределил войска между Яксартом и перевалами Ферганской долины, а его главные силы ждали врага у великих трансоксианских городов Бухары и Самарканда. Монгольская армия направилась прямиком в середину Яксарта и перешла реку у Отрара. Часть армии осталась осаждать город, что было небыстрым делом, так как монголы пока еще не поднаторели в ведении осадной войны; другая часть двинулась вниз по реке, чтобы атаковать хорезмскую армию на ее берегах; третья — вверх по реке, чтобы отрезать хорезмийцев в Ферганской долине; а сам Чингисхан с главными силами прямо пошел на Бухару. Он прибыл туда в феврале 1220 года. Жители города почти сразу же открыли перед ним ворота. Тюрки в цитадели сопротивлялись несколько дней, но затем были перебиты вплоть до последнего человека вместе с имамами, которые убеждали их не сдаваться. Из Бухары Чингисхан двинулся на Самарканд, в то время как Мухаммед-шах, не доверяя своим войскам, удалился к себе в столицу в Ургенч, что на Оксе (Амударье), возле Хивы. В Самарканде, где к Чингисхану присоединились его сыновья, захватившие Отрут, тюркский гарнизон тут же сдался, надеясь вступить в войско завоевателя. Но он не доверял столь ненадежным солдатам и всех велел казнить. Несколько горожан попытались организовать сопротивление, но все тщетно. Они тоже поплатились смертью. После этого Чингисхан послал сыновей осаждать Ургенч. Тамошняя оборона была намного внушительнее, да и ссоры между ханскими сыновьями отсрочили ее взятие на несколько месяцев. Между тем Мухаммед-шах бежал в Хорасан, преследуемый монголами под руководством самых доверенных военачальников Чингисхана — Субэдэя и Джэбэ. Он скрылся от гонителей, но погиб, сломленный и покинутый, в декабре 1220 года в бою на островке в Каспийском море.