Большое число иерархов яковитской церкви уже подчинилось Риму. В 1237 году яковитский патриарх Игнатий Антиохийский, посещая Иерусалим, принял участие в крестном ходе с латинянами, а после того, как он произнес православный Символ веры, ему дали доминиканскую рясу. По возвращении в Антиохию он привез с собой многих священников, и латинянам официально сообщили, что им можно исповедоваться яковитским священникам, если поблизости не нашлось латинских. В 1245 году папский эмиссар Андре де Лонжюмо посетил Игнатия в Мардине, где находилась его главная резиденция, и они провели переговоры об условиях унии. Игнатий был готов согласиться на угодную римской церкви словесную вероучительную формулу и административную автономию при примате Рима. Но, к сожалению, Игнатий говорил только от имени одной из фракций яковитской церкви. Между яковитами Северной Сирии и яковитами восточных и южных провинций шла война, и вторые не присоединились к унии. При жизни Игнатия его сторонники хранили верность латинянам. Но после его смерти в 1252 году возник спор из-за того, кто должен стать преемником. На какое-то время одержал верх проримский кандидат Иоанн из Халеба, но он считал, что латинские друзья оказали ему недостаточную поддержку, ибо в конце концов над ним возобладал его соперник Денис, который последовательно противостоял латинянам. Унии придерживалась лишь небольшая часть церкви, в основном в Триполи.

Труды по достижению унии главным образом взяли на себя монахи-проповедники, доминиканцы и францисканцы, которые начали действовать на Востоке вскоре после учреждения своих орденов. В маленьком Иерусалимском королевстве им было негде развернуться, однако они особенно активно действовали в Антиохийской патриархии, так как ее глава Альберт был их верным покровителем. Они все чаще сменяли собою «белых» священников в разбросанных диоцезах патриархии. Отношения патриархов с новым монашеским орденом цистерцианцев складывались не так удачно. Петр II, сам бывший цистерцианский аббат, дал им место в двух монастырях — Святого Георгия в Джубине, возле Антиохии, и в Бельмоне возле Триполи. Но патриаршество Альберта было отмечено всевозможными скандалами, так что ордену пришлось несколько раз обращаться к Риму, чтобы снова занять монастыри и восстановить патриарший авторитет.

Сам Боэмунд V мало интересовался этими делами. Он редко бывал в Антиохии, а свой двор держал в Триполи. Как и в Иерусалимском королевстве, разнородные элементы в его владениях разбегались в разные стороны, а от уничтожения их спасали только ссоры между Айюбидами и новой, огромной силой, которая начинала будоражить мусульманский мир, — империей монголов.

В 1167 году, за двадцать лет до того, как Саладин вновь отвоевал Иерусалим для ислама, далеко на берегах реки Онон в Северо-Восточной Азии, в семье монгольского вождя по имени Есугей и его жены Оэлун родился мальчик. Ребенка назвали Тэмуджин, но в истории он больше прославился под другим именем, которое получил позднее, — Чингисхан. Монголы представляли собой группу племен, которые жили в верховьях Амура и находились в состоянии постоянной войны с восточными соседями — татарами. Дед Есугея Хабул-хан сплотил их, создав тесную конфедерацию, но после его смерти государство распалось, и император династии Цзинь из Северного Китая установил свою власть на всей территории. Есугей унаследовал лишь небольшую часть прежней конфедерации, однако усилил свою власть и авторитет тем, что разгромил и завоевал несколько татарских племен и вмешался в дела самого цивилизованного из ближайших соседей — хана кереитов.

Кереиты, полукочевой народ тюркского происхождения, обитали в районе реки Орхон на территории Внешней Монголии. В начале XI века их правитель вместе с большинством подданных принял христианство несторианского толка, и благодаря обращению кереиты вступили в общение с тюрками-уйгурами, среди которых было много несториан. Уйгуры вели оседлую жизнь у себя на родине в долине Тарима и Турфанской впадине и создали алфавит для тюркского языка на основе сирийских букв. В предыдущие времена их преобладающей религией было манихейство. Теперь же манихеи под влиянием Китая все больше переходили в буддизм. Могущество уйгуров шло на убыль, но влияние их цивилизации распространилось на кереитов и тюрок-найманов, чья страна лежала посередине.

Около 1170 года умер кереитский хан Хурджакус, сын Маргуза Буюрук-хана, и его сын Тоорил не без труда вступил на отцовский престол вопреки сопротивлению братьев и дядьев. В ходе братоубийственных войн он заручился помощью Есугея, который стал его названым братом. Вследствие этой дружбы Есугей занял высокое положение среди монгольских вождей, но, прежде чем он успел сделаться главой монгольских ханов, он умер, отравленный татарскими кочевниками, с которыми разделил вечернюю трапезу. Его старшему сыну Тэмуджину было тогда девять лет.

Благодаря энергичным действиям вдове Есугея Оэлун удалось сохранить для юного наследника вождя некоторую власть над отцовскими племенами. Но детство Тэмуджина прошло небезоблачно. С ранних лет он выказал себя прирожденным лидером и был беспощаден к соперникам даже в собственной семье. Во время войн, в ходе которых он завоевал гегемонию над монголами, он некоторое время пробыл в плену у племени тайчиутов, а его жену Бортэ, на которой он женился в семнадцать лет, несколько месяцев продержали у себя тюрки-меркиты с озера Байкал. Поэтому законнорожденность их старшего сына Джучи, родившегося в этом плену, всегда вызывала некоторые сомнения. Все новые успехи Тэмуджина в основном объяснялись его альянсом с кереитским ханом Тоорилом, которого он считал отцом и который помогал ему в войнах с меркитами. Около 1194 года Тэмуджина выбрали ханом всех монголов, и он взял себе новое имя — Чингис, то есть Сильный. Вскоре после этого император династии Цзинь признал Чингисхана главным правителем монголов и заручился его поддержкой в борьбе с угрожавшими Китаю татарами. Быстрая война привела к подчинению татар власти Чингисхана.

Когда Тоорила отстранили от власти в 1197 году, именно Чингисхан его восстановил. В 1199 году Чингисхан объединил силы с Тоорилом, чтобы разгромить тюрок-найманов; но вскоре он стал завидовать могуществу кереитов. Тоорил теперь был главным владыкой Восточных степей. Он носил титул Ван-хан или Он-хан, который проник в Западную Азию в более знакомой нам и благозвучной форме Иоанн, что сделало его кандидатом на роль пресвитера Иоанна. Но это был кровожадный и вероломный человек, на удивление лишенный каких-либо христианских добродетелей, да к тому же он никогда не приходил на помощь к своим единоверцам христианам. В 1203 году он поссорился с Чингисханом. Их первая битва при Халахалджин-Элэте ничего не решила, но через несколько недель армия кереитов была уничтожена у Чжэчжэр-ундура, в самом сердце страны кереитов. Тоорил погиб во время бегства. Уцелевшие члены его семьи подчинились Чингисхану, который присоединил к своим владениям всю их землю.

Следующим народом, которых подчинил Чингисхан, стали найманы. Это произошло в 1204 году после великой битвы при Чакирмауте, где на кону стояла власть Чингисхана. В ходе войн следующих двух лет Чингисхан сделался верховным вождем надо всеми племенами между бассейнами рек Тарим и Амур и Великой Китайской стеной. В 1206 году на берегах реки Онон состоялся курултай — съезд подданных ему племен, который подтвердил его ханский титул, и он провозгласил, что его народ отныне должен называться общим именем монголов.