Несмотря на строгий тон приказа, некоторые части Красной армии не смогли или не захотели мешать махновцам уходить из Крыма. Были случаи выхода больших воинских формирований. Так, поздно вечером 27 ноября 1920 года М. В. Фрунзе отдал приказ армиям фронта об уничтожении махновского отряда во главе с Каретниковым, состоящего из пулеметного и конного полков. Этот отряд прорвался через заградительную цепь, выставленную из частей Красной армии, и двигался в направлении Перекопа.

Михаил Васильевич потребовал беспощадного уничтожения этого отряда. Для этого кроме тыловых частей 4-й армии были выделены 4-я кавалерийская дивизия Первой Конной армии и одна дивизия 3-го кавалерийского корпуса. Таким образом, было достигнуто огромное превосходство над противником. К тому же для разведки местности и маршрутов движения махновских отрядов привлекалась авиация.

Борьба с формированиями партизанского типа оказалась намного сложнее, чем с войсками регулярной армии. М. В. Фрунзе, несмотря на богатый опыт подавления басмачества в Туркестане, испытывал большие трудности в борьбе с махновцами. Приходилось планировать целые войсковые операции. 5 декабря 1920 года М. В. Фрунзе отдает очередную директиву войскам Южного фронта, в которой, в частности, указывается: «Южному фронту поставлена задача в кратчайший срок окончательно ликвидировать махновщину, дабы можно было приступить к советскому строительству и проведению продовольственной кампании.

Я решил концентрическим наступлением с северо-запада, севера и востока прижать остатки махновских отрядов к Азовскому морю и беспощадно уничтожить…

Командарму 4 с необходимым штабом немедленно прибыть в Мелитополь и взять непосредственно в свои руки управление частями, действующими против махновцев…»

Но махновцы оказывались очень живучими и маневренными. Они хорошо знали окружающую местность, легко растворялись среди местного населения, которое оказывало им всяческую помощь. Поэтому ликвидация махновщины вскоре приобрела характер карательной операции. В приказе войскам Южного фронта от 6 декабря 1920 года М. В. Фрунзе писал: «Наряду с задачей по уничтожению махновских банд стоит необходимость полного разоружения захваченного бандитизмом района и немедленная организация всех элементов беднейшего населения, могущих стать опорой советского строительства в деревне. Для достижения указанной цели приказываю:

Первое. Во всех занимаемых селах и деревнях производить поголовные обыски, отбирая имеющееся у населения оружие.

Второе. Предупреждать на сходах о том, что в случае обнаружения оружия у лиц, не сдавших его, таковые будут расстреливаться.

Третье. При всяких случаях нападения на наши части или на отдельных красноармейцев налагать контрибуции на население тех деревень и районов, в черте которых совершались нападения.

Четвертое. При расстреле виновных, а равно при взыскивании контрибуции строго считаться с классовой группировкой населения, подвергая репрессиям только кулацкие верхи деревни и оказывая за их счет всевозможную помощь беднейшему населению той же деревни.

Пятое. Политотделам частей незамедлительно заняться организацией ревкомов и комитетов незаможных селян во всех очищаемых от банд районах».

Однако ни безнадежное положение мятежных отрядов, ни высокий военный и организаторский талант командующего Южным фронтом не смогли обеспечить быстрой победы над махновщиной, имевшей глубокие корни среди местного населения. Кроме того, в рядах махновцев было немало толковых военачальников, имевших большой боевой опыт, в том числе и партизанской войны. Они уводили свои ослабленные отряды буквально из-под носа регулярных частей Красной армии. Войсковые операции, организованные М. В. Фрунзе по принципу «концентрических ударов с целью окружения и полного уничтожения противника», не достигали поставленных целей.

10 ноября 1920 года М. В. Фрунзе писал: «По последним данным, Махно, разделившись на несколько отрядов, 6–7 декабря из района с. Керменчик продвинулся на юг в район Цареконстан- тиновка, намереваясь, по-видимому, объединить действующие здесь самостоятельно банды».

Далее он в очередной раз потребовал решительного и быстрого уничтожения махновцев. Эти требования также не были выполнены. Поэтому 15 декабря Михаил Васильевич вынужден был констатировать: «Загнанный в д. Андреевка и окруженный нашими войсками, Махно вечером 14 декабря, воспользовавшись преступной небрежностью сторожевого охранения некоторых частей, прорвался на север. Успела уйти вся масса его конницы и, по-видимому, на тачанках большая часть пехоты. Около полуночи 14 декабря прорвавшаяся группа достигла Конские Раздоры. Дальнейшее направление и намерение противника еще не выяснены».

17 декабря М. В. Фрунзе объявил войскам фронта: «16 декабря в районе Федоровки, после многочасового упорного боя, основные части Махно были разгромлены. Пехота Махно была частично уничтожена, частично рассеяна. В качестве трофеев Красной армии досталось черное знамя войск Нестора Ивановича, 8 орудий, много пулеметов, оружия и большие обозы. Но сам Махно с уцелевшей конницей численностью до 500 сабель бежал».

Было организовано его преследование отряда Нестора Ивановича большими силами войск. Попутно решались и другие задачи укрепления советской власти на Украине. Специально выделенные органы работали практически в каждой деревне. Выявлялись не только люди, связанные с махновскими или другими вооруженными формированиями, но также и те, кто проявлял враждебность по отношению к советской власти, к ее продовольственной политике.

Однако все эти меры в Кремле казались недостаточными. В конце 1920 — начале 1921 года В. И. Ленин послал записку Э. М. Склянскому: «Надо ежедневно в хвост и гриву гнать (и бить и драть) Главкома и Фрунзе, чтобы добили и поймали Антонова и Махно». Следует признать, М. В. Фрунзе и били и драли…

Борьба с махновщиной все больше волновала советское правительство. В январе 1921 года Р. П. Эйдеман, имевший большой опыт борьбы с незаконными вооруженными формированиями, был назначен командующим войсками внутренней службы Украины. В этой должности он развернул карательную деятельность. Практиковал взятие заложников, расстрелы «сочувствующих», уничтожение целых сел, замешанных в связях с махновцами.

В марте 1921 года при Совете народных комиссаров Украины было создано постоянное совещание по борьбе с Махно, которое возглавил М. В. Фрунзе. Р. П. Эйдеман был назначен командующим Харьковского военного округа. В июне он становится помощником командующего вооруженными силами Украины и Крыма. Блестящая военная карьера Роберта Петровича была прервана в 1937 году. Он признался в участии в латышской подпольной организации и был расстрелян.

Но все это произошло пятнадцать лет спустя. А в 1921 и 1922 годах М. В. Фрунзе и Р. П. Эйдеман сами беспощадно боролись с теми, кто считался врагом советской власти. Они умело осуществляли руководство воинскими силами, направленными на решение этой задачи. Но Нестор Иванович с остатками своего войска был неуловим. Наконец, 26 августа, прижатые войсками Красной армии со всех сторон, остатки махновцев и их «батько» вынуждены были отступить за Днестр на территорию Румынии.