М.В. Фрунзе, будучи делегатом X съезда партии, принимает участие в подавлении кронштадского восстания, а затем, как командующий всеми вооруженными силами Украины, являлся одним из основных организаторов подавления крестьянских восстаний на территории этой республики. Против восставших крестьян и незаконных воинских формирований, которые называли «бандитскими», был проведен ряд карательных операций, в которых участвовали все рода войск. В ходе этих операций блокировались и расстреливались артиллерией мятежные населенные пункты, которые затем тщательно «зачищались». В ходе этих «зачисток» арестовывались практически все мужчины в возрасте от 18 до 60 лет, которые в последующем становились заложниками. В случае возникновения новых беспорядков или действий, направленных против советской власти на местах, заложники расстреливались.

Советские исследователи жизни и деятельности М.В. Фрунзе всячески старались не высвечивать эти стороны его биографии. В то же время в архиве имеется большое количество документов, свидетельствующих о карательной деятельности М.В. Фрунзе на Украине. Так, в частности, в одном из приказов он требует: «Бандитское сопротивление должно быть подавлено повсеместно самым жестким образом. Не нужно бояться того, что при этом могут пострадать невиновные. Села, дающие приют и пропитание бандитам, разрушать артиллерией и сжигать. Всех подозрительных допрашивать и задерживать».

Ввиду отказа Махно выполнить требования Реввоенсовета фронта о расформировании его частей… с утра 26 ноября приступили к активным действиям против махновских банд.

Из директивы командующего Южным фронтом М. В. Фрунзе от 25 ноября 1920 года

Одни из наиболее сильных крестьянских движений на юге России в годы Гражданской войны было движение под руководством Н. И. Махно. Отряды Махно состояли главным образом из крестьянства Харьковской и Екатеринославской губерний, которое не желало видеть в своих деревнях ни «белых», ни «красных», ни других завоевателей.

Нестор Иванович Махно принадлежал к числу революционеров-анархистов с большим стажем. За участие в террористических актах и «экспроприациях» еще в 1910 году он был приговорен органами власти к десяти годам каторги. После событий 1917 года Нестор Иванович был освобожден из Бутырской тюрьмы революционными силами и уехал в село Гуляй-Поле. Там он создал вооруженный отряд, который начал борьбу с германскими оккупантами и гетманскими властями Украины. В последующем отряд под командованием Н. И. Махно воевал против белогвардейцев, петлюровцев и периодически вступал в вооруженные конфликты с советскими войсками.

При этом Нестор Иванович несколько раз заключал договоры с советской властью и выступал под ее знаменами. Так, в феврале 1919 года отдельные махновские части входили в состав 2-й Украинской армии, в марте — мае 1919 года они вели борьбу с белогвардейцами на стороне советских войск на участке Мариуполь — Волноваха. Но в конце мая Н. И. Махно выступил против советской власти. Правда, вскоре после этого он снова повернул оружие против белогвардейцев, захватив совместно с частями Красной армии значительные территории на побережьях Азовского и Черного морей, установив там свои порядки. Но когда в январе 1920 года основные силы Красной армии вступили в район действия махновцев, последние начали массово вливаться в её ряды. Но когда советское командование решило перебросить отряды Махно под Ковель, они не подчинились и подняли мятеж. Весной и летом 1920 года отряды Н. И. Махно противостояли советской власти. Но в то же время Нестор Иванович также отказался и от союза, который предлагал ему П. Н. Врангель.

Балансировать между двумя силами долгое время в условиях завершавшейся Гражданской войны было очень сложно. Н. И. Махно хорошо понимал это. В октябре 1920 года в Харькове было подписано соглашение о совместных действиях между представителями Южного фронта и Н. И. Махно. Так Нестор Иванович стал союзником М. В. Фрунзе.

В соответствии с этим соглашением советская сторона не должна была преследовать махновцев, ранее оказывавших ей сопротивление, а их большой конный отряд был включен в состав Южного фронта и направлен под Перекоп, где он участвовал в операциях по освобождению Крыма.

Разгром войск Врангеля в Крыму стал и концом махновщины. Советской власти больше не был нужен ни народный вожак, ни его вооруженные отряды. Центральным комитетом партии предписывалось разоружить махновцев в Крыму, не допустив их возвращения на территорию Украины, в их базовые районы.

17 ноября 1920 года М. В. Фрунзе отдает приказ командующим 4-й, 6-й армий и председателю Крымского ревкома об организации особых заградительных отрядов в районах Сальковского и Перекопского перешейков с целью задержания и разоружения махновцев и уцелевших белогвардейцев.

23 ноября 1920 года из Харькова в Москву М. В. Фрунзе телеграфировал В. И. Ленину: «В ночь с 25-го на 26-е должна начаться ликвидация остатков партизанщины. Одновременно с телеграммой мной высылается приказ командующему Повстанческой армией». Операция по разгрому махновцев должна была осуществляться 29–30 ноября 1920 года.

Приказ М. В. Фрунзе, отданный армиям Южного фронта и доведенный до командующего Повстанческой армией, был подписан 24 ноября 1920 года на станции Лозовая, заслуживает того, чтобы быть опубликованным полностью: «ПРИКАЗ АРМИЯМ ЮЖНОГО ФРОНТА,

копия — командарму Повстанческой 24 ноября 1920 г., ст. Лозовая 23 ноября Революционным Военным Советом Южного фронта отдан следующий приказ командованию так называемой Повстанческой армии:

"В связи с окончанием боевых действий против Врангеля, ввиду его уничтожения, Революционный Совет Южного фронта считает задачу партизанской Повстанческой армии законченной и предлагает Реввоенсовету Повстанческой армии немедленно приступить к работе по превращению партизанских повстанческих частей в нормальные воинские соединения Красной армии.

Существование Повстанческой армии особой организации более не вызывается боевой обстановкой. Наоборот, существование наряду с частями Красной армии отрядов с особой организацией и задачами приводит к совершенно недопустимым явлениям. За последнее время имели место следующие факты:

12 ноября в с. Михайловке убиты и раздеты догола 12 красноармейцев.

16 ноября в с. Пологи ограблено несколько красноармейцев 124-й бригады, ехавшие за оружием в артлетучку.

17 ноября в с. Пологи банда под предводительством комвзвода 2-го конного полка Махно раздела и попыталась убить комвзвода 376-го полка.

21 ноября в д. Вербовки ограблен ветврач 3-го артдивизиона 42-й дивизии.

По донесению комполка 373, 21 ноября в с. Гуляй-Поле комполка Махновской армии отобрано у двух красноармейцев хозчасти 373-го полка 35 тысяч витпатронов, 15 винтовок, несколько ручных гранат и пулеметные части.

В районе Б. Токмака убит бандами каптенармус 9-й стрелковой дивизии, везший обмундирование.

7 ноября в с. Ивановке убито 6 красноармейцев 2-й спешенной кавалерийской бригады.