Другим важным актом явилось создание военных советов при командующих военными округами, в результате чего восстанавливался жёсткий партийный контроль над начальствующим составом армии. А во всех войсковых частях, начиная с полка и выше, и в учреждениях НКО воссоздавался отменённый в декабрю 1934 года институт военных комиссаров. Тем самым, надо понимать, вместо уволенных ранее революционеров в помощь командирам приходили политработники новой формации.

Пока что все перемещения в НКО производились по решению комиссии Политбюро, образованной 14 апреля, как бы в порядке ротации, без предъявления каких-либо обвинений, хотя и могли свидетельствовать об имевшихся сомнениях в безусловной лояльности к правительству высшего начсостава армии. Тем более что 3 мая 1937 года был арестован комбриг запаса М.Е. Медведев, являвшийся одним из основных подозреваемых по «Кремлёвскому делу». Показания Медведева и находившегося под следствием Ягоды позволили завершить определение круга участников военно-политического заговора под прежним кодовым названием «Клубок». Помимо связи с Троцким, принимались во внимание и контакты нашего военного руководства с германским вермахтом.

Аресты военных начались 21 мая 1937 года, когда отправили за решётку начальника Управления боевой подготовки РККА комкора К.А. Чайковского и начальника Управления связи комкора Р.В. Лонгву. На следующий день арестовали кандидата в члены ЦК маршала Тухачевского и председателя ОСОАВИАХИМа комкора Р.П. Эйдемана. Далее в конце мая последовательно взяли начальника военных сообщений комкора Э.Ф. Аппогу, начальника артиллерийского управления комкора Н.А. Ефимова, члена ЦК командарма I ранга И.Э. Якира, кандидата в члены ЦК командарма I ранга И.П. Уборевича. 31 мая у себя дома застрелился член ЦК, армейский комиссар I ранга Я.Б. Гамарник. Всего за май было репрессировано 82 военнослужащих высшего начсостава. А всего с лета 1936 года арестовали 131 военнослужащего того же ранга.

Помимо армейских чинов, в те же майские дни были исключены из партии и арестованы государственные служащие: заместитель председателя СНК СССР, кандидат в члены Политбюро Я.Э. Рудзутак, председатель СНК БССР, член ЦК Н.М. Голодед, начальник Центрального управления народно-хозяйственного учёта, заместитель председателя Госплана И.Р. Краваль и бывший полпред СССР в Турции Л.К. Кара-хан. Продолжилась чистка и в НКВД. Заместителя наркома внутренних дел и начальника 4-го (секретно-политического) отдела Я.С. Агранова отправили в почётную ссылку начальником Саратовского областного Управления НКВД вместо арестованного Р.А. Пиляра. Начальник 9-го (шифровального) отдела ГУГБ Г.И. Бокий был арестован.

Подобные чистки требовали комментариев, которые были представлены на расширенном заседании Военного совета при наркоме обороны, проходившем с 1 по 4 июня 1937 года. В своём выступлении Сталин объяснил, что имелось в виду под раскрытым НКВД военно-политическим заговором. В качестве политических руководителей он назвал находившегося в Мексике Троцкого и арестованных в нашей стране Бухарина, Рыкова, Рудзутака, Енукидзе и Карахана. Затем добавил к ним Ягоду, Тухачевского, Якира, Уборевича, Корка, Эйдемана, Гамарника — всего 13 человек. Далее связал всех с «кремлёвским заговором», целью которого был арест правительства. В число непосредственных исполнителей несостоявшегося государственного переворота входили комендант Кремля Петерсон, начальник школы им. ВЦИК Егоров, командующий войсками Московского военного гарнизона Корк и его заместитель Горбачёв. Кроме того, Сталин обвинил военных в передаче врагу (немецкому Генеральному штабу) важных сведений, что являлось шпионажем. Всего же по военной линии арестовали 300–400 человек. Как выразился Сталин в понятном для того времени смысле: «Хотели из СССР сделать вторую Испанию». В заключение своего выступления отметил, что дело «Клубок» закрыто окончательно, а потому дальнейшие аресты по нему, особенно в армии, не требуются.

В июньских номерах газеты «Правда» появились сообщения о том, что Прокуратурой СССР дело арестованных органами НКВД бывших военных руководителей закончено и передано в суд. Арестованные обвинялись «в нарушении воинского долга (присяги), измене родине, измене народам СССР, измене Рабоче-крестьянской Красной армии, а также в антигосударственных связях с руководящими кругами одного из иностранных государств, ведущего недружелюбную политику в отношении СССР». Все обвиняемые признали свою вину полностью. Специальное судебное присутствие Верховного суда СССР рассматривало дело в закрытом заседании «в порядке, установленном законом от 1 декабря 1934 года». Приговор в отношении осуждённых к высшей мере наказания Тухачевского, Якира, Уборевича, Корка, Эйдемана, Фельдмана, Примакова и Путны был приведён в исполнение 12 июня 1937 года.

Но не эта информация была главной в газетах того времени. Подробно освещались достижения нашей страны. За пятилетку, завершавшуюся в 1937 году, валовая продукция крупной промышленности увеличилась более чем в два раза. Уверенный рост машиностроения позволил технически перевооружить все отрасли народного хозяйства. Большая часть промышленной продукции была получена с вновь построенных или полностью реконструированных предприятий. Крупные успехи были достигнуты в механизации сельского хозяйства, где работали теперь 456 тыс. тракторов, 129 тыс. комбайнов и 146 тыс. грузовых автомобилей. В результате завершения коллективизации колхозы объединили 18,5 млн крестьянских дворов, или 93 % от их общего числа. Отставало, правда, животноводство. За счёт подготовки специалистов со средним и высшим образованием успешно решалась кадровая проблема. Ширилось движение новаторов. Значительно улучшилось материальное положение, и поднялся культурный уровень народа. Страницы газет пестрели сообщениями об эпопее покорения Северного полюса экспедицией И.Д. Папанина, о полярных лётчиках М.В. Водопьянове, В.С. Молокове, И.П. Мазуруке, А.Д. Алексееве, проявлявших мужество и героизм в борьбе с суровой природой. Много внимания уделялось первому перелёту по маршруту Москва — Северный полюс — США советского экипажа в составе В.П. Чкалова, Г.Ф. Байдукова и А.В. Белякова.

Но более существенными, хотя и малозаметными, являлись газетные сообщения о ходе выборов в партийных организациях на городских, областных, краевых партконференциях и съездах компартий союзных республик. Они демонстрировали крайне неприятную для группы Сталина тенденцию, при которой прежнее партийное руководство после перевыборов сохраняло свои посты. Ни возможность неограниченного выдвижения претендентов, ни полная свобода критики всех кандидатов, ни тайное голосование так и не привели к появлению в руководящих партийных органах всех уровней новых людей. Практически полностью первые секретари, получив абсолютное большинство голосов за, остались на прежних местах, продемонстрировав тем самым незыблемость своего положения.

Чтобы переломить сложившуюся ситуацию и направить в нужное русло выборы там, где они ещё не состоялись, в газете «Правда» от 5 июня 1937 года была опубликована передовая статья «Беспощадно громить и корчевать троцкистско-правых шпионов», которая давала прямое указание на то, в чём следовало обвинять засидевшихся на своих высоких постах партократов. При этом, поскольку новая система выборов не приводила к нужному результату, были произведены кадровые перемещения, особенно тех руководителей, которые не получили абсолютного большинства голосов на выборах. Вместо них на освободившиеся должности получили назначение новые партработники, подобранные и выдвинутые ОРПО ЦК под руководством Маленкова.