Боевое крещение флотилия приняла в ходе Тасеевской противопартизанской операции.

Утром 2 июня 1919 г. флотилия вышла из Красноярска вниз по реке, конвоируя транспорты с войсками. Командующий флотилией был подчинен начальнику отряда – командиру 3‐го Ставропольского полка полковнику Ромерову. Вооружённым пароходам и двум моторным катерам была поставлена задача охраны всей флотилии, а паровые катера выполняли авангардную разведку.

С 2 по 10 июня флотилия спускалась вниз, несколько раз высаживала на берег десант. Белым противостояли отряды Тасеевской партизанской армии – «Таёжный рабочий» и «Северный».

В первых числах июня «Таежный рабочий» вошел в село Казачинское. Гарнизон белых занял оборону в церкви, которая стояла на высоком фундаменте и была обнесена каменной оградой. Три дня партизаны вели подкоп под церковь, чтобы взорвать её с помощью имевшегося у них пуда динамита. Но из Красноярска по тракту и на пароходах подошло сильное подкрепление, и партизаны вынуждены были отступить. Они закрепились в деревне Мамотово, но вскоре были выбиты оттуда десантом с кораблей флотилии, высадившимся выше и ниже деревни. Но вскоре части белых были вынуждены отступить обратно в Казачинское.

К 16 июня Таежный отряд сосредоточился в деревне Большая Мурта, но, узнав о приближении основных сил флотилии, его командир Ф.Я. Бабкин принял решение отступить в деревню Посольная.

10 июня сухопутные подразделения белых высадились у деревни Савиной и двинусь к деревне Кулаково на Ангаре. Другой отряд высадился в селе Юксеевское на левом берегу Енисея, откуда начал наступление вдоль берега реки, который был очищен от красных.

Катера и часть транспортов с малой осадкой перешли в подчинение лейтенанту Покровскому. Остальные корабли и суда под командой капитана 2‐го ранга Щербицкого должны были охранять тыл. Корабли под командованием Покровского должны были идти в Ангару для высадки десанта. 11 июня десант с катеров «Стрела», «Минусенок», «Джой» и «Разведчик» занял деревню Кулаково. 12 июня десант с катеров «Стрела» и «Джой» занял деревню Кондаково. После этого катера ещё высаживали десанты для занятия различных населенных пунктов и проведения разведки.

12 июля, оставив корабль «Енисейск» и часть катеров для охраны берегов, Покровский на катере «Стрела» вернулся в Красноярск. Начальник отряда приказал ему представить офицеров – командиров катеров – к производству в следующий чин, а команды наградить крестами и медалями. В результате Тасеевской операции партизаны ушли из села Тасеевское и с берегов Енисея.

После этого пароход «Ангара» был разоружен для участия в Карской экспедиции, а из-за плохого состояния машин катер «Александр» сдан прежнему владельцу.

26 июля командующим Енисейской флотилией снова стал лейтенант Покровский. С конца июля до первой половины сентября корабли флотилии несли сторожевую службу в низовьях Енисея, отгоняя противника от берегов. 5 августа катера «Стрела» и «Джой» под общим командованием лейтенанта Забелина отправились в Урянхайский край. Пороги катера преодолели по суше. По словам Г. Думбадзе, «впервые в истории России вооружённые катера пришли в столицу Урянхайского края – г. Белоцарск». Позже из этих двух катеров и катера «Кузнецк» была создана боевая флотилия при Минусинском отряде.

12 сентября партизанская армия Щетинкина и Кравченко без боя заняла Минусинск. Ещё 9 сентября вечером на пароходе «Красноярец» к Минусинску были отправлены батальон и батарея 3‐й дивизии чехословаков, но помощь эта пришла слишком поздно. В тот же день командующий флотилией лейтенант Покровский вызвал с севера действовавшие там катера. 20 сентября он с катерами «Минусенок» и «Кузнецк» вышел вверх по течению, уже 22‐го он был у начальника Минусинского отряда генерала Барановского, которому предложил мобилизовать и вооружить пароходы «Иртыш» и «Обь», чтобы отбить Минусинск с помощью десанта с этих кораблей. По ряду причин отправка пароходов, их бронирование и вооружение задержались: «Иртыш» (забронированный и вооружённый) пришел из Красноярска лишь 2 октября.

29 сентября катера «Стрела» и «Кузнецк» вышли навстречу прорвавшемуся от Большого порога моторному катеру «Джой». Корабли дошли до деревни Быстрой, где и остановились на ночь. В это же время, не доходя до Быстрой, не имевший защиты «Джой» несколько раз был серьезно обстрелян сухопутной артиллерией красных и выбросился на берег у станицы Алтайской на левом берегу Енисея. До 1 октября корабли занимались разведкой.

1 октября катера «Стрела» (командир подпоручик Симеонов) и «Кузнецк» (командир прапорщик флота Кудряшов) получили задачу обстрелять станицу Бузуново. Станица находилась в узкой и извилистой протоке: красные располагались на левом берегу и островах. Красные дождались, когда суда белых окажутся в наиболее извилистом месте, и лишь тогда открыли сильный ружейный и пулемётный огонь.

Катера, в свою очередь, открыли огонь из 37‐мм пушки Маклена, двух пулемётов и трёх винтовок. Вскоре красные были выбиты с острова и отступили за станицу в горы, частично укрепившись в крайних домах и огородах. Через некоторое время они открыли по кораблям флотилии артиллерийский огонь из одной пушки, бывшей в их распоряжении.

Попав под обстрел, катера направились к выходу из протоки. Перед выходом в Енисей они были вновь обстреляны с Туранских высот, при этом катер «Стрела» получил несколько пробоин в корпусе выше ватерлинии, одна пуля попала в машинное отделение, разбив масленку и трубопровод для подачи воды. За этот бой катером «Стрела» было расстреляно 195 снарядов, 864 патрона из пулемёта и 900 патронов из винтовок. Действия кораблей, отвлекавшие красных, дали возможность переправиться отступающим частям сухопутной армии.

1 октября катер «Минусенок» (командир – подпоручик Шлыков) в районе деревни Подсиней обстрелял артиллерийским и пулемётным огнем паром, на котором переправлялись кавалерийские части красных: паром получил несколько попаданий и выбросился на мель. Также катером были обстреляны два обоза противника, направляющихся от парома к Минусинску, и деревня Подсиняя, при этом и сам катер находился под огнем неприятеля, который велся с острова Тагарского. 2 октября «Минусенок» находился в устье реки Абакан.

В 9 часов утра с правого берега Енисея красные открыли артиллерийский огонь по катеру, выпустив 15 снарядов. Катер снялся с якоря и пошел вниз по течению в протоку Черногорских копей. Во время движения, вплоть до Татарского переката, он постоянно находился под ружейным и пулемётным огнем. Ответным огнем, открытым из орудия Маклена и пулемёта, красные были разогнаны, при этом было подбито три горных пушки. Сам катер получил три подводные пробоины, в том числе одну – в корме, через которую он принял немало воды.

До 11 октября корабли вели разведку, время от времени вступая в перестрелку с противником. 11 октября «Минусенок» вступил в бой с красными у деревни Комарково. Катер был обстрелян пулемётным и залповым ружейным огнем одновременно с разных сторон: с Комарковского быка, с территории самой деревни, с близлежащей сопки и с острова напротив деревни. «Минусенок» отвечал на огонь красных огнем из пулемётов, винтовок и из 37‐мм пушки Маклена. Пулемёты вскоре вышли из строя. На катере было ранено четыре человека, один из которых впоследствии скончался. Из-за ранения лоцмана командир «Минусенка»