9 января 1943 года началась операция «Фронтхитер»: оба тяжелых корабля с эскортом из 3 эсминцев и большого числа мелких боевых судов двинулись в путь из Готенхафена; командующий отрядом, контр-адмирал Шнивинд, находился на борту «Ойгена». Однако в это время спокойствия немцам не было даже в своих водах. Уже при проходе датскими проливами воздушная разведка англичан обнаружила отряд, несмотря на наличие воздушного прикрытия. Служба радиоперехвата расшифровала сообщение разведчика, и контр-адмирал Шнивинд приказал «Ойгену» вернуться в Готенхафен. Командир крейсера счел распоряжение неверным, но подчинился приказу, и 12 января его корабль вернулся в порт. Спустя несколько дней командование группы «Север» вновь попыталось усилить свой корабельный состав в ходе операции «Домино»: 23 января линкор и крейсер опять вышли в море в сопровождении 2 эсминцев, но только для того, чтобы вернуться из почти той же точки, что двумя неделями раньше. 27 января тяжелый крейсер вернулся в Готенхафен.

Этот выход стал последней попыткой «Принца» участвовать в океанских боевых действиях. Сказались, в частности, и первые последствия "новогоднего сражения". В результате «Шарнхорст» 8 марта ушел в Норвегию один, навстречу гибели в полярной ночи, а вот для «Ойгена» рейдерская служба завершилась. За два с половиной года войны ему так и не удалось потопить ни одного транспорта или боевого корабля противника.

К середине 1943 года на Балтийском море под флагом учебной эскадры собралось большинство германских крейсеров: тяжелые "Принц Ойген" и "Адмирал Хиппер" (последний еще ремонтировался), а также легкие «Нюрнберг», "Кёльн" и «Эмден». Остаток года прошел для «Принца» в рутинной службе с небольшими тренировочными выходами в море. При этом корабль находился в довольно высокой боевой готовности, хотя часть команды заменили 300 кадетов строевых специальностей и 150 учеников-механиков. Осенью 1943 года проводились стрельбы с использованием радиолокации в ночных условиях, завершившиеся обстрелом корабля-цели «Гессен», при котором были показаны хорошие результаты. 1 октября 1943 года тяжелый крейсер был готов для боевых действий. Его экипаж приближался к полному, число кадетов уменьшилось до 200. «Принц» стал флагманским кораблем вице-адмирала Тиле, командующего учебной эскадрой, включавшей все боеспособные корабли. Но морского противника не было и не предвиделось. Дальновидный Тиле тем не менее провел несколько учений, в ходе которых отрабатывались действия против береговых объектов. Его корабли получили необходимую практику в этом деле, которая вскоре им весьма пригодилась.

Так же мирно прошла для «Ойгена» первая половина 1944 года. К тому времени отчетливо выявился перелом в войне на суше. Советские войска, в частности, усилили нажим на союзников немцев — финнов в районе Выборг—Койвисто. Поддержки легких сил оказалось явно недостаточно, и командование Кригсмарине решило использовать для обстрела берега самый боеспособный из находящихся на Балтике тяжелых кораблей. 19 июня 1944 года в Готенхафене на борт «Принца» поднялся командующий вновь сформированной 2-й боевой группы вице-адмирал Тиле и его штаб. Рано утром следующего дня крейсер в сопровождении двух миноносцев и сторожевого корабля направился на восток. Ситуация в районе Койвисто становилась все более тяжелой, но Тиле считал неразумным использовать «Ойген» без достаточного зенитного и противолодочного прикрытия, и отряд крейсировал в восточной Балтике в течение нескольких дней. 25 июня к нему присоединился «Лютцов», 3 эсминца и 3 миноносца. Колебания командования продолжались; после высадки советского десанта ситуация на берегу стала настолько неясной, что оказалось трудно найти достойные и легко распознаваемые цели для 8-дюймовок. 27-го "Принц Ойген" отправился обратно в Готенхафен.

Между тем обстановка для немцев становилась все более тяжелой и на южном берегу Финского залива. В конце июля войска 1-го Прибалтийского фронта генерала Баграмяна отрезали часть германских сил в Риге и западной Эстонии. В попытке восстановить разорванные коммуникации немцы вновь решили применить тяжелую артиллерию кораблей. Утром 19 июля «Ойген» вышел в море в сопровождении 2-й флотилии миноносцев. В Ирбенском проливе к нему присоединились еще 4 эсминца, и вечером отряд вошел в Рижский залив. Его целью был город Туккумс, находившийся вблизи от побережья и являвшийся важным транспортным центром. «Ойген» поднял в воздух все 3 гидросамолета, и в утреннем тумане 20 июля открыл огонь из орудий главного калибра. Всего за этот день он выполнил три заявки армии, выпустив 265 снарядов. По немецкой версии, он привел к молчанию советскую армейскую батарею к северу от Туккумса. Вице-адмирал Тиле, командовавший операцией, решил прервать поддержку войск ввиду неясной обстановки и отсутствия дальнейших запросов о поддержке с суши. На следующий день крейсер вернулся в Готенхафен.

Вновь ему пришлось посетить восточную Балтику в сентябре. На сей раз предусматривалась комбинированная операция в духе действий немцев против своих бывших союзников. Пользуясь расстроенным состоянием дел капитулировавших итальянцев, германские силы захватили в 1943 году ряд островов в Эгейском море, создав на них сильный укрепрайон и значительно осложнив жизнь союзникам. Теперь настала очередь финнов. После их выхода из войны в начале сентября 1944 года Гитлер отдал приказ занять остров Гогланд — ключевую позицию в Финском заливе, «сменив» финский гарнизон. «Ойген» огнем своих 203-мм орудий должен был в случае необходимости поддержать высадку.

Вечером 12 сентября 2-я боевая группа в составе «Ойгена» (под флагом вице-адмирала Тиле), «Лютцова» и 6-й флотилии эсминцев вышла в море в сопровождении 4 миноносцев. Осторожный адмирал приказал не пересекать 22-й меридиан, оставаясь к западу от него. Это означало, что отряд останется в 200 милях от места действия и не сможет быстро среагировать в случае необходимости. Обеспечение действий осуществлял танкер "Лиза Эссбергер", обосновавшийся между островами Эзель и Даго. Вторжение намечалось на раннее утро 15 сентября, и 14-го отряд Тиле начал выдвижение в Финский залив. Однако с суши поступали неутешительные сообщения: финны оказали серьезное сопротивление, а десант попал под непрерывные атаки советской авиации. Она обнаружила также и отряд «Ойгена», и в ожидании нападения крейсер взял курс на Моонзунд, отправив миноносцы к северу от островов. Весь день 16 сентября «Принц» простоял на якоре в заливе Тагалахт, тогда как искавшие его самолеты обрушили удары на бывший эскорт. На следующий день он отправился обратно в Готенхафен, как обычно избежав неприятностей и еще раз подтвердив репутацию счастливого корабля, но и сам не нанес противнику никакого ущерба.

Но уже 21 сентября ему снова пришлось выйти к финским берегам. Ставки в этот раз повысились: необходимо было прикрыть вывод немецких войск из Финляндии, отошедших к Кеми и погруженных там на транспорты. Задача тяжелых кораблей 2-й боевой группы состояла в борьбе с береговыми батареями на Аландских островах — в том случае, если они начнут стрельбу по отходящим судам. Силы Тиле включали «Ойген», "Лютцов", 4 эсминца и 3 миноносца. Утром 23-го они уже вышли в заданную точку, однако вмешательство не понадобилось: все суда и военные корабли из Кеми благополучно миновали финские батареи уже к 10 утра. Боевая группа вернулась в Готенхафен 25 сентября, вновь не сделав ни единого выстрела из тяжелых орудий.