Итоги "Учений на Рейне" оказались довольно плачевными. Крейсер пробыл в море 2 недели, двигаясь почти все время высокой скоростью (в среднем 21 узел); он сжег 6410 кубометров топлива и прошел 7000 миль — и все без какого-либо результата, если не считать примерно 5 снарядов, попавших в тяжелые корабли противника в бою в Датском проливе. Помимо потери «Бисмарка», немцы лишились 4 судов снабжения, обеспечивавших поход и затопленных или захваченных англичанами. И в завершение всего, «Ойген» попал в своеобразное заточение во французском порту.

Брест, негостеприимный уже во время прихода в него «Хиппера» в начале 1941 года, стал еще более опасным в середине того же года. Там находилась уже целая эскадра в составе «Гнейзенау», "Шарнхорста" и «Ойгена», не считая легких судов. Тяжелые корабли стали объектом постоянных бомбовых ударов британских ВВС. Так, 2 июля «Принц», находившийся в сухом доке под камуфляжной сетью, попал под серию из 6 бомб, прошивших док полосой от левого борта с кормы крейсера до правого борта с носа. Вторая бомба серии (полубронебойная, 500-фунтовая, т. е. 227-кг) попала в палубу по левому борту рядом с возвышенной носовой башней, прошла через броневую палубу и взорвалась глубоко внутри корпуса, в носовом помещении генераторов. Передний артиллерийский вычислительный центр был полностью разрушен. Находившийся над ним центральный пост также сильно пострадал от взрывной волны, как и отделение генераторов № 3. В помещениях погибли старший офицер корабля фрегаттен-капитан Штосе и 41 матрос. Еще 31 человек получили очень тяжелые ранения, 18 из них вскоре умерли. Взрыв сместил несколько листов обшивки днища, и, если бы корабль не находился в доке, он получил бы еще и значительные затопления. На счастье немцев не произошло детонации боезапаса, находившегося менее чем в 10 м от места взрыва.

Но и так для ликвидации ущерба пришлось потратить полгода; только 15 декабря 1941 года крейсер смог, наконец, покинуть док. Ремонт прошел с определенной пользой: «Ойген» получил 5 дополнительных зенитных установок — знаменитых «фирлингов» (счетверенных 20-мм автоматов), значительно усиливших его способность отражать воздушные атаки. После коротких испытаний в начале февраля 1942 года «Принц» стал полностью боеготовым кораблем.

К этому времени настоятельно побуждаемое Гитлером руководство Кригсмарине уже разработало план перехода брестской эскадры в Германию. Окончательное решение было принято на совещании в Париже в первый день 1942 года. В обсуждении участвовали адмиралы Заальвахтер, Шнивинд и Цилиакс, а также командиры всех трех больших кораблей, стоявших в Бресте — «Шарнхорста», "Гнейзенау" и "Принца Ойгена". Было принято решение о том, чтобы избрать самый опасный (хотя и самый короткий) путь — через пролив Ла-Манш. Такие перемещения с угрозой для участвующих в них крупных боевых единиц считались делом первой государственной важности и требовали утверждения самим фюрером. Гитлер дал свое согласие 12 января, и операция «Церберус» стартовала. Для ее обеспечения немцы собрали почти все боеспособные эсминцы и миноносцы общим числом 19; выход сил из Бреста и их поход обеспечивало большое число тральщиков и около 180 истребителей Люфтваффе.

История операции подробно описана в ряде книг о Второй мировой войне, поэтому остановимся лишь на участии в ней "Принца Ойгена". Выход соединения вечером 11 февраля остался незамеченным для британской авиации и патрульных подводных лодок. Погода благоприятствовала немцам: низкая облачность, сильный 6-балльный ветер и дождевые шквалы. До полудня следующего дня плавание протекало исключительно спокойно. В 12.10 на широте Дувра крейсер и находившиеся с левого борта корабли эскорта попали под огонь тяжелых батарей. Британская стрельба в плохих погодных условиях оказалась неточной: ни один снаряд не попал в цель. Атака торпедных катеров около 13.20 была отбита эсминцами, а немного раньше огонь открыл и «Ойген». Его целью стали британские торпедоносцы «Суордфиш» 825-й эскадрильи ВМФ Великобритании. По донесениям с крейсера, 3 из 4 атаковавших торпедоносцев были сбиты зенитным огнем его 105-мм пушек, хотя более чем сомнительно, что для этого хватило 47 израсходованных «Ойгеном» снарядов. Стрельбу по «Суордфишам» вели многие корабли, и так или иначе, но атака была легко отбита. Спустя час с лишним, в 13.52, вновь отличились зенитчики «Принца», сбившие двухмоторный бомбардировщик. Около 2 часов дня видимость окончательно испортилась. Спустя 30 минут «Шарнхорст» подорвался на мине, и во главе колонны оказались «Гнейзенау» и шедший ему в кильватер "Принц Ойген". В 16.40 (по германскому времени) в носовом секторе слева по борту были обнаружены 6 британских эсминцев. Бринкманн приказал дать полный ход и открыть огонь главным калибром. Британские снаряды накрыли «Ойген», но ни один из них не попал в цель. Англичане атаковали торпедами с предельной дистанции. «Ойген» первыми же залпами накрыл головной корабль противника, но ветер сносил дым от орудий прямо на главный КДП на верхушке башенноподобной надстройки, и управление огнем пришлось перевести на носовой пост. Поскольку выпуск торпед немцам удалось заметить, их корабли резко отвернули, увеличив дистанцию и избавив британские эсминцы от крупных неприятностей. Все же «Уорчестер» получил попадание тяжелым снарядом и с трудом ушел, прикрываемый остальными. Бой продолжался всего 11 минут: в 15.56 огонь был прекращен. Тяжелый крейсер выпустил за это время 108 203-мм снарядов, добившись, по немецким данным, двух попаданий. Весь вечер 12 февраля продолжались воздушные атаки на германские корабли, в ходе которых на долю «Ойгена» пришлось немало пулевых пробоин от огня бортового оружия; несколько его моряков были ранены и 1 убит. Вновь «Ойген» потерял свои линкоры, и Бринкман принял решение следовать далее самостоятельно полным ходом. От большой скорости, достигавшей на последнем этапе перехода 31 узла, большие волны заливали полубак настолько сильно, что пришлось отправить под прикрытие расчет находившегося на нем «фирлинга», иначе люди рисковали быть смытыми за борт. Но в итоге рискованная операция закончилась успешно для тяжелого крейсера, который прибыл в Брюнсбюттель в устье Эльбы около 08.30 утра 13 февраля практически неповрежденным.

Однако поход для него на этом не закончился. Сразу же по прибытии Бринкманн получил приказ следовать в Норвегию. К 19 февраля корабль принял боезапас, топливо и сдал на берег свои гидросамолеты. Вместо них на борт прибыли 250 отпускников, возвращавшихся в свои части, и рано утром 20 февраля «Принц» в компании с "карманным линкором" "Адмирал Шеер" вышел на север в сопровождении эсминцев «Байтцен», "Якоби", «Шёманн» и Z-25. На «Ойгене» держал флаг командир группы вице-адмирал Цилиакс. Вскоре после выхода служба радиоразведки расшифровала сообщение противника об обнаружении соединения, и в 14.30 командование группы «Север» приказало прервать поход и вернуться в Германию. Однако Цилиакс дождался отмены приказа, и спустя 3 часа вновь взял курс на север. Утром 22 февраля отряд вошел во внутренние воды Норвегии, проход по которым осуществлялся под руководством лоцманов. Хотя 2 английских самолета обнаружили немецкое соединение, поход в дальнейшем протекал беспрепятственно, и вскоре после полудня немцы оказались в Гримстад-фиорде, откуда год назад «Ойген» вышел в роковую операцию «Рейнюбунг». Но теперь и эти воды были опасными, и германские корабли сразу же продолжили путь к северу. Но там их ждали. А между тем эскорт сократился наполовину: «Байтцену» и «Якоби» пришлось повернуть назад из-за повреждений, полученных от сильных волн.