Подходы к Тронхейму все время патрулировались британскими подводными лодками; на данный момент в таком патруле находилась «Трайдент». Утром 23 февраля лодка стояла без хода в 19 милях от входа во фиорд, когда в неясной дымке с нее заметили приближающийся отряд. Командир, капитан-лейтенант Слейден, приказал сблизиться с головным кораблем, который он опознал как "карманный линкор". Немцы вели себя в этих опасных водах довольно нахально, двигаясь 20-узловой скоростью без противоторпедного зигзага. Довольно совершенные гидрофоны не обнаружили лодку, идущую малым ходом на поверхности. Но «Принцу» опять повезло: из-за неправильно понятого приказа торпедисты выпустили только 3 из 7 торпед, когда лодка стала погружаться. Однако даже «усеченный» залп дал свои плоды.

В 07.02 гидроакустики «Ойгена» услышали взрыв первой торпеды (очевидно, от удара о скалы), но не придали ему должного значения. Спустя 3 минуты вторая торпеда поразила крейсер. От сильного удара остановились все турбины; предохранительные клапаны на котлах были сорваны, и пар со страшным шумом начал стравливаться в воздух. Из-за этого шума нельзя было услышать ни слова ни на мостике, ни в машинном отделении, и в течение пары неприятных минут управление кораблем оказалось полностью потерянным.

Торпеда попала в кормовой отсек на расстоянии 11 м от среза кормы, почти полностью оторвав ее и свернув вниз под углом 45°. 11 человек, преимущественно отпускников из района Тронхейма, погибло, а еще 25 было ранено. Рулевое устройство полностью вышло из строя, а руль остался заклиненным под углом 10 градусов на левый борт. Но «Ойген» оказался везучим кораблем — винты уцелели, хотя помещение центрального валопровода было затоплено. Постепенно удалось ввести в действие сначала обе бортовые турбины, а после осушения коридора гребного вала — и среднюю. Котлы и вспомогательные механизмы повреждены не были. Бринкманн с трудом развернул корабль при помощи турбин и 10-узловой скоростью двинулся в Тронхейм. Для уменьшения крена на корму команда занялась трудной работой: перегрузкой боезапаса кормовых башен в носовые погреба. Времени на это оказалось достаточно; только вечером того же дня «Ойген» бросил якорь в глубине Тронхейм-фиорда.

После первой оценки повреждений инженеры решили, что ремонт можно будет произвести на месте. В Тронхейм из Киля прибыл один из ведущих корабельных специалистов (фактически он был главным конструктором германского флота), инженер с ученой степенью доктор Штробуш. Под его руководством персонал ремонтного судна «Хуаскаран» начал ремонт, который оказался значительно более трудным и продолжительным, чем это следовало из первоначальной оценки. Выяснилось, что помимо повреждений и затоплений в кормовой части, корпус имел разрывы в носу (в районе 168-го шпангоута), на расстоянии всего 20 м от форштевня, а средняя часть наружного слоя днища дала течь во многих местах. 11 апреля крейсер прошел пробные испытания, пока без руля. Корабль развил 21 узел и мог управляться турбинами, хотя и с некоторыми затруднениями. 21 апреля судно снабжения «Карнтен» доставило из Киля временный руль, который к 9 мая установили на место. Теперь «Ойген» мог направиться домой для окончательного ремонта. Его скорость с временным рулем не превышала 29 узлов, хотя инженеры считали, что в экстренном случае крейсер может дать и все 31. Что более важно, диаметр циркуляции увеличился вдвое, значительно ухудшив маневренные качества. Командование серьезно беспокоилось о судьбе «Ойгена» и предполагало использовать для прикрытия его перехода однотипный «Хиппер», также находившийся в Тронхейме, для чего оба корабля должны были получить совершенно одинаковый камуфляж. Тем не менее, «Принц» 16 мая вышел из порта без своего «напарника», сопровождаемый эсминцами «Якоби», Z-25 и миноносцами Т-11 и Т-12. Переходу придавалось настолько важное значение, что его оформили в виде отдельной операции «Цауберфлютте» ("Волшебная флейта").

Неприятности начались спустя всего час после выхода. При первой же попытке сманеврировать на скорости 26 узлов крейсер перестал слушаться руля и чуть было не врезался в скалистый берег. Оказалось, что по ошибке управление рулем переключили с механического на ручное. Днем, на широте Ас-фиорда, обнаружились неисправности в левой турбине, и ход пришлось сбросить. Неоднократные сообщения об активности сил противника нервировали командира и экипаж. Первый контакт состоялся только вечером 17-го, когда слишком сблизившийся «Хадсон» был обстрелян зенитками и атакован воздушным прикрытием из четырех «Мессершмиттов-109». На деле англичане заметили «Ойген» уже на выходе из Тронхейма и готовили свой удар. Однако вновь «Принцу» повезло: спустя несколько минут его воздушные наблюдатели заметили большую группу самолетов, которая, покружив вдали, вновь исчезла за горизонтом. Это были «Бофорты» 86-й эскадрилий, вооруженные торпедами, но так и не заметившие свою цель. Но другая эскадрилья, 42-я, вооруженная такими же самолетами (12 «Бофортов» в эскорте 4 «Бофайтеров» и 6 «Бленхеймов» в истребительном варианте) произвела свою атаку в 20.15. 6 истребителей прикрытия и 2 корабельных «Арадо» атаковали центр атакующей группы, тогда как зенитки вели огонь по флангам. К обороне от низколетящих самолетов принял участие и главный калибр крейсера. В круговерти из кораблей и самолетов «Ойгену» удалось уклониться сначала от первой волны из 6 торпедоносцев, а затем и от второй. Его зенитчики претендовали на сбитие 6 торпедоносцев, еще 3 отнесли на счет миноносца эскорта и "Арадо".

Реально британские потери были втрое меньше: на базу не вернулись только 3 «Бофорта», да один «Бофайтер» вынужден был сесть на воду. Но главное — крейсер в очередной раз избежал смертельной опасности. Последовавшая вскоре атака бомбардировщиков «Хадсон» представляла гораздо меньшую угрозу. Бомбы легли далеко от цели, а англичане потеряли еще один самолет. В общем, атака полностью сорвалась, несмотря на то, что для ее проведения выделялись значительные силы. Координированный удар горизонтальных бомбардировщиков и торпедоносцев не получился, и все потери авиации Великобритании оказались бесполезными.

Дальнейший переход «Ойгена» в Германию прошел без помех. Вечером 18 мая крейсер прибыл в Киль, а на следующий день формально был включен в состав учебной эскадры. На деле на корабле начался основательный ремонт: с него сгрузили на берег боезапас и при помощи мощного плавучего крана сняли 105-мм зенитные установки, после чего перевели в сухой док компании "Дойче Верке". За трехмесячный ремонт «Принц» сменил командира: место повышенного в чине Бринкманна занял капитан цур зее Ганс-Эрих Фосс. В августе крейсер вывели из дока, но только для того, чтобы сменить завод — его отправили для дальнейшего переоборудования на верфь «Германия». Спустя еще 2 месяца он вернулся на завод "Дойче Верке" для завершения работ. Для восстановления корабля была использована значительная часть оборудования, снятого с однотипного «Зейдлица», находящегося на вялотекущем переоборудовании в авианосец. Недостаток рабочих и постоянные авианалеты значительно замедляли процесс вступления в строй. Хотя в «Ойген» не попала ни одна бомба, его экипаж понес значительные потери, когда один из катеров крейсера был протаранен патрульным кораблем в гавани Киля. Холодная октябрьская вода унесла жизни 33 моряков. Только 20 октября вновь началась погрузка боезапаса, а неделю спустя полугодичный ремонт завершился. Предполагалось, что он немедленно проследует в Норвегию вместе с линкором «Шарнхорст», также отремонтированным и готовым к службе. Монотонность ремонта и портовой службы нарушила лишь проведенная 21 ноября церемония, в ходе которой с большой помпой на борт был водружен корабельный колокол, стоявший в годы 1-й мировой войны на австро-венгерском дредноуте «Тегетгофф», однотипном с давшим имя крейсеру "Принцем Ойгеном". Его доставил из Италии контр-адмирал де Анджелис; также в церемонии участвовал контр-адмирал в отставке граф Фирмиан — последний командир австро-венгерского дредноута "Принц Ойген".