Зато в следующем походе артиллеристам «Ойгена» пришлось потрудиться. Наступающие советские войска достигли Мемеля (Клайпеды), и 2-я боевая группа в полном составе подошла 11 октября к побережью, открыв огонь по наземным целям. С берега ответили полевые батареи, не добившиеся успеха, а с воздуха атаковала авиация. В результате обстрела из бортового оружия крейсер получил легкие повреждения, а персонал зениток понес небольшие потери. За этот и следующий день «Принц» выпустил 633 тяжелых снаряда, получил благодарность от командования дивизии "Великая Германия", но реальный эффект его огня остался неизвестным.

Заправившись и пополнив боезапас, «Ойген» через день вновь стрелял по берегу, выпустив еще 246 203-мм снарядов. Снова он испытывал затруднения с корректировкой, но тем не менее, на следующее утро крейсер вновь находился у берега (на ночь он отходил в открытое море). К нему присоединился «Лютцов». Расход 8-дюймовых снарядов достиг 368 штук; всего было обстреляно 18 целей. Долго не выпускавший ни одного снаряда корабль менее чем за неделю лишился свыше половины всех отпущенных для него снарядов, израсходовав 1196 штук. Пришлось срочно организовать доставку боезапаса из баз западной Германии и даже из Норвегии.

При возвращении домой ночью 15 октября шедший большим ходом в густом тумане «Принц» нашел неожиданную жертву. Легкий крейсер «Лейпциг», только что выпущенный из дока и шедший в Скагеррак для постановки мин против ожидавшегося немцами вторжения союзников через датские проливы, оказался прямо перед носом «Ойгена». Причем в совершенно беспомощном состоянии, поскольку как раз в это время на нем осуществлялась непростая процедура подсоединения главных турбин через редуктор. Как обычно в таких случаях, приказ: "Полный назад!" оказался запоздалым, и «Лейпциг» получил удар форштевнем тяжелого крейсера почти под прямым углом в самую середину корпуса, между мостиком и трубой. Повреждения "Принца Ойгена" оказались на удивление легкими. Правда, не нулевыми: форштевень на всем протяжении от 3 м ниже верхней палубы до киля был смят, форпик до броневой палубы залила вода. Плюс к тому, прибывшие буксиры долго не могли расцепить оба корабля. В конце концов пришлось удерживать «Лейпциг» всеми имеющимися буксирами, тогда как «Ойген» дал полный задний ход и освободил-таки свой нос. «Операция» заняла полдня, но тяжелый крейсер смог без всяких затруднений достичь Готенхафена — в отличие от «Лейпцига», которому понадобилась серьезная помощь.

Необходимый ремонт оценивался сроком в месяц. На борту «Принца» 17 октября собралось много берегового начальства, соображавшего, как поскорее ввести в строй нужный на Востоке корабль. Профессор Буркхардт, автор проекта крейсеров типа «Хиппер», возглавил работы и добился, чтобы срок ремонта был сокращен почти вдвое. 7 ноября крейсер покинул док "Дойче Верке" в Готенхафене, а 19-го уже вышел в море в сопровождении миноносцев Т-13, Т-15, Т-19 и Т-21 для обстрела мыса Сворбе. На следующее утро на Балтике разыгрался настоящий шторм; видимость не превышала 20 кбт при сильном волнении. Только во второй половине суток начался обстрел, в ходе которого «Ойген» сделал 255 выстрелов из орудий главного калибра. На следующий день огонь возобновился. Всего за 20–21 октября было израсходовано 514 203-мм и около 200 105-мм снарядов. Боезапас подходил к концу, и «Принц» отправился в Готенхафен, а его сменил "Адмирал Шеер".

В результате столь интенсивных "артиллерийских упражнений" стволы 203-мм орудий оказались сильно расстреляными, и в начале декабря тяжелый крейсер вновь отправился на завод для замены лейнеров. Казалось, представился удобный случай и для усиления его зенитного вооружения, однако работы велись медленно, как из-за постоянных авианалетов, так и вследствие недостатка рабочей силы. Только в конце января 1945 года «Принц» вновь приобрел достаточную для выхода в море боеспособность. Теперь его задачи, как и задачи всего 2-го боевого соединения, оказались совсем простыми: прикрыть линии массового отхода всевозможных судов из отрезанной советскими войсками Восточной Пруссии и по возможности — поддержать свои сухопутные войска.

В полночь на 29 января 1945 года отряд вице-адмирала Тиле, «усохший» до «Ойгена», одного эсминца — Z-25 и одного миноносца — Т-33, покинул Готенхафен. О дальних походах уже не было никакой речи; уже спустя 8,5 часов он находился на исходной позиции. 203-мм орудия тяжелого крейсера открыли огонь — впервые по территории Германии в районе Данцига. В течение последующих 10 часов он и другие корабли 2-й боевой группы вели стрельбу по различным целям в соответствии с заявками войск.

На ночь они отошли к полуострову Хела, а с 8.00 30 января вновь продолжили обстрел, прервать который пришлось около полудня в связи с плохой видимостью. За два дня «Ойген» выпустил 850 снарядов главного калибра. На третий день огонь корректировал корабельный «Арадо». Последний день января стал последним днем операции для «Принца». Он израсходовал большую часть своего боезапаса, пополнять который становилось все труднее и труднее, поскольку производство восьмидюймовых снарядов прекратилось еще в 1942 году. Только в марте он снова открыл огонь по своей территории. Советская Армия подошла уже близко к Готенхафену, и крейсеру пришлось обстреливать предместья своей базы, а также окрестности Данцига. Германский укрепрайон был обречен: 30 марта «Ойген» прикрывал отход последних судов с эвакуирующимися из Оксхёфта. Условия становились все более неблагоприятными: советская авиация практически каждый день, а иногда и по несколько раз на дню атаковала немецкие корабли. Хотя прямых попаданий бомб в тяжелые корабли не было, прислуга легких зениток несла потери от пушечно-пулеметного обстрела. 1 апреля «Ойген» получил несколько самолетных НУРСов, потеряв 9 человек убитыми. К вечеру 4 апреля количество израсходованных снарядов главного калибра всего за месяц достигло 4871, и оставалось их не более 40. 105-мм зенитки также выпустили по берегу свыше 2,5 тысяч снарядов. Карьера самой большой «канонерки» Балтики подошла к концу. Двигаясь небольшими переходами, «Принц» достиг 20 апреля Копенгагена вместе с «Нюрнбергом». Они оставались теперь самыми крупными из боеспособных германских кораблей.

Капитуляция застала "Принц Ойген" в столице Дании. 8 мая на обоих крейсерах состоялась церемония спуска флага Третьего рейха, и они поступили в распоряжение британского Королевского флота. После сдачи на берег остатка боезапаса их отправили в конвое английских крейсеров «Девоншир» и «Дидо» в Вильгельмсхафен, куда те и прибыли 26 мая 1945 года. «Принц» ввели в большой плавучий док, хотя никаких работ уже не предусматривалось. 2 июня после парадной церемонии с участием командира на берег проследовала большая часть команды, однако сам капитан цур зее Ганс-Юрген Рейнеке остался на борту. Его служба еще не окончилась, хотя роль изменилась кардинально. Боевой командир стал своего рода экскурсоводом для многочисленных офицеров высоких рангов из состава флотов Англии и США, в особенности из технических служб.

"Принц" как единственный сохранившийся в практически боеспособном состоянии тяжелый корабль германского флота, тем более, хронологически последний и технически весьма интересный, стал предметом повышенного интересов всех союзных стран. СССР претендовал на него, как на «свой» — ведь в 1939 году велись переговоры о продаже крейсера Советскому Союзу. Плюс к тому, по мнению Сталина, передача «Ойгена» послужила бы частичной компенсацией за тот ущерб, который он нанес своими орудиями советским войскам за последние годы войны. Однако и англичане говорили о «компенсации» — за «Худ», потопленный с участием «Ойгена». США пусть и не имели «боевых» претензий, тем не менее, проявляли повышенный интерес к механической установке тяжелого крейсера: ведь германская техника с использованием пара высоких параметров являлась единственным конкурентом американской. Как известно, остатки германского флота разделили на 3 примерно равные части и распределили их по жребию.