Одной из основных задач морской пехоты в первом периоде войны стала оборона военно-морских баз.

Стойкость и героизм проявили морские пехотинцы в обороне Либавы, Таллина, Моондзундских островов, полуострова Ханко, Заполярья, мужественно обороняли Ленинград, Одессу, Севастополь, Керчь, Новороссийск, Туапсе.

В ходе боевых действий за удержание военно-морских баз морская пехота сражалась, как правило, на наиболее трудных участках, на направлении сосредоточения противником основных усилий, там, где требовались особенные стойкость и мужество.

Лиепаю, в пятидневной обороне которой принимали участие отряд морской пехоты и сводный отряд курсантских подразделений, иногда называют второй Брестской крепостью. Здесь уже в начале войны впервые встретились немецкая и советская морская пехота, которую враг с тех пор стал называть «черной смертью».

В те трудные дни рождалась немеркнущая слава советской морской пехоты.

В обороне Таллина с 5 по 28 августа 1941 г. важную роль сыграла 1-я особая бригада морской пехоты, единственная к началу войны регулярная часть этого рода сил, ставшая боевым ядром обороны. Всего для обороны Таллина было сформировано 14 частей морской пехоты общей численностью около 14 тыс. чел. Батальоны бригады до последнего часа сдерживали натиск противника, обеспечивая эвакуацию гарнизона.

С первого дня войны начал свою легендарную, продолжавшуюся пять с половиной месяцев оборону гарнизон полуострова Ханко. Составлявшая основную боевую силу гарнизона 8-я отдельная стрелковая бригада полковника Н. П. Симоняка выполняла задачи морской пехоты. Характерно, что один из ее стрелковых полков был сформирован еще в самом начале обороны из моряков Балтийского флота.

В течение июля-августа 1941 г. сводный десантный отряд под командованием майора Б. М. Гранина в результате успешно высаженных десантов освободил от финнов 19 островов.

Героическая оборона Ханко вошла в историю Великой Отечественной войны как символ беспримерного мужества и стойкости морской пехоты. Не зря защитники Ханко, помня о славной победе петровской морской пехоты 1714 г., называли себя гангутцами. Сами по себе десанты, проводившиеся в условиях стратегической обороны, стали новым явлением в военно-морском искусстве.

Морская пехота Балтийского флота, защищая военно-морские базы совместно с сухопутными войсками и флотом, во многом способствовала сковыванию рвущейся к Ленинграду стотысячной группировки немецких войск.

Устойчивость обороны Ленинграда, особенно в начале блокады, в значительной степени поддерживалась мужеством и стойкостью восьми отдельных бригад морской пехоты, для формирования которых Балтийский флот только в сентябре 1941 г. направил 44 700 чел.

Всего в составе Ленинградского фронта сражались 87 635 моряков. Введенная в бой 11 сентября 1941 г. эвакуированная из Таллина и не успевшая доукомплектоваться 1-я отдельная бригада морской пехоты, несмотря на отсутствие артиллерии и нехватку стрелкового оружия, отразила попытки ударной группировки противника с ходу овладеть Красным Селом, которое несколько раз переходило из рук в руки.

Также мужественно бригада сражалась за Пулковские высоты и Урицк, где она вместе с 6-й отдельной бригадой морской пехоты не дала противнику прорваться в Ленинград через Красное Село — Урицк.

В ночь на 20 сентября 1941 г. входившие в состав Невской оперативной группы 4-я отдельная бригада морской пехоты и 115-я стрелковая дивизия форсировали Неву и захватили плацдарм на ее левом берегу. В самый тяжелый период обороны здесь было сковано до пяти дивизий противника, значительное количество танков, артиллерии и авиации.

Совместные наступательные действия 8-й и 42-й армий Ленинградского фронта, в составе которых действовали 1-я и 6-я ОБРМП, и высадка тактических десантов с 1 по 8 октября 1941 г. дали возможность войскам Невской оперативной группы, где сражалась 4-я ОБРМП, захватить плацдарм на левом берегу Невы в районе Московской Дубровки. Таким образом был сорван замысел немецкого командования соединиться на р. Свирь, где вела боевые действия 3-я ОБРМП, с финскими войсками и на 10 дней задержана переброска предназначавшихся для наступления под Москвой немецко-фашистских войск. В непомерно тяжелых условиях, стоя по пояс в воде, под непрерывным огнем противника создавали оборону на р. Свирь морские пехотинцы 3-й, ставшей в 1944 г. Краснознаменной, бригады морской пехоты.

Навсегда останутся примером мужества, стойкости и отваги морские пехотинцы 4-й отдельной бригады морской пехоты, сражавшиеся на знаменитом «Невском пятачке».

Наряду с этим, ставшим легендарным, участком обороны Ленинграда в героической летописи Великой Отечественной войны особое место занимает Ораниенбаумский плацдарм, где из 60 км общей линии обороны 50 км занимали морские пехотинцы 2-й и 5-й отдельных бригад, 1-го особого лыжного полка и нескольких отдельных частей морской пехоты. Именно здесь родилось название «Малая земля», которое нашло свое продолжение под Новороссийском и на полуостровах Среднем и Рыбачьем, где героически сражались соединения и части морской пехоты Черноморского и Северного флотов. В операции по прорыву блокады Ленинграда «Искра» в январе 1943 г. свои высокие морально-боевые качества показали морские пехотинцы, входившие в состав штурмовых групп стрелковых дивизий 67-й армии Ленинградского флота.

Так, штурмовые группы 136-й СД генерал-майора Н. П. Симоняка, состоявшие из участников обороны Ханко, за пять минут под огнем противника броском по льду преодолели Неву и овладели сильно укрепленным обледенелым левым берегом реки.

Образцы бесстрашия и смелости показали морские пехотинцы 73-й ОМСБ, входившей в состав Волховского фронта. Бригада первой ворвалась в Синявино и закрепилась на его окраине. Солдаты и офицеры переброшенной в 1942 г. под Ленинград из Севастополя 11-й армии Манштейна были потрясены, узнав, что и здесь против них воюет морская пехота.

В начальном периоде войны морская пехота Северного флота, действуя в составе десантов, высаживаемых во фланг и тыл противнику, во многом способствовала срыву наступления 19-го немецкого горно-егерского корпуса «Норвегия» на правом стратегическом фланге советско-германского фронта. Установившаяся здесь линия фронта оставалась стабильной до конца войны.

Для действий на суше в 1941 г. Северный флот сформировал особую бригаду и два полка морской пехоты, а также передал 14-й армии Карельского фронта 16 формирований общей численностью 10 700 чел. Кроме этого, 12-я особая бригада морской пехоты передала в распоряжение 14-й армии пять батальонов, а в ходе Мурманской наступательной операции помогла сорвать готовящееся наступление противника на Мурманск.

Важное значение имело создание в июле 1942 г. Северного оборонительного района (СОРа) численностью около 32 тыс. чел. Его основу составили три бригады и несколько отдельных частей морской пехоты. Боевая деятельность такого особого объединения флота на полуостровах Среднем и Рыбачьем значительно укрепила оборону войск Карельского фронта и способствовала успешному освобождению Заполярья в 1944 г.