Долго испытывать терпение Карно не пришлось — его скоро "ушли" в отставку. Но перед уходом он "хлопнул дверью" и, со своей стороны, успел лягнуть Бернадота, доложив первому консулу о том, что в районе действия Западной армии против Наполеона плетутся интриги и что "генерал-аншеф" смотрит на это более чем снисходительно. Всё это нервировало Бернадота и вносило дополнительные трения в отношения с Парижем. 6 сентября 1800 года он попросил Наполеона перевести его на открывавшийся португальский фронт, но тот решил отправить туда своего зятя, мужа сестры Полины, генерала Леклерка.

К октябрю обстановка в районе действия Западной армии стабилизировалась и Бернадот вернулся в Париж, откуда управление армией осуществлял до апреля 1801 года. Пребывание в Париже Бернадот пытался использовать для получения назначения в Италию, предложив на своё место Й. Мюрата, но Мюрат, зять Наполеона, наотрез отказался рокироваться с ним и сам отправился командовать Итальянской армией. Это сильно ударило по самолюбию беарнца: получалось, что первый консул при назначениях на важные посты руководствовался не заслугами генералов и пользой дела, а исключительно родственными соображениями.

Бернадот попытался заручиться поддержкой Наполеона, чтобы получить назначение в Сан-Доминго, но неожиданно туда за какие-то провинности, вместо обещанной Португалии, послали Леклерка. В ноябре Леклерк, отправляясь за границу, по пути в Брест посетил Бернадота в Ренне. Встреча была холодной, Бернадот не мог простить Леклерку, что тот перешёл ему дорогу. А зря! Осенью 1802 года Леклерк умрёт от жёлтой лихорадки, а вся вест-индская затея Наполеона закончится полным фиаско.

10 октября 1800 года на первого консула в опере должно было произойти покушение, исполнителем которого стал корсиканец Жозеф Арена. В числе сообщников Арены был заподозрен итальянский скульптор Джузеппе Черакки (Ceracchi), знакомый Бернадота. Дело было, по мнению Хёйера, сфабриковано полицией Фуше, который использовал в этих целях агента-провокатора Хареля. Провокатор сделал донос на многих видных якобинцев, включая Массена, Ланна, Саличетти и Бернадота. Поскольку заговор был раскрыт сразу после высылки из страны активных якобинцев, подозрение пало на Бернадота. Его имя внесли в т. н. проскрипционные списки, и он должен был, по всей видимости, разделить судьбу своих многих коллег-генералов. После ареста Черакки полиция Футе вплотную занялась Бернадотом, пытаясь инкриминировать ему соучастие в покушении и финансировании террористов. Когда Бернадот подъезжал к Парижу, подчинённые Фуше допрашивали Дезире.

Какая же связь существовала у Черакки с Бернадотом? Дело в том, что генерал прошлой зимой заказал у скульптора свой бюст и дал ему задаток! В конце концов следствие было прекращено за неимением улик. С помощью свояка Жозефа имя Бернадота из списков неблагонадёжных было вычеркнуто, но не из памяти первого консула.

24 декабря 1800 года на диктатора было совершено второе и тоже неудачное покушение. Во время проезда кортежа первого консула на одной из улиц Парижа взорвалась бомба. Когда Наполеона спросили, кто в случае его смерти должен будет сменить его на посту первого консула, он ответил:

— Генерал Бернадот. Он, как и Антоний, продемонстрировал бы возбуждённой толпе окровавленную тогу Цезаря.

Пожалуй, первый консул был прав: Бернадот продемонстрировал бы французам не только кровавый мундир Наполеона, но, возможно, и его голову.

В апреле 1801 года, после того как удалось помочь освободить из тюрьмы арестованного ранее отца известной содержательницы парижского салона мадам Жюльетт Рекамье, генерал Бернадот вернулся в Западную армию. На восточных фронтах дело шло к миру, и единственным неспокойным местом во Франции оставался район дислокации Западной армии. Бернадот всё ещё надеялся, что в ближайшее время состоится высадка в Англии. Наполеон собирался назначить во главе экспедиции Бернадота, Массена и Ожеро, и в Париже мрачно шутили, что главная цель всей затеи первого консула заключалась в том, чтобы все три якобинца нашли наконец свою смерть.

Супруга Дезире, вероятно уставшая от роли ревнивой львицы, стоящей на защите своего льва-героя, сразу окунулась с головой в светскую жизнь. Её всё время видели в салонах Парижа в сопровождении 49-летнего холостяка адмирала Лорана Трюге и Чиаппе.

21 мая 1802 года в связи с заключением мира с Англией Наполеон дал указание упразднить Западную армию за ненадобностью. 9 августа Западная армия была распущена, и Бернадот 10 октября снова вернулся в Париж, ожидая получить хоть какое-то новое назначение, но время шло, и, казалось, никто в его услугах больше не нуждался. Впрочем, одно предложение поступило: поехать генерал-капитаном на о-в Гваделупу, но Бернадот, естественно, от такой "чести" отказался. Отверг он также и предложение занять пост посла в Константинополе — с него хватило венского опыта! По приказу Наполеона Бертье начал в армии чистку, чтобы изгнать из её рядов всех республиканцев. Вероятно, для защиты республики первый консул в её сторонниках не нуждался, а собирался найти опору в её противниках. Бернадот ждал, когда Бертье доберётся и до него. Чистки от "неблагонадёжных элементов" полным ходом шли в государственном аппарате, в судах, в представительных учреждениях. Первый консул расчищал себе путь для пожизненного консульства и готовил базу для примирения с Ватиканом.

Люсьен Бонапарт в своих мемуарах (со слов брата Жозефа) описывает беседу, которую в это время первый консул имел со старшим братом Жозефом. Жозеф пришёл убедить Наполеона в том, что Бернадот — умный и порядочный человек и что ему следовало бы подыскать какое-нибудь подходящее занятие.

— Так-так-так, — произнёс первый консул, — если эта дурная южная голова не прекратит осыпать моё правительство упрёками, то вместо какого-нибудь назначения, о котором он ходатайствует, я прикажу его расстрелять на площади Каррузель.

— Вы хотите, чтобы я с этим пошёл к нему? — спросил Жозеф.

— Нет, — уже более благодушно сказал Наполеон, — это совет, который я даю вам, его другу и свояку, чтобы вы посоветовали ему вести себя поумней и осторожней.

Жозеф пожал плечами, пошёл к Бернадоту и пересказал свой разговор с братом. Занесённый над головой меч снова просвистел мимо. Угрозы со стороны диктатора были всего лишь словами, и посягнуть на жизнь Бернадота он не смел. Но отношения между соперниками от этого лучше не стали.

В июне 1802 года первый консул предложил Бернадоту пост губернатора и главнокомандующего французскими войсками в Луизиане, уступленной Франции по миру с Испанией в мае 1801 года, и Бернадот немедленно это предложение принял. Он понимал, что Наполеон избавлялся от него, но это было лучшее из того, на что он мог рассчитывать в своём положении, и с энтузиазмом взялся за подготовку к отъезду А. Блумберг пишет, что генерал всё ещё питал надежду на то, что таким образом ему удастся уйти из-под властной опеки первого консула. Бернадот потребовал выделить ему для отправки в колонию 6000 солдат, которых он намеревался содержать в Луизиане за счёт местных и собственных средств в течение двух лет. Наполеон это требование отклонил, и Бернадот, обиженный отказом, уехал с женой лечиться и отдыхать на воды в Пломбьер. В августе 1802 года в Луизиану уехал генерал Виктор, а потом начались дела с разоблачением антиправительственного заговора в Западной армии.