18 марта был подписан приказ о назначении Бернадота командующим Западной армией, а 17 апреля 1800 года он приступил к исполне-нию своих обязанностей, сменив на этом посту Брюна. Начальником штаба у него стал генерал Тилли. К этому времени первый консул провёл с руководителями инсургентов переговоры, в результате которых в провинции в обмен на прекращение военных действий всем мятежникам была объявлена амнистия. В лесах остались лишь самые заядлые бандиты, для которых война, грабежи и беззаконие стали уже способом жизни. Их банды подлежали уничтожению. Эта задача и была возложена на боевого генерала Бернадота.

Самый опасный, фанатичный и жестокий вождь шуанов Жорж Кадудаль, крестьянский сын, весной 1800 года сбежал в Англию и договорился там с графом Артуа, будущим королём Карлом X, о том, чтобы поднять в Вандее новое восстание, скомбинированное с роялистским переворотом в Париже. В начале июня он появился в Вандее. Наполеон проинструктировал Бернадота о необходимости проведения в отношении населения умеренной политики и по возможности избегать репрессивных мер, особенно в отношении священников.

Наполеон в ночь на 6 мая отправился в Дижон в т. н. резервную армию, которую после подготовки он намеревался ввести в потерянную — благодаря суворовским войскам — Италию. "Я снова хочу подвергнуть себя батальным опасностям, — сказал он перед отъездом Бернадоту, — и кто знает, что может случиться со мной. Если погибну, вы с сорока тысячами окажетесь у ворот Парижа… в ваших руках будет находиться судьба республики". Был ли искренен первый консул, признавая соперника своим преемником у кормила власти? В искусстве лицемерия у него не было равных! Но как бы то ни было, отношения между обоими соперниками с этого момента стали улучшаться — во всяком случае, внешне.

Армия, в которую приехал Бернадот, вместо 40 едва насчитывала 18 тысяч и находилась в жалком состоянии. Солдаты месяцами не получали жалованья, голодали, ходили оборванные и грязные и в стремлении выжить добывали себе средства пропитания у местного населения, что приводило к нежелательным эксцессам. Вандейцы снова стали собираться на тайные сборища и доставать из тайников припрятанное оружие. Результаты перемирия и амнистии сводились на "нет", и в провинции вот-вот должна была опять вспыхнуть война. Особенно упорно сопротивлялись пасификации служители церкви, и Бернадот уже приходил к мнению о том, чтобы вместо амнистии применять к ним более суровые меры, например — трибуналы.

Основные свои усилия Бернадот направил на то, чтобы искоренить причины недовольства как среди солдат, так и населения. Там, где можно, он вёл переговоры с местными предводителями, там же, где считал необходимым, применял силу, а в отдельных районах ввёл трибуналы. Он разъезжал по провинции и беседовал с населением, уговаривал крестьян, обещал им помощь и справедливость. Он пришёл к выводу, что карательные экспедиции и конфискация оружия были мало эффективны, и добился от правительства того, чтобы за добровольную сдачу крестьянами оружия выплачивались деньги. К концу августа 1800 года появились первые, хотя и скромные, позитивные результаты.

Одновременно с этим Бернадоту приходилось заниматься борьбой с английскими десантами и охраной всего северо-западного побережья Франции. В нюне 1800 года, после разгрома датского флота и расстрела Копенгагена, здесь появился флот Англии с 18-тысячным десантом. Подразделения Западной армии метались по берегу и пытались помешать высадке противника. Решающий бой произошёл под Кибероном, там французы не дали высадиться англичанам на сушу и заставили их вернуться на корабли. Только близ о-ва Нуармутье англичанам удалось высадить большую группу французских эмигрантов во главе с Кадудалем. К счастью, боевой дух мятежников к тому времени уже иссяк, и зажечь пламя нового восстания шуанов Кадудалю не удавалось. Попытки англичан закрепиться на французском побережье тоже потерпели неудачу.

Летом 1800 года к генералу приехала супруга с сыном и поселилась в епископском дворце в Ренне. Здесь на неё сильное впечатление произвели местные обычаи и постоянная опасность. По сообщению Изарна, Дезире иногда переодевалась в офицерский мундир и сопровождала мужа на конных прогулках. Уезжая в Париж, она договорилась с адъютантами мужа о том, чтобы они хорошенько присматривали за ним. Потом Жерар и Морэн писали ей письма и докладывали, как они остерегают своего шефа: в комнате рядом со спальней Бернадота всегда ночевал адъютант, во время поездок вместе с генералом всегда спал Жерар, а на лестницах и под окнами спальни стояли часовые; на прогулках генерала сопровождали 5–6 самых верных людей, одетых в такие же мундиры, что и сам объект охраны, — чтобы террористы и бандиты не сразу узнали, кто из них Бернадот. Аналогичные меры безопасности принимались на приёмах посетителей, во время завтрака, обеда и ужина и купания в ванне. Морэн успокаивал генеральшу, что жизни её супруга ничто не угрожает, потому что он пользуется в Вандее огромной популярностью.

Супруги находились в постоянной переписке друг с другом. Их письма, по свидетельству Хёйера, демонстрируют тёплые сердечные отношения. Бернадот советует Дезире не засиживаться дома и больше выходить в свет — ведь жизнь так скоротечна, и нужно сполна воспользоваться её благами. Он призывает её развивать свои музыкальные и танцевальные способности. Супруги живо обсуждают сына, которого настала пора отнимать от груди и вакцинировать от оспы. Много строк занимают советы супруга обратиться к зубному врачу и вытащить у Оскара больной зуб: лучше пострадать один раз, чем долго мучиться. К тому же больной зуб так портит внешний вид! Это замечание подвигло-таки трусиху Дезире пойти к дантисту. Правда, окончательно убедить её в этом помог корсиканец Чиаппе, общий друг супружеской четы Бернадотов. Генерал благодарит Чиаппе за помощь, а супруге пишет, что тот слишком часто стал у неё бывать.

В этот период Бернадот продолжал заниматься самообразованием и пополнять свои знания. Осенью 1800 года он составил записку о возможной ликвидации крепости Филиппсбург, в которой цитировал Морица Саксонского, Ллойда и др. авторитетов в области фортификации и военного искусства. Швейцарский публицист Этьен Дюмон в 1801 году после обеда, на котором присутствовал Бернадот, сказал, что был впечатлён его деятельностью и огромным влиянием на солдатскую массу и что его беседа за столом выдавала в нём вполне образованного человека. Приятное признание для бывшего гренадера полка Рояль-Марин!

Между тем к лету отношения между первым консулом и командующим Западной армией стали снова заметно портиться. Если раньше Бонапарт заканчивал свои письма к нему дружеской фразой "Je Vous salue et Vous aime" и приветами Дезире, то уже в письме от 18 июля он ограничился коротким "Je Vous salue", а потом тексты посланий и вовсе становились всё суше и холодней, пока к концу года переписка не прекратилась вовсе.

Одной из причин этого могли служить напряжённые отношения Бернадота с военным министром Л. Карно и постоянные жалобы на него первому консулу, который к этому времени уже, вероятно, задумал Западную армию упразднить, а также доклады полиции о причастности генерала к интригам против первого лица Консульства.

В сношениях с Карно Бернадот избрал весьма резкий и вызывающий тон, напоминая ему о том, что он, член Государственного совета и генерал-аншеф, а тот — всего лишь какой-то кабинетный генерал, который плохо понимает запросы простых солдат и к тому же в прошлом был на хорошем счету у якобинцев, а после 18 брюмера попал в опалу. Явно недозволенный приём критики! Как будто сам генерал не пребывал в точно таком же положении! "Мы более не живём во времена, когда донос или неприязнь могущественного властителя озна чали смертный приговор… Во всяком случае, я могу только высказать Вам сожаление, что вы не отдаёте справедливости человеку; участие которого к Вам в Ваших бедах всегда следовало за Вами и который снисходительно относился к Вашей политической карьере". Вот такой залп красноречия выдал генерал-аншеф в адрес своего коллеги, пытавшегося высказать своё мнение.