Тем временем 20 июля 1940 г. нарком внутренних дел Л.П. Берия направил в СНК СССР докладную записку, в которой указывалось, что «границы Эстонии и Латвии на побережье Балтийского моря в настоящее время пограничными войсками НКВД не охраняются. НКВД Союза ССР считает необходимым поставить вопрос об охране границ Эстонии и Латвии на побережье Балтийского моря пограничными отрядами НКВД и просит решения: для охраны участка от Вяйне Ропсу (Нарвский залив) до Турса (стык латвийско-литовской морской границы) протяжением 1150 км, а также для охраны островов Эзель [Сааремаа] и Даго [Хийумаа] сформировать 4 береговых сухопутных пограничных отряда в составе 20 комендатур – 112 береговых застав, 1 отряд пограничных кораблей и катеров в составе 68 единиц численностью 1 330 человек и 1 авиаэскадрилью… В портах Ревель [Таллин], Рига, Виндава [Вентспилс] и Либава [Лиепая] выставить контрольно-пропускные пункты численностью каждый в 106 человек… Для руководства вновь формируемыми пограничными отрядами сформировать Управление пограничных войск в г. Таллин, подчинив его начальнику пограничных войск НКВД Союза ССР»[1798].

Видимо, получив согласие советского руководства, нарком внутренних дел 21 июля издал приказ № 00867, согласно которому охрана побережья Балтийского моря была возложена на пограничные войска НКВД СССР. Для этого следовало сформировать Прибалтийское управление пограничных войск НКВД во главе с генерал-майором К.И. Ракутиным, реорганизовать 6-й, 8-й, 10-й и 12-й пограничные отряды, сформировать отряд пограничных судов, отдельную авиаэскадрилью и 4 отдельных контрольно-пропускных пункта. Соответственно расформировывались 84-й, 31-й и 104-й пограничные отряды. Кроме того, на линии старой границы между СССР и республиками Прибалтики сохранялась зона заграждения, на которой должны были нести службу 7-й, 9-й, 11-й, 83-й, 85-й и 103-й пограничные отряды[1799]. Соответственно 27 июля нарком внутренних дел доложил правительству, что «государственная граница Эстонии, Латвии и Литвы по побережью Балтийского моря и Финского залива (включая острова Даго и Эзель) с 26 июля 1940 г. принята под охрану пограничными войсками НКВД. Граница охраняется четырьмя пограничными отрядами и отрядом пограничных судов… Для руководства этими частями и организации охраны в г. Таллин сформировано управление пограничных войск Прибалтийского округа. На старой границе с Эстонией, Латвией и Литвой оставлено для наблюдения пять пограничных отрядов»[1800]. Следует отметить, что эти организационные меры проводились после провозглашения Советской власти в республиках Прибалтики, но до их формального включения в состав Советского Союза.

Тем временем 23 июля нарком внутренних дел направил в СНК СССР докладную записку № 2964/б/сс: «В соответствии с полученным заданием, НКВД СССР в июне с.г. подготовил за счет передислоцирования из Ростова, Белостока и Брест-Литовска, 3 полка внутренних войск двухбатальонного состава, для обеспечения оперативных задач НКВД на территории Литвы, Латвии и Эстонии.

В настоящее время эти полки находятся в Пскове, Бигосово и Гродно – до получения указаний.

НКВД СССР просит разрешить НКВД полки внутренних войск дислоцировать: 1 полк – г. Каунас, 3 полк – г. Таллин и 5 полк – г. Рига»[1801]. 26 июля Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило это предложение о дислокации полков внутренних войск НКВД в Прибалтике[1802]. В тот же день нарком внутренних дел издал приказ № 00894 о передислокации этих полков в Прибалтику к 29 июля[1803].

12 августа нарком внутренних дел направил в ЦК ВКП(б) докладную записку № 3203/б/сс: «В целях улучшения и приближения руководства пограничными и внутренними войсками НКВД, расположенными на территории Украинской, Белорусской, Эстонской, Латвийской, Литовской, Молдавской Советских Социалистических Республик и Крымской АССР, НКВД СССР считает необходимым произвести некоторые изменения в организационной структуре Управлений войск этих округов». Л.П. Берия просил утвердить прилагавшийся к этой записке проект постановления СНК СССР[1804]. 14 августа Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило постановление СНК СССР № 1466-574сс «Об изменениях в организационной структуре Управлений погранвойск НКВД», согласно которому в частности следовало Управление пограничных войск НКВД Северо-Западного округа, расположенное в г. Белосток, переименовать в Управление пограничных войск НКВД БССР и возложить на него охрану границы от Балтийского моря до Украинской ССР. На вновь сформированное в Таллине Управление пограничных войск НКВД Прибалтийского округа следовало возложить охрану побережья Эстонской, Латвийской и Литовской ССР до стыка с бывшей литовско-германской сухопутной границей[1805].

20 сентября было издано постановление СНК СССР № 1747-713сс «Об увеличении численности конвойных войск НКВД», согласно которому в связи с принятием под охрану объектов в Эстонской, Латвийской и Литовской ССР Наркомату внутренних дел разрешалось сформировать 1 полк и 2 отдельных батальона, увеличив общую численность на 2 тыс. человек. Наркомат обороны должен был призвать 1 952 человека и выделить соответствующее материально-техническое имущество[1806]. На основании этого постановления нарком внутренних дел 23 сентября издал приказ № 001189 о формировании в составе 15-й бригады конвойных войск 251-го полка с дислокацией в Каунасе, а в составе 12-й бригады – 153-го и 155-го отдельных батальонов с дислокацией в Таллине и Риге соответственно[1807]. 9 октября наркомы путей сообщения и внутренних дел направили на имя председателя СНК СССР докладную записку № 1-506с, в которой предлагалось для организации охраны 102 особо важных железнодорожных объектов в Эстонской, Латвийской и Литовской ССР сформировать в счет существующих штатов 2 полка войск НКВД (общей численностью в 3 147 чел.) и выделить «дополнительные ассигнования на устройство и размещение войсковой охраны, оборудование на объектах оборонительных сооружений, связи и сигнализации». Поддержав это предложение, В.М. Молотов переадресовал его в Политбюро ЦК ВКП(б), которое 11 октября утвердило изданное в тот же день постановление СНК СССР № 2002-844сс «Об организации войсковой охраны на жел[езно]дор[ожных] объектах Эстонской, Латвийской и Литовской ССР» о проведении всех этих мероприятий к 1 января 1941 г.[1808]. На основании этого постановления нарком внутренних дел 15 октября 1940 г. издал приказ № 001302 о формировании в составе 9-й дивизии охраны железнодорожных сооружений 83-го и 84-го полков с дислокацией в Риге и Вильнюсе соответственно, а в составе 51-го полка 2-й дивизии – двух стрелковых рот для охраны железнодорожных сооружений в Эстонской ССР[1809].