Продолжая плавание дальше вдоль южного берега сегодняшней удивительно живописной провинции Пинар-дель- Рио, каравеллы попали в столь мелкие воды, что в целом ряде мест экипажам приходилось их подтягивать с помощью лебедки и якоря, переносимых вперед на доступное расстояние канатов. Дальнейшее продвижение по мелководью, достигаемое такими большими усилиями, стало не только очень медленным, но и привело к образованию течей в корпусах судов, часто садившихся на дно. Кроме того, к этому времени серьезно поизносилась их оснастка, запасы продовольствия были на исходе, а команды начали проявлять недовольство тяжелыми условиями замедленного продвижения. Сам Адмирал стал испытывать определенное разочарование отсутствием каких-либо давно ожидаемых признаков Востока, о чем ему ощутимо напомнила встреча с новыми племенами на побережье: в этих местах жили уже не тайно, занимавшие большую часть знакомой территории Кубы и другие острова, а независимые остатки побежденных ими сибонеев. С учетом всех этих обстоятельств Колумб принимает решение возвращаться на Эспаньолу. Но перед тем как развернуть каравеллы обратно, он требует от членов экипажа дать под присягой показания, что Куба является частью континента, поскольку острова такой протяженности просто не могут существовать. По иронии судьбы в тот момент флотилия находилась всего в 50 милях от самого западного мыса Кубы, доказывавшего ее островной характер. 11 июня 1494 года Адмирал начинает возвращаться на восток.

Обратное плавание столкнулось с уже знакомыми ему серьезными трудностями навигации в этой части Атлантики: продвижение в глубоких водах было почти невозможно из-за встречного ветра и течения, а по мелководью вдоль берега оно было чрезвычайно медленным и небезопасным с учетом состояния парусников. Выбрав второй из этих маршрутов, флотилия потратила 25 очень трудоемких дней, чтобы продвинуться всего на 200 миль к Эспаньоле. Добравшись с большими усилиями до мангровых зарослей архипелага Садов Королевы, Колумб решил выйти на глубокие воды, где приспосабливаясь к изменениям встречного течения и более благоприятному направлению ночных бризов, он смог пройти 180 нелегких миль в течение 10 суток. Оказавшись теперь у мыса Креста и поблизости от Ямайки, Адмирал поворачивает уставшие каравеллы с уже голодающими экипажами в сторону этого острова, чтобы облегчить путь, пополнить там запасы и продолжить его обследование.

21 июля флотилия уже вторично вошла в сегодняшний залив Монтиго, получила первые пополнения запасов воды и продовольствия от дружественно настроенных индейцев, а затем обошла Ямайку с запада и вдоль ее южного берега и 19 августа вышла к самому восточному мысу острова (сегодня мыс Морант). Отсюда потребовался всего один день пути до западной оконечности Эспаньолы, а к концу этого месяца флотилия была остановлена сильным ураганом у небольшого острова, который Колумб назвал по имени родного города своего итальянского друга и спутника Микеле де Кунео Савона (сегодня Саона). Переждав буйство урагана на острове, Адмирал собирался направиться обследовать теперь уже совсем близкий Сан-Хуан (Пуэрто-Рико), но он серьезно заболел, и по решению совета офицеров каравеллы взяли курс на Изабеллу, куда они прибыли 29 сентября. Колумб подорвал свое здоровье постоянным недосыпом, плохим и недостаточным питанием, почти каждодневным промоканием в сырой воде и нервными переживаниями. Его состояние усугублялось и начинавшимся ранним артритом. По прибытии в Изабеллу Адмирал чувствовал себя так плохо, что сам сойти на берег не мог и был вынесен на руках своих матросов.

За время его отсутствия положение в испанской колонии и на острове в целом осложнилось еще больше. Узнав о бесчинствах отряда Маргарита в центре Эспаньолы, оставленный вместо Адмирала его младший брат Диего направил этому распоясавшемуся вояке приказ соблюдать инструкции королей в отношении обращения с индейцами. Однако вместо следования распоряжению своего командующего, возмущенный указами «ненавистного иностранца», Маргарит потребовал отмены приказа и начал собирать вокруг себя всех недовольных, с тем чтобы двинуться на Изабеллу и расправиться с Диего и его сторонниками.

Пока Маргарит готовился с этими планами, на остров из Испании прибыли три каравеллы с продовольствием и другими запасами в ответ на просьбу Адмирала, переданную ранее с Торресом. Во главе этих судов прибыл брат Христофора и Диего Бартоломео Колумб, находившийся до этого во Франции, где он и услышал о триумфальном первом плавании своего старшего брата в Индии через Атлантику. Бартоломео был замечательным картографом, опытным мореходом и хорошим администратором. Когда новость о невероятном успехе Христофора докатилась до Франции, Бартоломео направился на встречу с братом в Испанию, но не застал его, так как тот уже находился в своем втором плавании в Индии. Пользуясь известностью Адмирала, Бартоломео быстро получил доступ к королям, которые высоко оценили его деловые качества. При возвращении Торреса с докладом и просьбами Адмирала монархи назначили Бартоломео во главе трех каравелл, готовившихся к отплытию на Эспаньолу. Таким образом честь проведения первой флотилии через Атлантику без самого Христофора Колумба выпала его брату Бартоломео, который успешно справился с этой задачей.

Вскоре после ее прибытия на остров в Изабелу вошел со своим отрядом совершенно зарвавшийся Маргарит, которому вместе с другими недовольными повстанцами удалось захватить силой стоявшие на якоре каравеллы Бартоломео и уйти на них в Испанию. Там они стали распространять самые ужасные небылицы о действиях братьев Колумбов, обвиняя их в притеснении испанцев и в нарушении приказов монархов.

Несмотря на эти неприятные события, все три брата Колумбов после нескольких лет разлуки теперь радостно воссоединились на берегу Эспаньолы, чтобы совместными усилиями продолжать начатое Хрисофором большое, но нелегкое дело. Положение на острове даже после бунта Маргарита оставалось сложным как с точки зрения отношений с индейцами, так и со стороны все более недовольствующих колонистов. Желая навести на острове спокойствие и порядок в угоду колонистам, а также для доходного экспорта живого товара в Испанию, Колумб приступил к вылавливанию тех индейцев, которые оказывали сопротивление бесчинствам, творимым Маргаритам. Тем временем к концу 1494 года в Изабелу прибыли из Испании еще четыре каравеллы с пополнением запасов. Возглавлявший их капитан Торрес привез для Адмирала личное послание от монархов, в котором они рекомендовали ему оставить вместо себя одного из братьев или кого-то другого и вернуться в Испанию для оказания им помощи в переговорах с Португалией. Однако Адмирал считал невозможным перепоручать кому бы то ни было сложную ситуацию на Эспаньоле и решил сам продолжить осуществление начатых им жестких мер.

Ко времени отплытия Торреса в Испанию в конце февраля 1495 года по указаниям Адмирала и его братьев в Изабеле было собрано около 1500 выловленных тайно. Однако четыре небольшие каравеллы Торреса смогли разместить всего лишь 500 из них. Судьба этих несчастных пленников была совершенно ужасна — около 200 из их числа не вынесли длительного морского путешествия и погибли до прибытия в Испанию, а остальные были распроданы на аукционе рабов в Севилье, но вскоре погибли из-за чуждого климата. Те примерно 1000 индейцев, которых не удалось разместить на судах для отправки в Испанию, были предоставлены во владение каждому желающему колонисту, а оставшихся отпустили на свободу.