Чтобы дать знать о своем прибытии жителям поселка, он приказал запустить световые ракеты и сделать пушечные выстрелы. Однако никакой реакции из Навидад на эти сигналы не последовало. Совсем поздно вечером к капитане приблизилось каноэ с индейцами, которые криками стали вызывать Адмирала. Когда он появился на палубе, они передали ему подарки от его друга Гуаканагари и заверили его, что за исключением нескольких умерших все жители Навидад были живы и здоровы. Однако в личной беседе с ними индеец-переводчик Диего смог выведать столь страшную правду об их судьбе, что испанцы вначале не могли в нее поверить.

Как оказалось, после отбытия Колумба в Испанию двое из назначенных им руководителей общины Навидад организовали оставшихся людей в банды, которые прочесывали территорию Эспаньолы в поисках золота и женщин, вызывая недовольство и возмущение, а затем и сопротивление индейцев, которые до этого обеспечивали испанцев всем необходимым, передавая им в том числе и имевшееся у них золото. Особенно много неприятностей они доставили вождю Каонабо, племя которого проживало в центре острова. Доведенный до отчаянья бесчинствами испанцев, он во главе своих воинов сначала уничтожил мародерствующую банду королевского представителя Гутьереса, а затем напал на Навидад, где оставалось всего 10 человек для охраны укрепленного форта. Здесь испанцы были легко разгромлены, а те из них, кому удалось выбраться в окружающие заросли, были найдены и уничтожены. Этим самым было положено начало большим проблемам между невинными местными жителями и хищными пришельцами, что радикальным образом изменило положение на острове.

Рассчитывая по-прежнему на расположение к нему касике Гуакагарани, Колумб в первом порыве хотел приступить к восстановлению поселка Навидад. Однако врач экспедиции, познакомившись с местностью, сразу же высказал свои возражения, так как установил ее опасный малярийный характер и плохое качество питьевой воды ее источников. Кроме того, поселок оказывался расположенным далеко от главного обнаруженного района добычи золота. С учетом этих соображений Адмирал решил найти более благоприятное место для нового поселения, где готовились жить 2—3 сотни колонистов. Каравеллы снялись с якоря и направились вдоль берега Эспаньолы на восток. После почти месяца чрезвычайно трудного плавания против сильного встречного ветра и течения и пройдя всего 32 мили, утомленные экипажи и колонисты, потерявшие значительную часть привезенных из Испании домашних животных, наконец вошли в несколько защищенную бухту. Здесь Колумб довольно спешно принял решение основать новое поселение, назвав его в честь своей королевы «Изабелла».

Но совершенный без взвешенного обдумывания выбор и этого места оказался неудачным: гавань была открыта лишь на север и запад, не предоставляя необходимых портовых условий для кораблей, а источников питьевой воды для более чем целой тысячи человек явно не хватало. Потеряв практически месяц на поиски нового места для колонистов, в ходе которых было перерасходовано много продовольствия, погибло много ценных для организации хозяйственной жизни поселенцев домашних животных, не говоря уже об упущенных возможностях для сбора золота и продолжения открытий, в своем стремлении как можно быстрее приступить к выполнению важных запланированных дел, Колумб теперь действовал второпях. Ему хотелось также как можно раньше отправить большую часть судов с собранным золотом для короны, чтобы оправдать свои большие обещания на этот счет, одновременно сократить потребление быстро убывавших привезенных запасов продуктов и запросить их пополнение из Испании. Результаты ряда таких неудачных решений Адмирала не преминули сказаться довольно быстро.

А сейчас, оказавшись в выбранном месте, он приказал произвести общую высадку всего состава экспедиции для закладки нового города. По указанию Адмирала его план должен был повторить основные черты городского поселения метрополии с обязательной центральной квадратной площадью, на которой должны были находиться главная церковь (собор) и дворец губернатора с административными зданиями. От этого центра под прямыми углами должны были расходиться улицы с жилыми домами и хозяйственными постройками, разделяя город на правильные прямоугольники. Данный образец градостроительства был впоследствии принят и повторен практически во всех испанских колониях.

Сотни людей приступили к расчистке местности от кустов и деревьев, возведению первых простых построек и проведению канав для доставки воды от источников. В условиях тропической жары и при нехватке некоторого инструмента дело двигалось несколько медленно, и спешивший со своими планами Адмирал решил привлечь к работам слонявшихся без дела добровольцев из числа идальго. Однако эти никогда не знавшие физического труда аристократы, большинство которых теперь принадлежали к сильно обедневшим родам, были возмущены этим предложением Колумба, означавшим нарушение одной из главных привилегий их сословия, и отказались принять участие в работах, заявив, что они приехали воевать или собирать золото. В этой связи следует отметить, что большинство испанцев и без того были недовольны тем, что они находятся в подчинении у иностранца, а его попытки подвигнуть идальго к физической работе вызвали к нему самую настоящую ненависть, которая позднее приведет к очень неприятным для него последствиям.

Подгоняемый желанием быстрее собрать золото для отправки в Испанию и занять бездельников-идальго, всего через несколько дней после начала работ над закладкой нового поселения Колумб отправляет первый вооруженный отряд для обследования района Сибао, где по многочисленным свидетельствам местных индейцев находились залежи золота. Эту первую испанскую экспедицию за золотом возглавил лихой смельчак Алонсо де Охеда, который после двух недель похода вернулся с неплохим драгоценным грузом, чем очень обрадовал Адмирала. Конечно, такой подарок королям не был особенно впечатляющим по сравнению с ранее возникшими при дворе ожиданиями, но он все-таки мог оправдывать отправление части кораблей в Испанию.

Кормить 1200 человек несколько раз в день за счет привезенных запасов продовольствия и вина с каждым днем становилось все проблематичнее. На месте ничего не производилось, охотиться было не на кого, некоторые местные фрукты и овощи удавалось приобретать у индейцев, но этого было совершенно недостаточно и далеко не все они подходили европейцам. Попытки вылавливать незнакомые виды рыб нередко приводили к отравлениям. Одной из главных проблем становилась питьевая вода из источников, от которой люди часто болели. Малярия в свою очередь приковывала десятки людей к их примитивным хижинам, не позволяя участвовать в необходимых делах. Среди колонистов зрели неудовлетворенность и разочарование, которые на данном этапе еще сдерживались надеждами и мечтами на обретение золота для богатой жизни после возвращения в Испанию. Все явственнее становились опасения, что вскоре не останется достаточно продуктов и для снабжения кораблей, которым предстояло возвращаться в Испанию.

Несмотря на скромность собранного для отправки груза—а он в этот раз состоял из найденного Охедой золота стоимостью около 30 000 дукатов, ряда видов местных специй, нескольких десятков ярко раскрашенных попугаев и 26 рабов-индейцев, — Адмирал решает оставить при себе 5 судов, а остальные без дальнейших задержек послать домой с задачей доставить на Эспаньолу нужные продукты, вина, боеприпасы, домашних животных и товары. Требовалось и большее число людей. Уже через 35 дней флотилия из 12 каравелл под великолепным командованием Антонио де Торреса вошла в порт Кадиса, проложив первый торговый путь между колонией и метрополией и установив при этом рекорд скорости его прохождения, который держался в течение более трех столетий. Торрес представил королям устный доклад от имени Колумба о положении дел вместе с изложением его просьб и предложений. Все они были приняты с пониманием, за исключением идеи Адмирала начать активную торговлю рабами-индейцами. В ту эпоху рабство во многих странах Европы, Африки и Азии еще не рассматривалось как неприемлемое общественное явление, и в этом отношении Колумб не был исключением, хотя королева Испании не хотела участвовать в превращении невинных индейцев в предмет торговли у себя в стране, предписывая доброе к ним отношение в целях обращения их в христианство.