Если бы не ухудшение отношений между турками и египетскими мамлюками, можно было бы не сомневаться, что Баязид, несмотря на все заверения в дружественных отношениях между ним и орденом, вскоре начал бы атаку. Но передышка, данная сначала «делом Джема», а потом открытой войной между султаном и Египтом, позволила д’Обюссону значительно усовершенствовать оборону острова и построить новый флот для ордена. В последние годы его правления орден вместе с папской эскадрой вел довольно успешные действия против турок в районе острова Хиос. Им удалось захватить несколько крупных судов с богатым грузом. Вскоре после этого, двигаясь на юг, корабли столкнулись у Самоса с турецкой эскадрой, которая целиком сдалась. Пьер д’Обюссон умер в июне 1503 года. Ему было 80 лет. Этот один из самых выдающихся великих магистров сумел помешать Мехмеду II захватить остров. После этого он восстановил разрушенные фортификационные сооружения Родоса, привел в порядок финансы и благодаря дипломатическим усилиям обеспечил остро необходимую мирную передышку для своего островного королевства.

Годы после смерти великого магистра д’Обюссона, преемником которого стал Эмери д’Амбуаз из ланга Франции, были отмечены тем же неуклонным ростом благосостояния ордена. В 1503 году, когда турки послали на Родос шестнадцать галер и высадили на берег людей, с их галерами вступил в бой маленький флот ордена, и, несмотря на разницу в численности, турки были разбиты. Восемь кораблей были потоплены, а два – захвачены. Единственный ущерб ордену был нанесен взрывом пороховой бочки, которым снесло носовую часть одной галеры и убило восемь рыцарей и нескольких моряков. Последующие столкновения показали, что флот ордена намного превосходит турецкий и в огневой мощи, и в мастерстве судовождения.

Флагман ордена, каррака, водоизмещением около 2000 тонн, доказала, что рыцари ордена умеют действовать не только на галерах. Встретив крупное египетское судно в районе Кандии, на Крите, каррака вступила с ним в бой. Судно было захвачено неповрежденным. Это оказался самый богатый приз, какой ордену удалось захватить за всю свою историю, поскольку судно было нагружено сокровищами и всяческими ценными грузами, а среди его пассажиров были высокопоставленные мамлюки, выкуп за которых едва не превысил стоимость груза. Подобные успехи, когда о них становилось известно в Европе, естественно, повышали уважение европейцев к рыцарям, а после их триумфальной защиты в 1480 году Родоса распространилось мнение, что рыцари непобедимы. Это в свое время привело к опасно пренебрежительному отношению к реальной ситуации в ордене. Все же он был христианским аванпостом в сердце растущей Османской империи.

Знаменательная победа на море в 1510 году была воспринята как доказательство того, что орден может позаботиться о себе. Действие происходило в районе Лаяццо на материке, к северу от Кипра, где султан Баязид и мамлюкский султан Кансух аль-Гаури собирали свои ресурсы, чтобы строить большой флот в Красном море, предназначенный для выдворения португальцев, которые проникли в Индийский океан и серьезно мешали мусульманской торговле с Ост-Индией. Важность Лаяццо заключалась в том, что это был главный порт больших лесных регионов Малой Азии. Сюда свозили и складировали лес для нового флота. Когда на Родосе узнали, что большой конвой направляется из Египта в Лаяццо под командованием племянника мамлюкского султана, флот ордена немедленно вышел в море на перехват. Парусниками командовал француз, впоследствии ставший одним из самых выдающихся великих магистров ордена, Филипп Вилье де Л’Иль-Адам, а галерами – португалец Андреа д’Амараль.

Большая проблема Средиземноморья в дни, когда флоты состояли из таких разных типов судов, заключалась в том, что если одни корабли эффективны при попутном ветре, то другие – только в условиях штиля или при легком волнении. В данном случае, когда флот подошел к Лаяццо, где корабли мамлюков стояли на якоре в гавани, погода была идеальной для галер, которые скользили, словно волки, среди овец – торговых судов, но опасной для «круглых судов», которые в штиль могли быть разнесенными на куски береговыми батареями. Соответственно, Л’Иль-Адам склонялся к тому, чтобы подождать снаружи гавани и выманить суда мамлюков в открытое море, а д’Амараль хотел использовать скорость и мобильность галер, чтобы оказаться среди вражеских судов. К счастью для ордена, мудрая осторожность Л’Иль-Адама одержала верх, победив нетерпеливую импульсивность «капитана эсминца» д’Амараля. Флот остался у входа в гавань. Египтяне, как и ранее турки, понадеялись на свое превосходство в численности. Они дерзко вышли из безопасной гавани и вступили в бой. И снова искусство судовождения и тактика рыцарей ордена и моряков Родоса одержали верх над мусульманами. Речь шла об извечном конфликте между качеством и количеством, и рыцари уже давно усвоили, что на море одерживает верх качество. С другой стороны, на земле турки неоднократно одерживали победы, благодаря исключительно многократному превосходству в численности. Именно «принцип парового катка» сделал их хозяевами многих городов и стран. Ну а в морском бою, о котором идет речь, орден захватил пятнадцать судов, одиннадцать из них – крупные парусники, гордость египетского флота. Знамя ордена теперь развевалось над руинами турецко-египетской армады, а отряды, которые рыцари высадили на берег, оттеснили гарнизон вглубь материка. После этого рыцари сожгли всю древесину, ожидавшую отправки на Красное море. Такой великий триумф, и очень важный для Европы, которая теперь полагалась на португальские поставки специй, а не покупала их у мусульманских торговцев, вознес престиж ордена на небывалую высоту. Казалось, сами небеса покровительствуют кресту святого Иоанна. Правда, репутация непобедимости в конечном счете оказалась для ордена роковой. Кроме того, в споре между Л’Иль-Адамом и д’Амаралем (в котором первый принял тактически верное решение) были посеяны семена раздора, которые однажды окажут пагубное влияние на будущее ордена.

В 1520 году османский султан Селим Грозный, преемник Баязида, который существенно расширил свою империю, аннексировав Египет, умер как раз в тот момент, когда собрал армию, чтобы уничтожить «христианское гнездо гадюк». Его преемником стал единственный сын Сулейман, которому суждено было стать величайшим правителем в турецкой истории. Собственный народ почитал его как Сулеймана Законодателя за реформирование и кодификацию турецкого права. В Европе его боялись и в то же время уважали, называя Сулейманом Великолепным. Когда он взошел на трон, Сулейману было двадцать шесть лет. Он родился в первый год X века по мусульманской хронологии (Anno Hegirae 900) и положил начало периоду, который впоследствии назвали «самым славным в истории ислама». При нем Турция достигла вершины политического и военного могущества – Сулейман был блестящим государственным деятелем и непревзойденным военачальником. Он был не обычным турецким военачальником, а человеком образованным и культурным. Он был «султан османов, заместитель Аллаха на земле, властелин властелинов мира, обладатель мужских шей, король верующих и неверующих, царь царей, император Востока и Запада». Он обратил свой взор на Восток и решил, что прежде всего должен изгнать из своих морей знамя ордена святого Иоанна.

В 1521 году, через год после воцарения Сулеймана на троне, Филипп Вилье де Л’Иль-Адам стал великим магистром ордена, преемником способного итальянца Фабрицио дель Карретто, который почти все время, проведенное им на посту великого магистра, посвятил укреплению оборонительных сооружений ордена и подготовке ко второй осаде, которой – и это понимали все – избежать было невозможно. Он привлек одного из самых знаменитых военных инженеров того времени, итальянца по происхождению, чтобы привести всю фортификацию острова в соответствие с требованиями войны, в которой теперь господствовали пушки. Прежние дни высоких сравнительно тонких стен ушли в прошлое. Теперь укрепления должны быть массивными. Громоздкие угловые башни обеспечивали огневую поддержку уязвимых участков стен через бойницы, которые были сделаны таким образом, чтобы дать орудиям широкий угол стрельбы. Город Родос, унаследованный Л’Иль-Адамом, был так же силен, как и любой другой укрепленный город на земле.