«Союз прогрессивного петроградского духовенства», основанный в столице, пытался развернуть агитацию за церковные реформы среди рабочих. Но подобные начинания не получили распространения даже в столицах. Основная масса духовенства, поглощенная каждодневными проблемами, не смогла взять инициативу церковного обновления в свои руки. Ее перехватили активные прихожане. Повсеместно происходило ограничение епископской власти особыми епархиальными советами или комитетами избранных представителей клира и мирян, причем без согласия последних епископы лишались права на издание актов административного характера.

Обер-прокурор получил от Временного правительства поручения выработать проект церковных преобразований и подготовить созыв Собора. При этом обнаружилось стремление сохранить прежнюю модель взаимоотношений государства с церковью, что не могло не вызвать недоумения у иерархов, настроенных обновленчески. В.Н. Львов заявил, что передаст всю полноту власти Всероссийскому Церковному Собору, но никак не нынешнему Синоду, членов которого он не может признать истинными представителями свободной православной церкви. 14 апреля правительство распустило прежний состав Синода. Были назначены новые его члены, считавшиеся либеральными. Из прежнего Синода остался лишь будущий патриарх архиепископ Сергий. Вслед за тем пришлось выяснять отношения в епархиях. Некоторым иереям в марте-апреле пришлось давать объяснения по поводу своих действий накануне и после Февраля.

На епархиальном уровне последовали протесты против деятельности архиепископов нижегородского, воронежского, курского, харьковского, черниговского, епископов рязанского и екатеринбургского, орловского, полтавского. Критиковали и рядовых священников. С помощью взбунтовавшихся псаломщиков обер-прокурор Синода добился увольнения с тверской кафедры митрополита Серафима (Чичагова), имевшего репутацию крайне правого. Другого Серафима, епископа екатеринбургского, объявившего Временный комитет Государственной думы «кучкой окаянных бунтарей», осмелившейся посягнуть на «священные права помазанника Божия», местные власти подвергли домашнему аресту. На Урале ходили слухи, что его отправили в Петроград под конвоем. Такое действительно случилось с воронежским архиепископом Тихоном. Разумеется, лишился своего поста и небезызвестный архиепископ Евлогий. Комитет общественной безопасности Орла требовал, чтобы епископ Макарий, «ревнитель старого режима, сподвижник Восторгова и других темных деятелей» был уволен. В силу необходимости соблюдать процессуальный порядок упрямого епископа пришлось раз за разом отправлять в отставку, перемещая и понижая в должности.

Коллегиально-представительное начало вводилось епархиальными съездами на всех ступенях управления: по благочиниям учреждались благочинные советы из выборных представителей клира и мирян, по приходам — приходские советы (также из клира и мирян) и приходские собрания. Выборный порядок замещения духовных должностей распространялся на всех — от архиереев до рядовых священников. Но, судя по всему, крестьяне были склонны всего лишь менять «плохих» попов на «хороших».

Томский епископ Анатолий был отправлен в отставку по инициативе местного Совета, поддержанной съездом духовенства и мирян за то, что 11 марта он освятил знамя одного из отделов «Союза Михаила Архангела», присланное В.М. Пуришкевичем. 21 июля Синод телеграммой предложил Анатолию «подать заявление об уходе на покой». Епископ вынужден был согласиться, а позднее стал апеллировать к Поместному собору, требуя назначить следствие по своему делу. Но настоящая борьба за избавление от епископа, творившего, по мнению его противников, «самоуправство, произвол, пристрастие» и насаждавшего «архиерейское самодержавие», развернулась позднее.

Епископ рязанский Дмитрий, в прошлом возглавлявший местное отделение «Союза русского народа», имел обыкновение так поносить с соборной кафедры даже октябристов, что, по словам присутствовавших, «жутко было стоять в храме Божием». В апреле Синод отправил епископа в двухмесячный отпуск в Валдайский Иверский монастырь. В апреле 1917 г. нижегородский губернский Исполнительный комитет посадил под домашний арест архиепископа Иоакима, инкриминируя ему давление на духовенство с целью проведения в IV Думу нужных кандидатов, сотрудничество с жандармским управлением, «уничижительное» отношение к духовным лицам и т. п. Этого архиерея также удалили в отпуск. Сходная история случилась с владимирским архиепископом Алексием, обвиненном в связях с Распутиным. Большинство архиереев предпочитало тихо удаляться на покой. Но некоторые протестовали. В июне Синод заступился за арестованного местным Советом воронежского архиепископа Тихона. В результате его оставили управлять епархией.

Первые выборы правящего архиерея состоялись 3 мая в Чернигове, затем в Курске, а 24 мая — в Петрограде. В столице оказался избранным первый викарий епископ Гдовский Вениамин (Казанский). 19 мая на московскую кафедру был избран архиепископ Тихон (Беллавин) — будущий патриарх. Состоялся также съезд военного и морского духовенства. Протопресвитера Г. Шавельского переизбрали пожизненно. Тогда же Синодом было принято положение об избрании ректоров духовных академий, их помощников и преподавателей. Ректором Петроградской духовной академии стал Б.В. Титлинов — будущий идеолог обновленчества и «Живой церкви». И хотя июльский съезд ученого монашества принял резолюцию об «ограждении чистоты православно-богословской науки», его мнение осталось незамеченным. Отмечались и более радикальные начинания. Священник С.М. Соловьев, внук историка и племянник Владимира Соловьева, выступил с предложением об организации общества для исследования вопросов, касающихся соединения православной церкви с католической.

Состоялся также Всероссийский съезд единоверцев. В его постановлениях говорилось о необходимости иметь единоверческих епископов. Первый такой епископ — Симон (Шлеев) был рукоположен через год — 16 июня 1918 г.

В удалении «реакционных» иереев сыграли свою роль многочисленные доносы. Однако со временем некоторые из них ухитрялись возвращаться на прежние места: после пребывания в Валаамском монастыре одержал победу на выборах Антоний Харьковский. Но в целом участие отставных иерархов в выборах не приносило им успеха.

К лету 1917 г. Синод утвердил долгожданное Положение о приходе, наделив его статусом основной демократически самоуправляющейся ячейки церкви. Тем самым были закреплены результаты «церковной революции».

В принципе изменения шли в русле давно ожидаемых реформ, но теперь они приобретали подчас опасное для веры качество. Так, демократически настроенные священники и семинаристы использовали церкви для того, чтобы рассказать крестьянам о «христианской миссии революции». Среди служителей культа участились случаи неканонического поведения. Иные священники поспешили сбрить бороды, срезать волосы, облачиться в светскую одежду. Возмущение вызывали настоятели, покидавшие приходы или наспех проводившие службы.

1–10 июня 1917 г. в Москве проходил Всероссийский съезд духовенства и мирян. По количеству присутствующих (1268 чел.) он мог конкурировать с открывшимся чуть позже 1-м Всероссийским съездом Советов. Декларация съезда приветствовала революцию, поддержала идею передачи земли трудящимся и требования свободы вероисповеданий. Были сформулированы предложения по церковной реформе для будущего Собора. Идея отделения церкви от государства была отвергнута. Православная церковь по-прежнему виделась «главенствующей», получающей материальную поддержку от государства. Изучение Закона Божьего признавалось обязательным, народные школы предлагалось оставить в руках церкви. На таких же позициях стоял Всероссийский съезд церковно-приходского учительства. Низовое духовенство предпочитало прежнюю систему соподчинения церковных и светских институтов. Члены Синода пробовали протестовать, но их голос звучал неубедительно.