В самом широком смысле военно-морская администрация занимается военными операциями и логистикой (приобретением, ремонтом, снабжением кораблей и комплектованием их командой), а для создания постоянного флота необходимы надежные финансы и инфраструктура. (В этот период и последующие несколько веков к военно-морской администрации относились также призовые суды, где определялось право собственности на захваченные по закону корабли и грузы и происходило распределение вырученных от их продажи средств.) Самыми передовыми в Европе того времени считались два флота — венецианский, организация которого почти не изменилась по сравнению с предыдущими столетиями, и османский, достигший расцвета при Сулеймане Великолепном. В 1550-х в имперском Арсенале в Пере на Золотом Роге насчитывалось сто двадцать двойных стапелей, еще тридцать в Галлиполи и верфь в Синопе на Черном море. Вспомогательные флотилии базировались в Эгейском море (у Кавалы, Лесбоса и Родоса) и в Египте (в Александрии и Суэце), а подступы к Красному морю охраняла небольшая эскадра в Мохе. Кроме морских имелись и речные соединения на Дунае и Саве на Балканах. Особняком стоял корсарский флот в Алжире, не обязанный сражаться за Османскую империю, однако взрастивший немало известных османских флотоводцев (начиная с Хайреддина Барбароссы, уроженца Лесбоса, который вместе со своим старшим братом правил Тунисом и Алжиром).

Работники верфей объединялись в артели — плотники, весельщики, конопатчики, кузнецы, изготовители лебедок и так далее. На галеры, до XVII века составлявшие основную массу флота, моряков набирали в основном в провинции, и — по мнению венецианского дипломата в Стамбуле — «оплата и обращение им были обеспечены достойные».[1281] И хотя на корсарских кораблях (в том числе алжирских и принадлежавших мальтийским рыцарям-христианам) значительная доля команды была представлена пленниками, у османов рабов и арестантов среди матросов попадалось меньше, чем у христиан.[1282] В 1562 году, по свидетельству одного венецианского чиновника, рабы в команде имелись только на тридцати османских галерах. Девять лет спустя, в год битвы при Лепанто, команда тридцати неаполитанских галер состояла из арестантов на 47 процентов и на 10 процентов из рабов. В 1584 году арестантов было 60 процентов, рабов — почти 20 процентов. Набирать в команду невольников позволяла, кроме прочих причин, новая система гребли под названием а scaloccio.[1283] Если прежде, по системе alla sensile, каждый из троих-пятерых матросов, помещавшихся на одной банке, греб своим веслом, в a scaloccio трое-пятеро гребцов налегали на одно общее весло, более крепкое и длинное. В этом случае от гребца требовалось не столько мастерство, сколько физическая сила, поэтому на каждое весло достаточно было одного-двух опытных гребцов, а остальные обеспечивали мускульную массу. Вторая несомненная выгода заключалась в том, что содержать невольников было вдвое дешевле, чем свободных.

Из всех держав Западной Европы постоянный флот имелся лишь у Англии и Португалии — и только португальские корабли дислоцировались за пределами европейских вод. Об административной структуре португальского флота известно мало, однако операционных баз, разбросанных от Бразилии до Африки, Индии, Юго-Восточной Азии и Макао, у Португалии в отдельные моменты имелось до трехсот — в том числе Малакка, Ормуз, остров Мозамбик и, главное, Гоа и бразильская Баия.[1284] В последних двух размещались передовые судоверфи, где строились корабли, ничуть не уступающие тем, которые сходили со стапелей в самой Португалии. Разумеется, без кораблей покорять Восточное полушарие было бы невозможно, и португальские превосходили размерами и вооружением свои современные аналоги. Что немаловажно, португальские кораблестроители варьировали конструкцию судов в зависимости от предполагаемого применения.

По Carreira da India (Индийскому пути) ходили, главным образом, два типа судов: купеческие нао (или каракки, галеоны) и каравеллы армады (caravela de armada).[1285] Последние представляли собой увеличенную каравеллу-редонду, участвовавшую в португальском завоевании Африки и трансатлантических экспедициях Колумба. Двухпалубные каравеллы армады грузоподъемностью от 150 до 180 тонн были слишком малы для перевозки грузов на дальние расстояния, однако служили прекрасным эскортом на Индийском пути и применялись в качестве береговой охраны. Как правило, четырехмачтовые, они несли прямые паруса на фок-мачте, латинские — на остальных трех мачтах и четырехугольный блинд на бушприте. Более широкая, чем предшественники (для повышения устойчивости артиллерийских орудий), каравелла армады считается «первым океанским парусным кораблем, сконструированным специально для вооруженных действий на море в составе любого европейского флота».[1286] (Хотя некоторые венецианские верфи к XV веку уже вели инженерные расчеты на бумаге, первые печатные руководства по судостроению появились только в 1587 году[1287] — как ни парадоксально, в Мехико, — когда каравеллы уже сходили со сцены). Галеоны — вдвое превосходящие каравеллу размерами — появились примерно в середине века. Название «галеон» относили к широкому кругу относительно схожих кораблей от Венеции до Нидерландов, однако португальский галеон был сконструирован прежде всего для военно-морских нужд. Как правило, они были длиннее и у́же, чем нао, имели более низкий бак и четыре мачты — с прямыми парусами на фок — и грот-мачте, и латинскими на бизань-мачте и бонавентуре, — что в совокупности обеспечивало им превосходство над нао в скорости и маневренности.

В Северной Европе первую попытку создать государственный флот сделала Англия. Строить сухой док в Портсмуте повелел еще Генрих VII, но лишь сменившему его на троне Генриху VIII впервые за целый век удалось приумножить морскую славу страны. Сперва по его заказу были построены два корабля: «Мэри Роуз» (спущен на воду в 1510 году, по неосторожности потоплен в битве с французами в 1545 году и поднят со дна в 1982 году) и монументальный «Анри Грас а Дье» в 1514 году. Охватившая в начале XVI века Данию, Францию и Шотландию склонность к гигантомании,[1288] словно несущая в себе отголоски состязаний между эллинистическими царями, быстро сменилась тягой к конструированию более мелких и компактных галеонов — превосходящих прежние надежностью, мореходными качествами и универсальностью применения. Однако заделом на будущее для английских военно-морских сил служили не корабли как таковые, а строительство морских складов и площадок для технического обслуживания судов и обеспечение надзора за ними.[1289] С давних времен в Англии существовала должность смотрителя королевских кораблей, а также смотрителя-контролера и содержателя складов, в основном располагавшихся на Темзе. В 1540-х годах Генрих VIII расширил военно-морское ведомство, назначив лейтенанта адмиралтейства, казначея, инспектора по оснастке кораблей и главу военно-морского вооружения, а также учредив совещательный орган под общим названием «Совет по морским делам». В 1557 году на военно-морской флот был подписан особый бюджет, и год спустя, когда на трон взошла Елизавета I, «флот ее королевского величества» насчитывал двадцать три годных для службы корабля, стоявших на притоке Темзы Медуэе.