Согласно постановлению ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 г. Особые отделы ГУ ГБ НКВД СССР передавались в ведение Наркомата обороны и Наркомата военно-морского флота, в составе которых были образованы третьи управления НКО и НКВМФ, подчинявшиеся непосредственно соответствующим наркомам. В рамках реализации указанного постановления был издан совместный приказ НКВД СССР и НКГБ СССР от 12 февраля 1941 г., регламентировавший порядок передачи дел в контрразведывательные подразделения различных ведомств[82].

На вновь образованное Третье управление НКВМФ были возложены задачи по предупреждению и пресечению шпионажа, диверсий, вредительства, антисоветских проявлений на флоте. Начальником 3-го управления НКВМФ был назначен дивизионный комиссар А.И. Петров. Соответствующие преобразования были проведены и в особых отделах флотов и военных флотилий. Особый отдел Северного флота был преобразован в 3-й отдел штаба Северного флота, Особый отдел Тихоокеанского флота — в 3-й отдел штаба Тихоокеанского флота. Соответствующие реорганизации происходили и в структурах контрразведки Амурской, Дунайской, Каспийской и Пинской флотилий. Начальники третьих подразделений по флотам, флотилиям и ниже имели двойное подчинение: по линии командования и по всей вертикали 3-го управления НКВМФ.

Для координации деятельности разведок и контрразведок различных ведомств, борьбы с «антисоветским элементом», выработки общих методов работы, дачи установок и указаний по отдельным делам и запросам, затрагивающим интересы соответствующих органов НКГБ, НКО, НКВМФ и НКВД, разрешения возникающих разногласий, в Москве был образован Центральный совет по координации агентурно-оперативной и следственной работы органов НКГБ, Третьего отдела НКВД и Третьих управлений Наркомата обороны и Наркомата военно-морского флота, в состав которого вошли наркомы государственной безопасности и внутренних дел, начальники третьих Управлений НКО и НКВМФ. Аналогичные советы из представителей органов НКГБ, НКВД и третьих отделов НКО и НКВМФ создавались в военных округах[83].

Центральный и местные советы по координированию агентурно-оперативной и следственной работы органов НКГБ, Третьего отдела НКВД и Третьих управлений НКО и НКВМФ созывались по мере накопления оперативных, организационных и иных вопросов, подлежащих разрешению на заседании советов, но не реже одного раза в месяц[84].

Организация взаимодействия строилась на взаимном обмене оперативной информации, выработки единства действий и соблюдения общих форм, методов и способов в агентурнооперативной и следственной работе органов НКГБ, Третьих управлений НКО и НКВМФ и Третьего отдела НКВД. В этих целях НКГБ направлял Третьим управлениям НКО и НКВМФ и Третьему отделу НКВД: приказы и директивы по агентурнооперативной и следственной работе; ориентировки о контрреволюционной деятельности иностранных разведок, вскрытых контрреволюционных формированиях и методах их подрывной деятельности в СССР; агентурные, следственные и прочие материалы на военных атташе, военных советников, полпредов СССР за границей, инструкторский состав правительственных учреждений и работников разведывательных органов армии и флота; приказы, учебные пособия, инструкции, программы НКГБ по специальной подготовке.

Реформа военной и военно-морской контрразведки шла медленно по причине низкого уровня взаимодействия специальных служб. 19 апреля 1941 г. было принято постановление ЦК ВКП(б) и СНК СССР, в котором указывались недостатки «в единстве действий». К координации оперативно-розыскной работы привлекли сотрудников аппарата НКГБ СССР, наделив их широкими полномочиями. В штат органов Третьих управлений НКО и НКВМФ, а также в 3-й отделы и отделения бригад, военно-морских баз и военно-учебных заведений — до округов и флотов, были введены должности заместителей начальников, которые непосредственно подчинялись соответствующим начальникам НКГБ — УНКГБ по территориальности с одновременным подчинением начальникам третьих подразделений армии и флота. Такое двойное подчинение обосновывалось интересами координации работы[85].

29 мая Центральный совет по координации агентурнооперативной и следственной работы утвердил инструкцию, которая установила порядок совместной деятельности. НКГБ СССР стал основным подразделением в сфере организации разведывательной и контрразведывательной работы. Центральный и местные советы созывались по мере накопления оперативных, организационных и иных вопросов, но не реже одного раза в месяц. Важно было добиться оперативного обмена разведывательной и контрразведывательной информацией, сохранить единство действий и соблюдать общие формы, методы и способы в оперативной и следственной работе органов НКГБ, НКВД, Третьих управлений НКО и НКВМФ. В этих целях Народный комиссариат государственной безопасности направлял Третьим управлениям НКО и НКВМФ и Третьему отделу НКВД: приказы и директивы по оперативной и следственной работе; ориентировки о контрреволюционной деятельности иностранных разведок, вскрытых контрреволюционных формированиях и методах их подрывной деятельности в СССР; материалы на военных атташе, военных советников полпредств СССР за границей, инструкторский состав правительственных учреждений Монгольской Народной Республики и работников разведывательных органов Красной армии и Военно-морского флота; приказы, учебные пособия, инструкции, программы НКГБ СССР по оперативной деятельности.

С самых первых лет своего существования военный флот Советской России находился в сфере пристального интереса английских, германских, румынских, финских, французских, японских и других разведывательных служб иностранных государств. Об этом свидетельствовали документы, которые оказывались в распоряжении советской военной и морской контрразведки.

Так, в феврале 1921 г. закордонный агент направляет в Особый отдел ВЧК сообщение «О появлении в г. Ревеле документов о состоянии Балтийского флота» с приложением копии самого документа. Из поступивших материалов было видно, что у противника имеется полная информация о количестве наших морских сил на Балтике, техническом состоянии и вооружении кораблей[86].