В целях укрепления руководства Особого отдела ВЧК 27 августа приказом Реввоенсовета Республики на должность его председателя был назначен Ф.Э. Дзержинский — с оставлением его на постах председателя ВЧК и наркома внутренних дел.

В конце августа 1919 г. начальник Морских сил А.П. Зеленой и члены Реввоенсовета вышли в РВСР[52] с предложением воссоздать морскую контрразведку в виде Особого отдела Балтийского флота. Однако данное предложение, направленное из РВСР на заключение к Ф.Э. Дзержинскому, осталось без ответа. В то же время действительность настоятельно диктовала срочное решение этого вопроса, и в 1920 г. началось воссоздание морских контрразведывательных органов.

Становление Морского отделения Особого отдела ВЧК и его подразделений на местах проходило в трудных условиях.

Балтийский флот на всем протяжении своей истории являлся одним из основных оперативно-тактических морских соединений Российского государства. Учитывая стратегическое положение Балтийского театра, флот всегда находился в центре внимания военно-политического руководства Российского (советского) государства. Балтийский флот в первую очередь пополнялся новыми боевыми кораблями, в его частях и соединениях апробировались и проходили испытания новинки военно-морской техники, в том числе минно-торпедного оружия и средств связи. По сравнению с другими флотами пополнение Балтфлота техникой и кадрами шло более интенсивно.

19 мая 1920 г. командующий Морскими силами Республики А.В. Немитц[53] направил доклад председателю Революционного военного совета Республики (РВСР) Л.Д. Троцкому, в котором, ходатайствуя о назначении начальником морских сил Балтфлота Ф.Ф. Раскольникова, писал: «Балтийский флот в силу переживаемого нами крупного исторического потрясения, а также потому, что до сего времени, как мне кажется, не было достаточно сосредоточено на нем внимание организующих центров, находится в весьма неудовлетворительном состоянии… Необходимо настойчиво и планомерно провести ряд мероприятий по приведению упомянутого флота в боевую готовность»[54].

В этих целях А.В. Немитц просил упразднить Реввоенсовет Балтфлота как форму военного командования, мешающую проведению в жизнь распоряжений центра, а также назначить начальником морских сил Балтфлота «лицо авторитетное политически и действительно способное в военном отношении», предлагая в качестве кандидата на эту должность Ф.Ф. Раскольникова. Далее он просил пополнить «огромный некомплект некомандного состава Балтфлота», снабдить его углем и жидким топливом, улучшить работу заводов, выполняющих заказы флота[55].

8 июля 1920 г. Ф.Ф. Раскольников вступил в командование Балтийским флотом и занялся работой по улучшению боеспособности флота и укреплению дисциплины, которая активно проводилась летом и осенью 1920 г. В этих целях были изданы приказы, запрещающие увольнение в отпуска на судах, в частях и учреждениях без разрешения штаба флота, определялся порядок схода на берег на выходные дни (не более 15 % наличного состава судна) и в будние дни для устройства частных дел (не более 3 %) в Петрограде и Кронштадте[56].

Командующий флотом Ф.Ф. Раскольников запретил командирам кораблей и воинских частей посылать отряды для закупки продуктов, а также добивался от них наведения порядка в обеспечении вещевым и продовольственным довольствием. Эти меры были непопулярными среди личного состава и вызвали недовольство моряков Ф.Ф. Раскольниковым. Это стало ясно вскоре после того, как Центральная комиссия при Политуправлении Балтийского флота провела в сентябре — октябре 1920 г. перерегистрацию членов РКП (б) флота и выдачу им единого партийного билета. Результаты перерегистрации свидетельствовали, что около 22 % членов РКП (б) Балтфлота выбыли или были исключены из членов партии, а в партийных организациях Кронштадтской базы и крепости число выбывших и исключенных их рядов партии оказалось еще выше — 27,6 %. Часть выбывших из партии являлись латышами и эстонцами и желали уехать на родину в Латвию и Эстонию[57].

23 октября 1920 года Совет Труда и Обороны принял постановление о возрождении Балтийского флота. Петроградскому Совету депутатов и Комитету Обороны Петрограда поручалось обратить особое внимание на ускорение работ по восстановлению Балтийского флота.

Для того чтобы выяснить морально-политическое состояние личного состава Балтийского флота, 2 декабря 1920 г. в Кронштадт выехал представитель Особого отдела ВЧК В.Д. Фельдман. Уже 10 декабря он направил в Особый отдел ВЧК доклад, в котором отмечал, что «усталость массы Балтфлота, вызванная интенсивностью политической жизни и экономическими неурядицами, усугубленная необходимостью выкачивания из этой массы наиболее стойкого, закаленного в революционной борьбе элемента, с одной стороны, и разбавление остатков этих элементов аморфным, политически отсталым добавлением, а порой и прямо политически неблагонадежным, изменила до некоторой степени в сторону ухудшения политическую физиономию Балтфлота»[58].

Настроения моряков Балтфлота были связаны с надеждой на скорую демобилизацию в связи с окончанием войны, улучшением материального и морального состояния, а также желанием отдыха. Все, что мешало достижению этих желаний или удлиняло путь к ним, вызывало недовольство. Недовольство моряков было связано и с тем, что корабли «Севастополь»[59], «Петропавловск»[60] и др. были переведены из Петрограда в Кронштадт, так как «в Питере жизнь легче и веселей»[61].