В ходе дальнейшей реформы органов военной и морской контрразведки Особый отдел Балтийского флота приказом ОГПУ СССР от 19 февраля 1924 г. № 115/40 с 1 марта был реорганизован в морское отделение Особого отделения Полномочного представительства ОГПУ по Ленинградскому военному округу[69].

Приказом № 87 от 19 мая 1920 г. ВЧК учредила Особый отдел побережья Черного и Азовского морей[70], а через год — и аналогичный орган на Балтийском флоте. Примерно в это же время было создано морское отделение в ОО при ВЧК в Москве.

В дальнейшем в зависимости от внутриполитического положения в стране, обстановки в армии и на флоте происходили структурные и кадровые реорганизации в системе армейских и флотских особых отделов. В целом они были направлены на улучшение работы флотских контрразведчиков, а также на создание оптимальных условий для практической оперативной работы.

В соответствии с приказом ВЧК № 81 от 31 марта 1921 г. Особый отдел побережья Черного и Азовского морей был расформирован, а весь личный состав передан Цупчрезвычкому Украины[71].

В годы Гражданской войны флот Советской России был значительно ослаблен и находился в критическом состоянии. Морские силы на Черном море, Дальнем Востоке и Севере фактически были уничтожены. Лишь Балтийский флот сохранил свой корабельный состав, но и он находился в бедственном положении. Материальная часть кораблей, береговых батарей и морской авиации была изношена и нуждалась в капитальном ремонте и восстановлении. За время Гражданской войны были израсходованы запасы вооружения, боеприпасов и материальных средств. Судостроительные и ремонтные заводы, арсеналы и мастерские не работали, базовые сооружения разрушались.

В марте 1921 г. на X съезде РКП (б) было принято решение о восстановлении и укреплении Рабоче-крестьянского Красного флота (РККФ): укомплектование флота кадрами и их подготовка, восстановление корабельного состава, береговой обороны, портов, баз, тыла судостроительной промышленности, ремонтной базы, развитие теории военно-морского искусства. В первую очередь необходимо было приступить к восстановлению Балтийского и Черноморского флотов, что вызывалось их значением в обороне важных районов России, а также экономическими интересами — необходимостью установления торговли и судоходства со странами Западной Европы. Через Балтийское и Черное моря проходили кратчайшие и важнейшие для России пути в экономически развитые страны Европы.

В 1921 г. СНК принимает постановление «О государственном судостроении», предусматривавшее объединение судостроительных заводов и создание Управления судостроения. Началось восстановление Петроградского и Кронштадтского военных портов, осуществлявших судоремонт и ремонт морского вооружения. В 1922 г. удалось приступить к ремонту боевых кораблей, вспомогательных, торговых и промысловых судов.

Важным этапом в строительстве Красной армии и Военноморского флота была военная реформа, проводившаяся в 1924–1925 гг. В ходе реформы был реорганизован центральный аппарат наркомата, в частности создано управление Военно-морских сил РККА и введена должность начальника Морских сил СССР, которому непосредственно подчинялись реввоенсоветы и начальники Морских сил морей.

Состояние экономики Советской России не позволяло строить новые корабли, поэтому активно велось восстановление и ремонт кораблей и береговых батарей, достройка кораблей, находившихся в завершающей стадии строительства и обеспеченных готовыми механизмами и вооружением.

Период восстановления советского флота завершился примерно к 1927 г.: к этому времени было завершено восстановление кораблей, береговых батарей, военных портов, началось развитие морской авиации.

6 февраля 1922 г. ВЦИК принял постановление «Об упразднении Всероссийской чрезвычайной комиссии и о правилах производства обысков, выемок и арестов» и образовании при наркомате внутренних дел РСФСР Государственного политического управления (ГПУ)[72]. В системе ГПУ сохранялись особые отделы военных округов, флотов, армий и особые отделения корпусов, дивизий и узлов важных коммуникаций, однако была проведена и их реорганизация. 12 июля 1922 г. был издан приказ ГПУ «О задачах Особых отделов в связи с реорганизацией органов ГПУ», который требовал от Особых отделов «всестороннего освещения жизни Красной армии и Красного Флота, выявление недостатков, ненормальных явлений, нездоровых настроений войсковых частей, волнений, предупреждение недостатков, явлений и настроений, вредно влияющих на нормальную жизнь и деятельность частей и подразделений, повсеместный анализ этих недостатков и причин их порождающих, а также пресечения должностных преступлений в войсках и военных учреждениях»[73].

Ввиду необходимости «тщательного наблюдения за состоянием Черноморского флота и усиления борьбы с элементом разложения в нем, а также в целях объединения в одном органе ГПУ указанной работы» 20 февраля 1923 г. приказом ГПУ № 68 в городе Севастополе был организован Особый отдел Черноморского флота. Начальником Особого отдела ЧФ был назначен Яков Григорьевич Горин, бывший начальник Особого отдела Приволжского военного округа[74].

2 февраля 1926 г. Особый отдел Черноморского флота был передан из ГПУ Крыма и подчинен ОГПУ. Вскоре наименование Особого отдела Черноморского флота было изменено. В соответствии с приказом ОГПУ СССР от 9 августа 1926 г. № 164/59 Особый отдел стал именоваться ОО ОГПУ Морских сил и береговой обороны Черноморского и Азовского морей[75].

Шло становление органов морской контрразведки и на Дальнем Востоке. 23 июня 1923 г. приказом заместителя председателя ГПУ при Приморском губотделе ГПУ было организовано специальное морское отделение со штатом из шести сотрудников, осуществлявшее свою деятельность до 1 октября 1926 г.