После ввода в Литву советских войск литовские националистические организации вели организованную антисоветскую деятельность против СССР. Вхождение Литвы в состав СССР привело к тому, что большинство националистических организаций, так же как и в Латвии, ушли в подполье либо их члены эмигрировали из страны. Одним из организаторов антисоветской деятельности был министр иностранных дел Литвы Урбшис, который в июне 1940 г. призвал литовских послов в западных странах вести борьбу против восстановления советской власти в Прибалтике. В ноябре 1940 г. в Германии была создана националистическая организация «Летувю активисту фронтас» (ЛАФ). В начале 1941 г. ЛАФ насчитывала 36 тысяч человек, в марте были созданы антисоветские подпольные центры в нескольких литовских городах.

После заключения Эстонии с СССР в 1939 г. пакта о ненападении и ввода в страну советских войск эстонские националистические организации стали готовиться к борьбе против Советского Союза. Вступление Эстонии в СССР в 1940 г. привело к тому, что националистические организации перешли на нелегальное положение. Одной из активных националистических организаций был «Комитет спасения Эстонии», ставивший задачу по свержению советского строя с помощью вооруженных сил Германии. Деятельность Комитета координировалась германской и финской разведками через работников германского доверительного управления и представителя фирмы «Нива» в Таллине, а также финских разведчиков Куска и полковника Казака. Организация состояла из отдельных законспирированных групп по 5–8 человек в каждой. Особое внимание «Комитет спасения Эстонии» уделял созданию подпольных ячеек в эстонских частях РККА. Весной 1941 г. советскими органами госбезопасности эта подпольная организация эстонских националистов была ликвидирована. По делу было арестовано 119 человек, в том числе 21 военнослужащий эстонских частей РККА, изъято большое количество оружия и боеприпасов, 260 кг взрывчатки, радиопередатчик с шифрами и кодами.

В Эстонии действовали и другие националистические организации: в Тартуском университете — «Национальные кадры», придерживавшаяся прогерманской ориентации; в Усть-Нарве — молодежная организация, готовившая вооруженное восстание.

Шпионажем в пользу Германии занимались многие организации балтийских немцев, плотно курируемые «Великогерманским балтийским союзом» под управлением Альфреда Розенберга. В Прибалтике в 1936–1939 гг. неоднократно бывали В. Канарис и другие руководители германской военной разведки абвер[104].

Ввод советских войск в Прибалтийские страны не означал начала их советизации. Политическое руководство СССР всячески демонстрировало, что не намерено вмешиваться во внутренние дела Эстонии, Латвии, Литвы. Такую же позицию рекомендовалось занимать и советским военнослужащим различного уровня, находившимся в Прибалтике. Так, 25 октября 1939 г. К. Ворошилов издал специальный приказ, регламентирующий поведение советских военнослужащих в странах Балтии, не допускающий их вмешательства во внутренние дела иностранных государств и ведения коммунистической пропаганды, а также требующий производить хорошее впечатление на местное население. В документе подчеркивалось: «Весь личный состав наших частей должен точно знать, что по пакту о взаимопомощи наши части расквартированы и будут жить на территории суверенного государства, в политические дела которого не имеют права вмешиваться». Советским военнослужащим, солдатам и офицерам категорически запрещалось встречаться с рабочими и другими организациями или устраивать совместные собрания, концерты, приемы и т. д. Военнослужащим категорически запрещалось вступать в контакт с местным населением и рассказывать ему о жизни в Советском Союзе. Ворошилов обращал внимание на то, что части РККА вступают на территорию чужой суверенной страны. Советские войска собирались в Эстонию, Латвию и Литву не в кратковременный поход, а надолго[105].

Военнослужащим советского Военно-морского флота при нахождении на территории Латвии, Литвы и Эстонии предписывалось строго соблюдать приказы наркома обороны СССР о поведении личного состава на территории иностранных государств, в частности запрещавшие вмешательство во внутренние, межпартийные и общественные дела. Обеспечить безопасность наших моряков, оградить их от диверсий и провокаций в местах дислокации предстояло сотрудникам Особого отдела Балтийского флота. Сотрудники особых отделов в частях и соединениях РККА и РККФ накануне ввода войск на территорию Эстонии, Латвии и Литвы вели проверку личного состава, отводя от направления за границу «неблагонадежных лиц».

19 октября 1939 г. была издана директива НКВД СССР № 4/59594 об организации контрразведывательной работы в частях Красной армии и Военно-морского флота, дислоцированных на территории Эстонии, Латвии и Литвы, направленная начальникам особых отделов корпусов, эскадр и береговой обороны. В директиве отмечалось, что нахождение частей Красной армии и Военно-морского флота «на территории дружественных нам иностранных государств, с которыми заключены договоры о взаимопомощи (Эстония, Латвия, Литва), создавало особые условия их оперативного обслуживания». НКВД СССР предполагало, что «разведывательные органы иностранных государств, несомненно, предпримут все зависящие от них меры к широкому использованию открывающихся для них возможностей проникновения в части РККА и РККФ в шпионских целях. С другой стороны, повседневное общение начальствующего и красноармейского состава с населением страны, на территории которой части дислоцируются, ставит перед особыми органами задачу тщательного наблюдения за поведением его в целях своевременного выявления и пресечения случаев дискредитации высокого звания представителя Красной армии и флота Советского Союза».

Нарком внутренних дел приказал: оперуполномоченным при частях и начальникам особых отделов ежедневно информировать командование о нездоровых проявлениях в частях, добиваясь принятия решительных мер к их ликвидации. Через каждые три дня представлять спецсводки о политико-моральном состоянии частей, боеподготовке, взаимоотношениях с окружением, случаях недостойного поведения отдельных военнослужащих, фактах связей их с подозрительным, враждебным СССР элементом, попытках вербовок иностранными разведками военнослужащих и т. д.

О чрезвычайных происшествиях доносить немедленно шифром. Через десять дней после прибытия на место представить в Особый отдел НКВД СССР подробный доклад, рисующий местную обстановку, условия работы, встретившиеся трудности и перспективы работы. Директива регламентировала и проведение комплекса оперативных мероприятий[106].

Учитывая, что были созданы военно-морские базы в Латвии (Либава, Виндава) и в Эстонии (Палдиски), образован военный порт (Таллин), в районе Таллина размещены 43-й отдельный артиллерийский дивизион, девять батарей береговой обороны, в Латвии был создан Особый отдел НКВД военно-морской базы КБФ (Либава) и Особое отделение НКВД отряда легких сил КБФ, а в Эстонии — Особый отдел НКВД военно-морской базы.