Советский сценарий на переговорах с Эстонией, Латвией и Литвой был примерно одинаков. Вначале СССР предлагал заведомо неприемлемые условия, потом шел не некоторые «уступки», что давало советскому руководству возможность говорить об уважении партнера по переговорам. В это же время происходила активизация советских войск на границе.

28 сентября 1939 г. между СССР и Эстонией был подписан пакт о взаимопомощи, в соответствии с которым Эстонская республика предоставляла Советскому Союзу право иметь на эстонских островах Сааремаа (Эзель), Хийумаа (Даго) и в городе Палдиски (Балтийский порт) базы военно-морского флота и несколько аэродромов для авиации на правах аренды. Численность советских гарнизонов могла достигать 25 тысяч человек.

5 октября был подписан договор о взаимопомощи между СССР и Латвией. Советский Союз получил право на создание военноморских баз в Лиепае и Вентспилсе (незамерзающих портах Балтийского моря) и несколько аэродромов для авиации, а также построить базу береговой артиллерии на побережье между городами Вентспилс и Питрагс. Общая численность гарнизонов должна была составлять 25 тысяч человек.

10 октября был подписан советско-литовский договор «О передаче Литовской республике города Вильно и Виленской области и о взаимопомощи между Советским Союзом и Литвой». Таким образом, Литва стала третьим государством (наряду с СССР и Германией), принявшем участие в разделе Польши. Договор предоставлял СССР право на размещение на территории Литвы советских войск и иметь гарнизоны в Вилейке, Алитусе, Приенае, а также пользоваться 8 посадочными площадками для авиации. На литовской территории размещались советские сухопутные и воздушные вооруженные силы численностью 20 тысяч человек.

11 октября советско-эстонская военная комиссия подписала соглашение о размещении войск и базировании флота в районах Палдиски, Хаапсалу, на островах Эзель и Даго. КБФ на период сооружения баз получил право в течение 2 лет базироваться в Роху-кюла и Таллине. Ввод в Эстонию частей Красной армии начался 18 октября.

В результате переговоров советско-латвийской военной комиссии пунктами базирования советских войск были определены: Лиепая, Вентспилс, Приекуле и Питрагс. Соглашение было подписано 23 октября, и в этот же день в Латвию начался ввод советских военно-морских сил, в Лиепаю прибыл крейсер «Киров» в сопровождении эсминцев «Сметливый» и «Стремительный».

28 октября было подписано соглашение о размещении советских войск в Литве в районах Новая Вилейка, Приенай, Гай-жуны.

Уже в октябре 1939 г. в Либаву были перебазированы отряд легких сил, подводные лодки и торпедные катера, в Таллине находились две бригады подводных лодок[100].

Нахождение советских воинских и морских контингентов на территории Прибалтийских стран создавало благоприятные условия для ведения разведывательной деятельности спецслужб Германии, Англии, Франции, США и других государств[101]. Это объяснялось наличием в странах Балтии большого числа лиц, негативно относившихся к советской власти. Здесь также были очень сильны националистические настроения.

Националистические организации Латвии, Литвы и Эстонии играли существенную роль в политической жизни своих государств. Правительства Прибалтийских государств в проведении своей внутренней политики, особенно в борьбе с идеологией коммунизма, опирались на эти организации. Ввод в Эстонию, Латвию и Литву частей и соединений Красной армии и сил ВМФ послужил сигналом для прибалтийских националистических организаций для активизации своей деятельности, а после вхождения названных Прибалтийских республик в состав СССР националистические силы ушли в подполье, продолжив антисоветскую деятельность. Подобная обстановка складывалась на Карельском участке советской границы, в Молдавии, Западной Украине, Западной Белоруссии.

Наиболее активно действовали полувоенные профашистские организации «Омакайтсе», «Кайтселиит» и «Исамаалиит» в Эстонии, «Айзсарги» в Латвии. В мае 1941 г. в Латвии при активном участии немцев была создана антисоветская организация «Латияс сарга», включавшая в себя латышей и «кулацкие белогвардейские элементы»[102].

По данным советских спецслужб, немецкие разведывательные органы во второй половине 1930-х гг. на территории Прибалтийских государств развернули масштабную шпионскую работу, направленную против СССР. Руководитель германской военной разведки адмирал В. Канарис в 1936–1939 гг. неоднократно посещал Эстонию, встречался с главнокомандующим эстонской армией Лайдонером и вел с ним переговоры по вопросам организации разведывательной работы, а также о позиции Эстонии в случае столкновения между Германией и Англией, Германией и Советским Союзом.

В марте 1941 г. советской контрразведкой была разоблачена резидентура немецкой разведки и связанная с ней антисоветская националистическая организация «Тевияс саргс», основной задачей которой было объединение всех националистически настроенных сил и подготовка вооруженного восстания с целью свержения советской власти. Организация приобретала оружие и военное снаряжение и намеревалась установить более тесные связи с Германией, рассчитывая на ее помощь во время вооруженного восстания. Эта помощь, по мнению руководства «Тевияс саргс», заключалась в том, что Германия объявит войну СССР, а латвийские националисты поднимут восстание в тылу Красной армии. По данным резидента германской разведки в Латвии X. Шинке, «Тевияс саргс» имела политическое и военной руководство, а также отделения по всей стране. В эту националистическую организацию вовлекались бывшие офицеры латвийской армии и бывшие айзсарги. X. Шинке отмечал, что идеологией организации является латвийский национал-социализм и она готова следовать в фарватере внешней политики Германии[103].

В Латвии действовала другая организация — «Кауя организация Латвияс атбривошанаи» (КОЛА), ставившая задачи освобождения Латвии путем поднятии вооруженного восстания в момент начала войны Германии против СССР. В 1941 г. органами НКГБ Латвийской ССР руководство организации КОЛА и 82 наиболее активных участника организации были арестованы.

В 1940 г. в Латвии были созданы организации «Латвийское народное объединение», «Латвийский национальный легион», которые также вели нелегальную работу и готовились к вооруженному восстанию в момент нападения Германии на СССР.