Суд проходил в большой комнате над Большим залом, в холодном и мрачном помещении, подавлявшем всю наскоро расставленную там мебель. На одном конце комнаты находился помост, на котором стоял пустой трон под балдахином с гербом Елизаветы. На скамьях без спинок, протянувшихся вдоль одной стены, поместились лорд-канцлер Бромли, Бёрли, пять графов и виконт. Одним из графов был ее прежний тюремщик Шрусбери, который сделал все возможное, чтобы ему позволили не являться на суд, даже предложил прислать свой вердикт о виновности еще до суда. Но Бёрли решительно напомнил ему его обязанности. На противоположной скамье располагались тринадцать баронов. Рядом с ними поместились Хаттон, Уолсингем, Сэдлер, Майлдмэй и Паулет. Вокруг них находились судьи и прочие светила юриспруденции. У всех них были столы, заваленные документами. В центре стояло кресло, предназначенное для Марии, с подушечкой для ног. Стола у нее не было. Ее должны были поместить у подножия королевского помоста, сделав ее положение наиболее унизительным, а судьи угрожающе расположились бы по сторонам.

Мария вошла, поддерживаемая Мелвиллом и Бургойном, а также хирургом, аптекарем и тремя дамами. Члены комиссии почтительно сняли шляпы и склонили головы, пока она, страдая от боли, медленно двигалась к креслу, заявляя при этом, что ей следовало бы сесть на трон на помосте, под балдахин. Как только она села, лорд-канцлер сообщил ей, что Елизавета «не без великой скорби» уведомляет: «Вы замышляли погибель для нее и Англии и изменение религии». Мария, все еще сидя, дала ответ, заговорив не о своей вине или невиновности, но о своем положении и об отношении к суду:

«Я — абсолютная королева и не сделаю ничего, что нанесло бы ущерб моему собственному королевскому величию, или же величию государей моего ранга, или же моего сына. Я пока еще не ослабела умом и не склонюсь под тяжестью моих несчастий… Мне совершенно неизвестны законы и статуты Англии; я лишена советников и не знаю, кто будет моими пэрами. У меня забрали бумаги и записи, и ни один человек не смеет выступить в роли моего защитника. Я невиновна в преступлениях против королевы. Я не подстрекала ни одного человека против нее, и меня нельзя обвинить иначе, чем посредством моих собственных слов, высказанных или собственноручно написанных, а таких улик против меня нет. Однако я не могу отрицать, что вверяла себя и мое дело иностранным государям».

Мария затем вновь заговорила о своем сане независимой и коронованной правительницы, а также о том, что Елизавета не помогла ей в беде. Все это попросту проигнорировали, и комиссия спокойно пошла дальше — к прямым обвинениям.

Королевский адвокат Годи, одетый в эффектную синюю мантию с красным капюшоном, подробно описал заговор Бабингтона и признал, «что Мария знала о нем, одобряла его, выразила свое на него согласие, обещала свою помощь и предложила пути и способы его осуществления». Это был ключевой момент, и Мария это знала. Она вполне могла догадаться о том, что по крайней мере часть ее корреспонденции — в руках суда, и предположить, что часть показаний против нее добыта под пыткой. Однако она не могла знать, какими именно сведениями располагает Уолсингем, и ей не сообщили о том, какие улики будут представлены на суде. Мария была убеждена в том, что комиссия признает ее виновной, а парламент приговорит ее к смерти, хотя и могла питать слабую надежду на то, что приговор не приведут в исполнение. Поэтому, зная, что терять ей нечего, Мария не колеблясь делала самые крайние заявления.

Выбрав тактику полного отрицания, которой она придерживалась перед Паулетом в Чартли, Мария утверждала, что не знакома с Бабингтоном, Баллардом или кем-либо еще из заговорщиков. Она «не подстрекала никого к совершению преступления, а находясь в тюрьме, и не могла знать или догадываться о том, что они пытались сделать». Она признала, что страстно стремилась обрести свободу, и это — «вполне естественное желание». Было зачитано признание Бабингтона, но Мария просто заявила, что ей писали многие и «из этого нельзя вывести, что она знала об их греховных намерениях». Затем были оглашены письма к ней от Бабингтона, а она сказала, что никогда не писала ему сама. На это был дан немедленный ответ — зачитали также и обличающее ее письмо от 12 июля 1585 года.

Теперь суд мог связать «шесть благородных джентльменов» Бабингтона, собиравшихся «взять на себя трагическую казнь» или «порешить соперницу-узурпатора», с просьбой Марии к Бабингтону дать ей знать о том, как «собираются действовать шесть джентльменов» и когда «настанет время джентльменам взяться за работу», долженствовавшую привести к ее освобождению и восстановлению католической веры. Мария была ошеломлена тем, как глубоко Уолсингем проник в тайну ее переписки. Тут она осознала: если суд решит, что письмо было написано ею, а она хорошо знала, что судьи склоняются именно к этому, тогда ее вина окажется несомненной. Она опасалась, что всеми делами заправляет желавший ее смерти Уолсингем, «который, как она слышала, злоумышлял против ее жизни и жизни ее сына».

Мария должна была реагировать без промедления, и ее защита оказалась очень простой. Она сказала суду, что хотя письмо и вправду было написано ее шифром, этот шифр был украден у ее агентов во Франции, а письмо представляет собой подделку. Мария вполне разумно потребовала, чтобы ей показали оригиналы писем: «Если они находятся у моих врагов, почему же они их не показывают?» Уолсингему оставалось лишь кусать губы. Мария продолжала, провозгласив, что даже и не думала о гибели королевы; «и здесь она пролила множество слез». В этот момент Уолсингем улыбнулся и медленно поднялся на ноги. Он ответил: «Заботясь о безопасности королевы и королевства, я тщательно изучил все умышления против них». Мария ответила, что на шпионов нельзя полагаться, и вновь залилась слезами: «Я бы никогда не погубила свою душу замыслом убить мою дражайшую сестру».

В этот момент Уолсингем отчаянно нуждался в подлиннике черновика письма, но при его отсутствии ему пришлось перейти к показаниям Но и Кёрла. Они не появились на суде лично, но их показания зачитали. Если бы у Марии была возможность допросить эту парочку, она вполне могла бы, апеллируя к их верности, добиться хотя бы частичного отказа от показаний, но ей не оставили другого выхода, кроме как отвергнуть их свидетельства: «Величие и безопасность государей низвергается, если оно зависит от сочинений и показаний секретарей… Если они написали что-то, наносящее ущерб королеве Елизавете, я об этом не знала… Я уверена: если бы они присутствовали здесь, то очистили бы меня от всякой вины в этом деле. Если бы я располагала своими записями, то смогла бы точно ответить на обвинение».

На следующий день она вновь заявила протест по поводу своего положения, «видя, что лишена всякой надежды на свободу», и выразила надежду на то, что состоится другой суд, на котором ей будет позволено иметь адвоката. Мария также заметила, что все члены комиссии явились в зал заседаний в сапогах и костюмах для верховой езды, и пришла к справедливому выводу, что это будет последний день суда. Она начала с нападения на своих обвинителей: «То, как со мной обращаются, кажется мне очень странным. Я ошеломлена назойливостью толпы адвокатов и юристов, которые, похоже, лучше разбираются в формальностях малых судов из небольших городишек, нежели в расследовании таких серьезных вопросов, какой рассматривается сейчас. Поскольку это собрание сошлось здесь для того, чтобы обвинить меня, я требую, чтобы было собрано другое собрание, на котором я смогу говорить открыто и свободно, защищая мои права и честь, и удовлетворить мое желание доказать свою невиновность». Бёрли ответил: ее протест будет отмечен, но письма, находящиеся у Уолсингема, являются достаточным доказательством. Демонстрируя искусность правоведа, Мария указала: «Могут быть доказаны обстоятельства, но не сам факт». Далее Бёрли обвинил ее в том, что она завещала свое английское наследие Филиппу Испанскому. Мария ответила: переход короны к католику некоторым кажется «благом». Затем Бёрли сказал ей, что Морган послал Парри убить королеву. Однако связать Марию с интригами третьей стороны без всяких улик не было никакой возможности, и Мария набросилась на него: «А! Вы — мой враг!» Бёрли ответил: «Да, я — враг врагов королевы Елизаветы».