Все поскакали к Тиксаллу, красивому дому, принадлежавшему сэру Уолтеру Астону. Мария, впрочем, не радовалась его привлекательности и не выходила из своей комнаты все две недели, которые ей пришлось провести здесь в заключении. Паулет не позволил Марии писать Елизавете, но разрешил двум дамам присоединиться к ней и привезти смену одежды, ведь на ней все еще был изящный костюм для верховой езды, в котором она рассчитывала насладиться охотой.

Тем временем Чартли подвергся обыску, в котором принимал участие сэр Уильям Уад; были конфискованы три кованых сундука с бумагами, а также ящики и коробки, куда поместили остальные документы, хотя важные черновики так и не были обнаружены. Был составлен перечень драгоценностей, которые забрали у Джейн Кеннеди. Он резко контрастировал с тем, что составили во Франции, когда Мария в первый раз овдовела, однако для узницы был весьма впечатляющим. Там были кольца с алмазами и рубинами, а также предметы личного благочестия: история Страстей Христовых, выгравированная на золотом распятии, изображенная на живописных панелях, а также наполненный пометками Марии часослов. Там были маленькие золотые животные — медведь, корова и попугай. Присутствовала там и личная коллекция портретов: портрет Елизаветы на слоновой кости, портрет Якова VI в золотой рамке, миниатюрные портреты представителей французской королевской семьи, а также родственников Марии — Гизов. Там были двойная миниатюра — портреты Марии и Елизаветы, маленькая шкатулка, усыпанная бриллиантами, рубинами и жемчугом, шесть небольших украшений и цепь с красной и белой эмалью — такая цепочка принадлежала Марии, когда она ребенком жила во Франции. Все сокровища прошлого были утрачены, а то, что осталось, подводило грустный итог личной жизни Марии.

Перспективы на будущее были заданы письмом от Елизаветы Паулету: «Господь многократно вознаградит тебя за отличное выполнение столь беспокойной обязанности. Пусть злобная убийца знает, с каким сердечным сожалением ее гнусные поступки вынудили нас отдать такие приказы; и просите ее от моего имени вымаливать у Бога прощение за измену той, что многие годы спасала ей жизнь». Теперь Елизавета уже не претендовала на роль сестры-королевы, исполненной сочувствия к бедствиям кузины. Она пришла в ужас от заговора Бабингтона и от того, что, как ей казалось, Мария одобрила ее убийство. С тех пор ее главной проблемой было решить, как безопаснее избавиться от шотландской кузины, не спровоцировав нежелательной реакции католиков.

После обыска и конфискации документов Марию вернули в Чартли, хотя при отъезде из Тиксалла дело не обошлось без драматических сцен. Паулет говорил: «Когда она выходила за ворота дома сэра Уолтера Астона, то, проливая слезы, громко обратилась к собравшимся беднякам: “У меня для вас ничего нет. Я — такая же нищенка, как и вы. У меня все забрали”. А когда она обратилась к джентльменам, то сказала им, плача: “Добрые джентльмены, я не знаю ни о каком заговоре против королевы”. Она навестила жену Кёрла Барбару Маубрей, которая в отсутствие Марии родила дочь; девочка за неимением священника оставалась некрещеной. Мария положила девочку себе на колени, нарекла ее Мэри и сама окрестила ребенка. Для нее было типичным выказать заботу о слугах и одновременно использовать любую возможность для публичного спектакля».

Вернувшись в Чартли, Мария, осознавшая теперь, что против нее выдвигают обвинение, слегла в постель, однако и там ей не удавалось укрыться от внимания Паулета, который подробно расспрашивал ее относительно тех самых «шести человек». Паулет понимал, что Мария едва способна сопротивляться, и прилагал все усилия, чтобы заставить слабеющую узницу признаться в участии в заговоре, но она отрицала, что ей были известны планы Бабингтона. Она с трудом припоминала те времена, когда он был подопечным Шрусбери: «Я часто получала письма с предложением помощи, но никогда не участвовала в этих планах». Паулет также желал получить доступ к шкафу в спальне, где хранились оставшиеся у Марии деньги. Шкаф оказался заперт, так что Паулет послал за топором. Мария, все еще лежавшая в постели в ночном облачении, послала Элизабет Кёрл за ключом и, «не надев шлепанцев или туфель», открыла для Паулета шкаф под бдительным присмотром вооруженных стражников. В шкафу обнаружили пять полотняных свертков более чем с пятью тысячами французских крон и две кожаные сумки, в одной из которых было 104 фунта золотом, а в другой — три фунта серебром. Мария сказала, что деньги предназначались для того, чтобы заплатить за ее похороны и расплатиться со слугами после ее смерти. Все деньги были отосланы в Лондон вместе с сэром Уильямом Уадом, захватившим и личные печати Марии. Паулет отметил на полях: «Эта леди в настоящий момент хранит немало денег у французского посла».

Тем временем Но и Кёрл подвергались допросу относительно содержания письма Марии Бабингтону. Кёрл прочел письмо Бабингтона и показал: «Я признаю, что расшифровывал такое письмо, написанное на одном листе бумаги и отправленное мистером Бабингтоном. Ответ на него был написан пофранцузски месье Но, а я должен был перевести его на английский и зашифровать». На это Уолсингем ответил: «Если бы только нашлись эти черновики».

Допрос двух секретарей продолжался; им показали те самые письма, что они отослали Бабингтону. Теперь Клод Но заявил, что писал под прямую диктовку Марии, а Кёрл признался, что сжег английскую версию письма. Это была знакомая история верных слуг, точно выполнявших приказы, а потом пытавшихся спасти свою шкуру, переложив вину на Марию. Вскоре после этого Но вернулся во Францию, а Кёрл, будучи англичанином, провел год в тюрьме.

В Лондоне же Уолсингем теперь имел все необходимое, чтобы предать Марию суду даже без черновиков; он сказал Елизавете, что этих документов больше не существует. Чартли не был подходящим местом для судебного процесса, и Уолсингем предложил Тауэр, но Елизавета отвергла этот вариант; она теперь явно стремилась к двум противоречивым целям. Она не могла позволить заточить сестру-королеву в Тауэр, но настаивала на том, чтобы Марию разлучили с ее слугами, а деньги конфисковали. Она отвергла также предлагавшиеся в качестве возможных мест для суда Хартфорд, Вудсток, Норхэмптон, Ковентри и Хантингдон, пока, наконец, не остановила свой выбор на замке Фотерингей близ Питерборо. Елизавета страшно боялась, что Мария станет символом какого-нибудь восстания, но была решительно настроена на то, что с шотландской королевой нужно обращаться хотя бы с внешним почтением. Бёрли указал, что поскольку Мария в Лохливене подписала статьи отречения, она больше не была правящей королевой, но это не изменило мнения Елизаветы. Уолсингем был в ярости из-за поведения Елизаветы, опасаясь, что суровое обращение с больной Марией — уже стало известно, что она очень плохо себя чувствовала и новый переезд мог стать последней каплей, — ускорит ее смерть и позволит ей тем самым избежать публичного суда, который он готовил. Лестер прямо написал Уолсингему, предлагая ему тихо отравить Марию, а на тот случай, если бы у Уолсингема оказались какие-либо религиозные возражение против убийства, рекомендовал ему англиканского священника, готового оправдать это деяние на основании Писания. Это предложение было отвергнуто. Некоторые члены парламента полагали, что, учитывая сообщения о состоянии здоровья Марии, все эти махинации были пустой тратой времени, так как женщина и так вот-вот умрет.