Конформисты считали теории о возможности сопротивления властям действенными лишь для определенного места и времени — такими рассуждениями они оправдывали выступления зарубежных протестантов против правителей-католиков. В Англии же, как считали конформисты, монарха можно было лишь направлять на путь истинный в делах управления с помощью знати, опирающейся на законные средства, и таким путем конформисты считали возможным остановить действия тирана, низложить с престола сумасшедшего.

Для обоснования существования чего-либо Хукер искал сочетания того, что говорят на этот счёт природа, разум и Писание. Как отмечает П. Лейк, подчеркивание Хукером значения человеческого разума в рамках его конформистской системы аргументов приводило к идее о том, что разум, коллективные свидетельства всей церкви тоже могут быть опорой для формирования мнений и действий человека. За авторитетом Писания у Хукера фактически стоял авторитет церкви: он больше не рассматривал Писание как удостоверяющее и истолковывающее само себя, поскольку развивал мнение, что спасающая сила и содержание Писания нуждались ещё в толковании и обработке с опорой на человеческий разум. Протестанты же до Хукера подчеркивали, что во все времена были люди, исповедовавшие истинную христианскую религию на основе Писания, которое удостоверяло само себя. Позиция Хукера давала возможность считать принадлежащими к истинной церкви всех, кто исповедовал базовые христианские постулаты, чем также мог быть дан ответ на вопрос «Где была ваша церковь до Лютера?». Хукер не соглашался с идеей Джона Фокса о том, что истинную церковь могли олицетворять следовавшие друг за другом в истории церкви подпольные еретические группы, и считал, что католическая церковь является частью истинной христианской церкви, так как её нельзя лишить её статуса из-за некоторых доктринальных ошибок. Этот аргумент был направлен против попыток пресвитериан подорвать истинность установленной церкви Англии, пользуясь, в сущности, тем же методом её обвинения в доктринальных ошибках. Хукер первым из конформистов поместил церковь Англии между Римом и пресвитерианским экстремизмом женевского происхождения и стремился преуменьшить связь между церковью Англии и европейскими реформированными церквами.

В понимании Хукера, необходимыми для включения в видимую христианскую церковь были крещение и исповедание христианской веры, так что в христианской стране практически никого не следовало лишать возможности состоять в христианской церкви. Видимая церковь, в толковании Хукера, представляла собой невозможную для разделения смесь истинно верующих и профанов, спасённых и осуждённых на гибель, и утверждал, что такова будет ситуация до конца существования этого мира, поскольку Христос умер за спасение всех людей, а остальное скрыто от человеческого понимания.

Хукер критиковал пуритан за то, что они сводили средства к спасению к слушанию проповеди, причем только хорошей, качественной проповеди, и подчеркивали значение понимания в вопросах веры. Согласно характерной для конформистской мысли позиции Хукера, Бог спасает человека не в зависимости от глубины знаний, а в зависимости от искренности веры. Главное для истинной религии, в понимании Хукера — богослужение, состоящее из трех элементов: молитвы, совершения таинств, литургических и церемониальных компонентов. Церковные церемонии, считал Хукер, играют наставительную роль, поскольку одни лишь слова проповеди в церковной жизни забываются, так что символические действия и ритуальная практика церковной жизни переставали восприниматься как сохранившиеся в церкви Англии папистские предрассудки, становясь важным средством церковного общения и наставления. В первые века истории христианства, как писал Хукер, христиане в исповедании веры изнуряли в молитве свои колени и руки, а сейчас в церкви пуритане в проповедях «изнуряют свои уши и языки». Хукер осуждал также импровизированные молитвы, к которым прибегали пуритане, и обвинительный стиль пуританских проповедей, приводивший, по его мнению, не к утверждению благочестия и добродетели, а к расколу, духовной гордости, тщеславию. Для Хукера не представлял интереса спор между теми, кто понимал Евхаристию как консубстанциацию или транссубстанциацию, поскольку таинства, в его толковании — предмет не дискуссий, а благочестивых размышлений. Такое же отношение к таинствами стала проповедовать арминианская группировка в церкви Англии. Пуритане же, обусловливая действенность и значение таинств сопутствовавшей проповедью священника, как утверждали конформисты, приобретали сходство с донатистами, анабаптистами. Хукер прилагал усилия к тому, чтобы вопросы, связанные с предопределением, перестали находиться в центре дискуссий и практических забот в церкви Англии. Для понимания взглядов Хукера, как считает П. Лейк, важен также текст, публикуемый обычно вместе с его трудом «Законы церковного устройства» и называемый «Дублинским фрагментом», так как он сохранился в виде копии, сделанной для архиепископа Армы Джеймса Ашера. В этом отрывке, отвечая на вопрос тех, кто вновь и вновь спрашивал, как всемогущий и любящий Бог, который предвидел грехи людей, отказался от предотвращения этих грехов, Хукер прибег в итоге к крайнему из использовавшихся богословами XVI в. аргументов: такова непостижимая воля Бога. П. Лейк полагает, что взгляды Хукера в «Дублинском фрагменте» в целом соответствуют кальвинистским Ламбетским статьям 1595 г., при этом высказывая предположение, что Хукер в своих взглядах не достиг определенной позиции в понимании вопроса о предопределении, поскольку в «Дублинском фрагменте» есть ощущение, что Хукер собирался ещё отметить необходимость ответных действий человека (проявления в нём веры) на то, чтобы соответствовать намерению Бога включить человека в число избранных — такая точка зрения соответствовала арминианской позиции в этом вопросе. Хукер считал, что его взгляды являются основой для среднего пути между крайностями пелагианства и кальвинизма.

В понимании Хукером церковно-иолитических вопросов, как показал П. Лейк, видны отличия в его взглядах от типичной позиции конформистов. Преобладающий тон конформистских выступлений способствовал формированию королевского абсолютизма. Хукер же настаивал на законодательном суверенитете всего общества, осуществляемом совместными действиями монарха, парламента и церковной конвокации, что, по мнению П. Лейка, даже напоминало политические взгляды пресвитерианина Томаса Картрайта. Эти рассуждения Хукера демонстрируют, что понимание политического строя в Англии как смешанной политии, состоявшей из трех сословий (короля, лордов и общин) встречалось не только у радикальных пресвитериан, но также и у конформистов. П. Лейк полагает, что трактовка политического строя Англии как смешанной монархии у Хукера была способна привлечь протестантский правящий класс в большей степени, чем идея абсолютной монархии, которую отстаивали конформисты. У Хукера это выглядело как предложение сделки протестантскому правящему классу: если он соглашался признать необходимость повышения социальной роли духовенства, духовные лица поддержали бы политическое значение парламента в управлении Англией и признали за влиятельными светскими лицами сохранение права голоса в жизни церкви. Аргументы в защиту божественного происхождения епископата, как считает П. Лейк, не гармонировали во взглядах Хукера с его стремлением опираться в организации церковной жизни на разум. Хукеру больше подходила эрастианская точка зрения на отношения церкви и государства.