В труде Хукера, как обращают внимание исследователи, содержались политические идеи, которые в предреволюционные десятилетия XVII в.

были неприемлемыми для королевской власти, но при этом содержание его главного сочинения давало важные аргументы в борьбе с пуританизмом. Дж. Гаскойн отмечает, что в книге VIII «Законов церковного устройства», которая была опубликована только в 1648 г., Хукер писал, что церковное законодательство в Англии и вообще в христианском сообществе должно приниматься с согласия светских лиц (то есть в английском варианте проходить через парламент), духовенства (то есть через конвокацию) с учётом верховной воли монарха, но такой взгляд на понимание королевской супрематии в церкви явно расходился порядками при Елизавете и первых Стюартах, поскольку церковное законодательство осуществлялось через епископов, конвокацию по воле монарха, но без участия парламента. Хукер же пришел к мнению, что власть монарха должна быть ограничена властью закона.

В правление Стюартов в обосновании политического и церковного устройства на первый план стали выдвигаться теории о божественном праве на власть у королей и епископов, и поэтому теория Хукера оставалась в предреволюционные десятилетия XVII в. не востребованной. Хукер считал, что епископы имеют божественную санкцию в исполнении своих полномочий, но не доходил до утверждения, что апостольская преемственность епископов является необходимой чертой истинной церкви. При этом Хукер полагал, что епископы должны признать, что церковь имеет полномочия на то, чтобы с общего согласия, если на то будут весомые причины, упразднить епископат в церкви, но это могло быть сделано в соответствии с упорядоченными процедурами согласованным решением всего политического сообщества, но в предреволюционное время выдвигались претензии на сохранение власти епископов в церкви Англии навсегда, исходившие от лодианской группировки. Это создавало напряжённость, поскольку епископы могли начать претендовать на самостоятельную роль в государстве, а не рассматривать себя как держателей должности по милости короны, что могло подорвать единство церкви и государства.

Исследователи высказывали мнение, что Хукер по своим взглядам находился в рамках существовавшей при Елизавете конформистской традиции, и в то же время его труд в некоторых отношениях определённо был новаторским. В оценке взглядов Хукера высказывался довольно широкий круг мнений. Р. Фолкнер считал, что у Хукера были новаторские политические идеи, направленные на восстановление влияния церкви и ограничение королевской супрематии. П. Лейк видел новаторство Хукера в том, что он подчёркивал значение церковной службы, способствовал развитию англиканства, делая акцент на значении молитвы, таинств, в противоположность характерному для кальвинистов акценту на проповедь в церковных службах. Э. Милтон утверждал, что Хукер был первым богословом времени правления королевы Елизаветы, который определял церковь на основе внешних признаков той веры, которую она исповедовала, а не на основе анализа чистоты доктрины данной церкви, и это давало Хукеру возможность более позитивно решать вопрос о том, может ли римско-католическая церковь быть отнесена к видимой церкви. Л. Джиббс и У. Хогард утверждают, что признание Хукером возможности использования человеческого разума было новаторским в среде конформистов и внесло новизну в споры с пуританами.

Среди исследователей также нет согласия в понимании вопроса о том, каким образом работа Хукера связана с существовавшей конформистской традицией. Ряд исследователей придерживался мнения, что и аргументы, использованные Хукером, и цели, которые он ставил перед собой в своих полемических произведениях, были теми же, что и у его современников-конформистов, а в происхождении своих взглядов Хукер заметно обязан Джону Уитгифту. Они преуменьшают оригинальность взглядов Хукера, обращают внимание на его связь с англиканской конформистской традицией и утверждают, что оригинальность Хукера состояла в мастерской репрезентации уже известных аргументов, а не в какой-то интеллектуальной новации. Высказывалось также мнение, что Хукер сам не создавал англиканского понятия «среднего пути» (via media), а поддерживал и развивал уже существовавшую англиканскую традицию «среднего пути», как он был заложен Томасом Кранмером и Николасом Ридли, поддерживался далее Джоном Джуэлом и Джоном Уитгифтом.

Полемизируя с такой оценкой, М. Перрот утверждает, что такой подход не даёт возможности понять, почему конформисты-современники Хукера сами не выстроили, подобно ему, такую же убедительную подборку аргументов в защиту церкви Англии, и развивает мнение, что Хукер высказал новые идеи, подкрепившие существовавшую конформистскую традицию.. Оригинальность взглядов Хукера склонен подчеркивать также П. Лейк. Он считает, что Хукер предложил свои «Законы» как средство полемики с пресвитерианством, но, вместе с тем, преследовал и неявную цель — утвердить особую англиканскую форму набожности в церкви Англии вместо господствовавшего кальвинистского подхода и хотел разорвать те связи, которые крепко привязывали церковь Англии к зарубежным реформатским церквам. Хукер продолжил поиск аргументов в отстаивании англиканского «среднего пути» между контрреформационным католицизмом и женевским пресвитерианством. Из аргументов Хукера можно было развернуть полномасштабное наступление на кальвинистскую форму набожности в церкви. Рассматривая Хукера как новатора, П. Лейк отмечал, что богословы и мыслители, пропитанные университетской культурой, часто формулируют и преподносят свои новые взгляды, излагая их с опорой на мнение авторитетов как голос коллективного разума. Поскольку целью Хукера было завоевание широкого круга сторонников, он и подкрепил свои идеи цитатами из такого широкого круга авторов — «это было политически грамотное упражнение в христианской риторике для защиты, в сущности, новых идей». Хукера, видимо, можно отнести к антирамистскому, аристотелианскому платонизму или платонистскому аристотелианству. Хукер также испытал влияние патристики, а также традиции английского общего права.

М. Перрот считает, что значение труда Хукера превосходит значение полемического антипресвитерианского трактата: за полемикой с пресвитерианами по вопросу о нонконформизме лежала основная мысль Хукера об использовании законов человеческого разума (естественного права) как ещё более убедительного аргумента против пресвитерианских нападок на ту форму церковного устройства, которая утвердилась в правление Елизаветы. Хукер критиковал пресвитерианство не только потому, что не считал пресвитерианский строй церковного управления подкрепленным авторитетом Св. Писания, но также за буквальное следование требованиям Св. Писания, поскольку следование такой умственной установке, как считал Хукер, питало нонконформизм во всех его разновидностях. До появления труда Хукера обычный ответ конформистов на критику со стороны пуритан устройства церкви Англии состоял в том, что, поскольку установленная форма церковного управления не является по сущности своей незаконной и провоцирующей суеверия, частные лица могут подчиняться этой системе церковного управления без всяких сомнений. Конформисты отмечали также, что Св. Писание не регулирует вопросы церковного устройства с абсолютной детальностью, и светская власть может выбирать подходящие для условий данной страны форму церковного устройства и богослужения. В последней четверти XVI в., как отмечает М. Перрот, церковь Англии находилась в состоянии, когда ей недоставало признанного авторитета, который внес бы ясность в те вопросы церковной жизни и церковного устройства, которые определённо не регулировались Св. Писанием, и поэтому в церкви возникли долгие споры, затронувшие внимание многих духовных лиц. Она полагает, что ситуация в церкви Англии не была такой уж необычной по европейским меркам того времени, но всё же придерживается мнения, что внутренние споры в церкви Англии были острее, поскольку в церкви Англии осталось много церемоний и управленческих структур, которые считались европейскими протестантами несовместимыми с существованием реформированной церкви.