По оценке Ф. Хил и Р. О'Дей, Хукер в полемике с пресвитерианством отстаивал идею о том, что церковь Англии обладала истинной доктриной и институциональной структурой, соответствовавшей принципам естественного права и лучшим образцам эпохи первоначального христианства.

М. Перрот трактует цель публикации главного труда Хукера как стремление убедить пуритан принять устройство церкви Англии на основе доводов разума. Хукер допускал, что пуритане испытывают сомнения относительно оправданности церковного устройства, которые вполне искренни, а не вызваны лишь их злой волей и умыслом, и обосновывал подчинение законам церковного устройства не тем, что за этими законами стоит авторитет властей, а тем, что законы, основанные на авторитете разума, могут быть здравыми, и это было новым в английском конформизме. Такой подход отличался также от проповедовавшегося пуританами преклонения перед Св. Писанием. Ранее конформисты в церкви Англии обосновывали необходимость подчиняться законам церковного устройства на основе других аргументов — Уитгифт предпочитал делать упор на том, что церковное устройство в Англии подкрепляется авторитетом существующей власти, Джон Джуэл подкреплял его авторитетом традиции.

Обсуждая вопрос о философских истоках идей Хукера, Дж. Гаскойн утверждает, что по своему происхождению философия Хукера — это телеологическая натуральная философия Аристотеля. У. Каргилл Томпсон считал, что Хукер использовал томистское понятие естественного закона, чтобы обеспечить более широкое философское обоснование возможности существования в церкви форм управления, не санкционированных прямо Св. Писанием. Таким образом, у Хукера глубже аргументировалась идея, которую развивал Уитгифт, о существовании в церковном устройстве порядков, которые можно было отнести к сфере adiaphora — второстепенных по характеру черт церковного устройства, которые регулировались по человеческому усмотрению в зависимости от конкретных условий. М. Перрот признает аргументацию Хукера более утончённой по сравнению с аргументацией Уитгифта, но Хукер всё же, но её мнению, связан с конформистской традицией, восходящей к выступлению епископа Лондонского Николаса Ридли в полемике с радикальным реформатором Джоном Хупером о возможности для протестантского священника ношения стихаря в 1550 г., когда Хупера убедили в уместности сохранения традиционного облачения епископов в протестантской церкви Англии, на что обращал внимание также X. К. Портер.

Уитгифт опасался развивать тезис о роли разума в регулировании церковного устройства — это могло привести к формированию в Англии такой системы церковно-политического устройства, когда возникла бы мысль о том, что действия властей подлежат самостоятельной независимои рациональной оценке.

Исследователи отмечают, что Хукер видоизменил томистское понимание функций разума утверждением, что человеческие законы имеют силу и значение для церкви, и авторитет разума имеет регулирующее влияние на церковные дела. Фома Аквинский, в отличие от такого подхода, утверждал, что церковное законодательство находится всё-таки в сфере божественного права. Опираясь на общечеловеческий разум и его авторитет, Хукер отмечал, что, учитывая значение общего человеческого разума, такие группы, как пуритане, представляющие меньшинство, не могут отказываться от признания установленных церковных законов под предлогом того, что они на основе своих частных выводов пришли к какому-то другому мнению.

Хукер считал, что божественные законы можно обнаружить, изучая природу. Иначе этот вопрос трактовали пуритане: благодать и природа, по их мнению, были вещами совершенно разными, и знание, полученное из Писания, было совершенно отлично от знания, полученного при изучении природы. У пуритан и церковь на этой основе отделялась от государства, поскольку государство — институт, созданный испорченной природой человека. Хукер же в своём труде преодолевал этот дуализм благодати и природы, государства и церкви. Подобным образом мыслил также Фома Аквинский, который считал, что благодать не уничтожает природу, а ведет её к совершенству, поэтому церковь может взаимодействовать с государством, а государство тоже имеет божественную санкцию на существование. Рассмотрение политического порядка в обществе как существующего помимо церкви, по мнению Хукера, могло вести только к дехристианизации политического устройства общества.

Хукер утверждал, что подчёркивание пуританами значения Св. Писания как единственного источника, из которого христиане могут черпать уверенность в формировании церковного устройства, лишает смысла само понятие второстепенного в церковной жизни (adiaphora) — в этом случае всё важно, не остается ничего второстепенного, чем даже подрывается принцип свободы христианина. Хукер, в отличие от пуританского подхода, полагал, что есть области жизни, относительно которых Св. Писание вообще молчит, но это не означает, что действия христианина здесь скованы и парализованы. Христиане просто должны пользоваться разумом в общественной и частной жизни, и вполне способны делать это с успехом, например, в судопроизводстве. С помощью разума люди также поняли, что Св. Писание — это божественное Откровение. Но использование разума в понимании божественных дел, считал Хукер, зависит от помощи Св. Духа и Божьего благословения. Хукер отмечал, что многие законы церковного устройства фактически и установлены с учётом опоры на разум, и это не ставит под сомнение их обоснованность. Пуритане же, по мнению Хукера, охвачены ложной уверенностью, что основывают свои действия на Св. Писании, в действительности произвольно толкуя его в интересах своей группировки. Как отмечал К. Томас, конформисты в церкви Англии в XVI–XVII вв. считали, что сила личного убеждения без опоры на авторитетные свидетельства не является основанием для внесения раскола в церковную жизнь.

Исследователи также высказывали мнение о существовании противоречия во взглядах Хукера между защитой им, с одной стороны, рациональности закона, а, с другой стороны, авторитета властей, поддерживающих этот закон. Х.Ф. Кирни утверждал, что Хукер пришел к позиции, которую отстаивал Марсилий Падуанский, обосновывавший необходимость конформизма только лишь тем, что законы церковного устройства основаны на авторитете государства, а не на рациональности этих законов. П. Мунц полагал, что Хукер просто приспосабливался к английским реалиям церковно-политического устройства, основывавшегося на королевской супрематии в церкви. Но А.С. Грейд и У. Каргилл Томпсон не видят здесь противоречия.

М. Перрот находит у Хукера мысль о том, что, если не удастся убедить пуритан сознательно подчиниться установленному церковному устройству, есть средства, чтобы убедить их силой закона, и, «возможно, забота о сознательном и разумном разрешении пуританами своих сомнений, на что надеялся Хукер, была лишь литературной уловкой с его стороны». Касаясь споров с пресвитерианами, Хукер отмечал, что у них нет авторитетных аргументов в пользу своей точки зрения, то есть таких, которые, по его словам, если представить их любому человеку, любой поймет их, не размышляя, поэтому приводимые пресвитерианами аргументы совершенно не являются однозначно основанными на Св. Писании, и во имя таких пристрастных толкований Св. Писания, как пишет Хукер, они предлагают меры, ведущие к беспорядкам в церкви. Хукер считал, что при отсутствии весомых аргументов в том, что законы церковного устройства в Англии не заслуживают повиновения, пуритане как сознательные члены политического сообщества должны отказаться от необоснованных личных симпатий и предпочтений и сознательно подчиниться существующему вполне разумному церковно-политическому устройству.