С отцом Олисея – Петром Михалковичем связаны также многие берестяные письма, написанные или полученные им. Изучение этой группы документов позволило установить, что именно Петр и его жена Мария (в берестяных грамотах – Марена) были заказчиками самой знаменитой новгородской иконы XII в. – «Знамения Богородицы», которая, как об этом сказано выше, участвовала в битве 1170 г. Как выяснилось, эта икона была написана в связи с бракосочетанием дочери Петра Михалковича – Анастасии и новгородского князя Мстислава – сына знаменитого князя Юрия Долгорукого. Эта свадьба состоялась в 1155 г. Тогда же по заказу Петра и его жены Марьи был изготовлен и один из выдающихся шедевров прикладного искусства – серебряный кратир (причастная чаша) мастера Косты, содержащий изображения Богородицы и святых Петра и Анастасии.

Тринадцатый век стал для Новгорода временем тяжких испытаний. В самом начале этого столетия на западных рубежах Новгородской земли возникает перманентная военная опасность со стороны обосновавшегося в Прибалтике немецкого Ордена. На северо-западных рубежах не менее опасной становится угроза шведской агрессии. В 1238 г. в ходе татаро-монгольского нашествия началось вторжение ордынских полчищ на новгородскую территорию. Войска Батыя в течение месяца осаждали новгородский город Торжок, уничтожив его героических защитников. Однако оборона Торжка спасла Новгород. Торжок был побежден в марте; к этому времени запасы фуража для конницы истощились, что испугало татар, поскольку реальной становилась угроза потери коней – главного средства военного передвижения. Татарское войско, не дойдя примерно ста километров до Новгорода, повернуло в южные степи.

После этого новгородцы смогли сосредоточить военные силы для защиты своих западных рубежей, где в 1240 г. Александр в битве на Неве победил шведов, за что и получил прозвище «Невский», а в 1242 г. разбил войско немецких рыцарей на льду Чудского озера. Однако эта победа не была окончательной, только после кровопролитного сражения под Раковором (Раквере в Эстонии) в 1269 г. на западных рубежах установилось затишье.

В то же время татаро-монгольское нашествие не прошло без последствий для Новгорода. Была разорвана система традиционных торговых и культурных связей с лежащими в развалинах русскими княжествами. На шестьдесят лет замерло строительство каменных храмов. Только в 1302 г. началось возведение каменного кремля на месте древнего деревянного. Существенным образом изменился модус взаимоотношений боярского Новгорода с князьями. Если раньше в основе этих взаимоотношений лежал принцип «вольности в князьях», то теперь новгородцы автоматически признавали своим князем того, кого золотоордынские ханы утверждали главой русских князей («великим князем»). Однако, поскольку главное поле деятельности великого князя оставалось за пределами Новгорода, его стали представлять присылаемые княжеские наместники. Так что участие великого князя в новгородских делах свелось к минимуму, укрепив тем самым боярский республиканский строй. Последним князем, который более или менее регулярно бывал в Новгороде, был внук Александра Невского Юрий Данилович.

Деятельность великого князя Александра Невского, который распространил на не завоеванный монголами Новгород обязанность выплаты дани и нарушил ряд боярских республиканских прерогатив, вызвала возмущение новгородцев, которые после смерти Александра приступили к реорганизации системы управления. В договоре с его братом великим князем Ярославом Ярославичем в 60-х гг. XIII столетия были подтверждены давно завоеванные новгородцами прерогативы: князь не имел права собирать государственные доходы с территории Новгородской земли (это делали сами новгородцы, контролировавшие тем самым бюджет государства), не имел права владеть на территории Новгородского государства какими-либо земельными участками на основе частной собственности, он также не имел права выносить судебных решений без санкции посадника. В том же договоре князь обязывался отказаться от тех нарушений закона, какие были допущены его покойным братом.

После этого функции князя в судебной области были еще больше ограничены. Если прежде в его ведении были все судебные дела, то в конце XIII столетия организуются торговый суд, находившийся в распоряжении тысяцкого (новгородского боярина) и епископский суд, в ведении которого оказался, в частности, большой массив населения, жившего на принадлежавших церковным институтам землях.

Последнее обстоятельство послужило поводом к еще одной существенной реорганизации. С конца XIII столетия в Новгороде наблюдается массовое монастырское строительство. Богатые боярские семьи основывали монастыри, становились их ктиторами и вкладывали в них значительные богатства, в первую очередь – земельные участки. Однако, поскольку вся система этих земельных владений становилась под контроль архиепископа как главы церкви, бояре хорошо осознали, что дальнейший процесс расширения монастырских владений способен превратить архиепископа из духовного пастыря в реального главу государства: «в чьих руках богатство, тому принадлежит и власть». Поэтому была проведена реформа, результатом которой стало учреждение должности архимандрита – главы всего новгородского черного духовенства.

Архимандрит, получивший в качестве резиденции Юрьев монастырь в 3 км от Новгорода, возглавлял игуменов главных монастырей пяти административных районов (концов) Новгорода. В церковных, канонических делах архимандрит, естественно, был подчинен архиепископу, но он не назначался архиепископом, а избирался на боярском вече подобно посадникам и другим должностным лицам государства и был подотчетен в своей экономической деятельности не архиепископу, а боярской власти. Иными словами, полный контроль над светской деятельностью архимандрита осуществляла корпорация бояр, которая могла сместить его, если он оказывался неугодным или неудобным. Боярские группировки активно пользовались этим правом.

В последней трети XIII в. в государственном устройстве Новгорода происходят важные перемены. Боярство, пытаясь смягчить соперничество в борьбе за обладание высшими государственными должностями, организовало орган, в котором были представлены интересы всех территориальных группировок. Особую административную систему получила купеческая организация во главе с тысяцким, который также избирался на определенный срок.

В самом начале 90-х гг. XIII столетия была осуществлена важнейшая реформа республиканского управления, сутью которой стали ежегодные выборы главы государства – посадника, главы купечества и свободного ремесленного населения – тысяцкого и главы черного духовенства – архимандрита. Лучшую форму контроля за деятельностью высших государственных руководителей трудно отыскать. С этими новыми формами государственного устройства Новгород вошел в XIV столетие.

Рубеж веков оказался заметной вехой в истории Руси, прежде всего, Новгорода во многих отношениях. Среди прочего особенно следует подчеркнуть роль Новгорода в укреплении русской экономики. Избежав военного разорения со стороны Золотой Орды и отбив агрессию шведов и немецких рыцарских орденов на своих западных рубежах, Новгород остался единственным регионом, в который в обмен на продукты сельского хозяйства, охоты, рыболовства и пчеловодства в значительных количествах из Западной Европы поступало серебро. В серебре нуждалась вся Русь как для собственных нужд, так и для постоянной выплаты дани Золотой Орде. Реэкспорт серебра из Новгорода в Тверь, Москву, Суздаль и другие города центральной Руси не только укреплял экономику Новгорода, но и будил агрессивные вожделения его соседей, провоцируя перманентные военные конфликты с Тверью, а потом с Москвой.