После пожара, уничтожившего деревянный Софийский собор, по инициативе князя Владимира (сына Ярослава Мудрого) в Новгороде в 1045–1050 гг. с участием киевских мастеров сооружается каменный Софийский собор, существующий и ныне. Это древнейший на территории России каменный храм. Одновременно с его сооружением были возведены новые фортификации кремля, надежно защищавшие собор и расположенную рядом с ним резиденцию епископа.

В последней четверти XI в. в Новгороде происходит ряд перемен, свидетельствующих об усилении местной аристократии (бояр) и ослаблении княжеских позиций. В 1088–1094 гг. в Новгороде княжил малолетний сын Владимира Мономаха Мстислав. Присланный из Киева на его место князь Давид был изгнан новгородцами, настоявшими на возвращении Мстислава. Это был первый случай проявления принципа «вольности в князьях», ставшей конституционным принципом новгородских бояр, ссылавшихся на прецедент приглашения Рюрика. В 1102 г. новгородцы снова противостояли Киеву в намерении заменить Мстислава киевским ставленником. Анализ археологических материалов импортного происхождения показывает, что противодействие Киеву сопровождалось торговой блокадой Новгорода: Киев перерезал пути поступления в Новгород южных товаров. Забота новгородцев о Мстиславе сопровождалась учреждением в его малолетство важнейшего государственного органа боярского правления – посадничества. Если раньше посадниками Новгорода назывались присылаемые из Киева наместники, теперь посадник избирался из числа бояр для совместного с князем управления Новгородским государством. Тогда же было установлено второе важнейшее ограничение княжеской власти – запрещение приглашенному князю владеть какими-либо землями на правах частной собственности на всей подвластной Новгороду территории. Это право предоставлялось лишь самим новгородцам. Кроме того, князь и его двор вернулись на Городище, где была возобновлена княжеская резиденция, просуществовавшая здесь вплоть до XVI в.

В 1117 г. Мстислав Владимирович по воле Владимира Мономаха ушел из Новгорода в Смоленск, оставив вместо себя в качестве новгородского князя своего сына Всеволода. Во время княжения Всеволода новгородское боярство установило еще одно ограничение княжеских прав. Изначально князь выполнял функции верховного судьи Новгорода. Теперь же был создан совместный суд князя и главы бояр посадника, в котором главная роль формально сохранялась за князем (он скреплял решения своей печатью). Однако без санкции посадника князь не имел права выносить окончательное решение. В ходе раскопок 1998 г. было открыто место заседаний такого суда, оборудованное в середине 1120-х гг. и функционировавшее на протяжении пяти или шести десятилетий, что отражено в более чем сотне найденных там берестяных документов, касающихся разного рода судебных конфликтов.

В 1136 г. мощное антикняжеское восстание приводит к полному торжеству боярства, реорганизовавшего систему политической власти и превратившего князя, по существу, в чиновника боярской республики. За князем остается функция судьи, постановления которого, однако, обретают силу лишь после их окончательного утверждения посадником.

С начала XII в. проблемы, связанные с землевладением, надолго становятся центральными в экономической и политической истории Новгорода. Новгородская земля была бедна полезными ископаемыми. На ее территории имелось лишь железо в виде болотных руд. Все остальное сырье для ремесленного производства поступало путем торговли: драгоценные и цветные металлы везли из разных стран Европы, янтарь – из Прибалтики, ценные породы дерева с Кавказа, драгоценные и полудрагоценные поделочные камни с Урала и стран Востока. Эквивалентом в международной торговле служили те богатства Новгородской земли, которые добывались охотой, рыбным промыслом и пчеловодством: дорогие меха, ценная рыба, воск и мед. Овладение землями, которые были богаты этими ценимыми в экспорте продуктами, стало базой экономического процветания новгородских бояр.

В структуру любой городской боярской усадьбы входили не только жилые и хозяйственные постройки, но и мастерские зависимых от владельца усадьбы ремесленников. Добываемые на боярских землях продукты обрабатывались этими ремесленниками и поступали на городской торг, на котором купцы получали возможность реализовать их в обмен на поступавшее из-за рубежей ремесленное сырье. В результате главный доход получали землевладельцы, обладавшие исходным продуктом.

В этой связи одним из основных направлений военной политики XII в. стала в Новгороде защита северных владений от посягательств на них со стороны Владимиро-Суздальского княжества. Исторические хроники отмечают многочисленные военные столкновения между Новгородом и суздальскими претендентами на эти владения. Из них наиболее значительным был поход суздальцев на Новгород в 1169–1170 гг., завершившийся победой новгородцев, успех которых был приписан чуду от иконы «Знамение», ставшей главной святыней Новгорода на все будущие времена.

Во внутренней политике новгородского боярства многое определял элемент соперничества между территориальными группировками, восходящего к древнему соперничеству между лежащими в основе Новгорода тремя исходными поселками. Борясь между собой за пост посадника, эти группировки находили союзников в князьях Смоленска, Чернигова, Суздаля, в результате чего борьба между ними сочеталась с борьбой русских князей за влияние в Новгороде. Ярким эпизодом этой незатихающей борьбы стало восстание 1207 г., в ходе которого находившаяся у власти боярская группировка Людина конца была изгнана из Новгорода, ее богатства, в том числе и земельные, были розданы участникам восстания, усадьбы сожжены, а пост посадника перешел в руки соперничавшей боярской группировки, которая в союзе с суздальским князем и организовала это восстание. Важной вехой развития боярской государственности стало учреждение в конце XII в. должности республиканского тысяцкого, в результате чего сотенная система перешла из юрисдикции князя в юрисдикцию боярской республики.

На протяжении XII в. в Новгороде складывалась собственная школа архитектуры и живописи. В начале столетия были возведены и расписаны фресками соборные церкви Антониева и Юрьева монастыря, а на княжеском Городище построена церковь Благовещения. Эти храмы стали образцовыми для архитекторов всего XII в. К числу наиболее значительных шедевров относится сооруженная в 1198 г. рядом с Городищем Спас-Нередицкая церковь, расписанная фресками в 1199 г. Этот живописный ансамбль просуществовал вплоть до XX столетия, будучи по оценкам искусствоведов наиболее значительным памятником русского средневековья. К величайшему сожалению, в своей основной части он был разрушен во время последней войны. В 60-е гг. XX в. архитектура церкви Спаса-Нередицы была восстановлена в ее первоначальных формах, но основная часть фресковой живописи сохранилась лишь в копиях и фотографиях.

Следует заметить, что средневековая живопись на Руси чаще всего оставалась анонимной, и исследователи неоднократно высказывали мысль о том, что эта анонимность навсегда останется непреодолимой. Между тем в ходе раскопок 70—80-х гг. XX в. археологам удалось обнаружить усадьбу художника конца XII – начала XIII вв., имя которого было выяснено при чтении адресованных ему берестяных писем, многие из которых содержали заказы на написание икон. Художника звали Олисеем Гречином; из летописи он был известен и как мастер фрески. Изучение его автографов в записях на бересте и сравнение их с почерком художника, возглавлявшего артель, которая расписывала Спас-Нередицкую церковь, позволило установить, что именно Олисей был основным автором этих росписей.