В годы его Патриаршества День Победы стал отмечаться не только как общегосударственный, но и как церковный праздник. Из разряда исторического события он переводил войну в разряд духовно-нравственного:

— Великая Отечественная война была не просто крупнейшим в мировой истории сражением. Это была духовная битва, в которой, если говорить словами Фёдора Михайловича Достоевского, диавол боролся с Богом.

Обстановка в России становилась всё хуже и хуже. Дальнейшее пребывание у власти Ельцина грозило обернуться непоправимыми последствиями. Полгода назад, 19 ноября 1998 года, по благословению Патриарха и по инициативе мэра Москвы Юрия Лужкова был образован оргкомитет Общероссийской общественной организации «Отечество». В его состав вошли люди, которым была небезразлична судьба страны, — Артур Чилингаров, Юрий Сенкевич, Виктор Садовничий, Карен Шахназаров, Александр Владиславлев, Иосиф Кобзон, Борис Громов, Михаил Калашников и другие. Вскоре состоялся и первый учредительный съезд этой организации, избравший своим председателем Юрия Лужкова.

Второй съезд состоялся в апреле 1999 года в Ярославле. К движению примкнули губернатор Санкт-Петербурга Владимир Яковлев, губернатор Ярославля Анатолий Лисицын, мэр Краснодара Валерий Самойленко, народный артист и режиссёр Олег Табаков и другие. Документы свидетельствуют об открытой непримиримой позиции участников движения в отношении государственной власти. Объявлялось, что необходимо немедленно противостоять надвигающейся общенациональной катастрофе, преодолевать последствия как правления большевиков, так и правления либералов девяностых годов. Делегаты ярославского съезда фактически объявили о необходимости перехода власти в руки более трезвых политиков, коими участники движения «Отечество» провозглашали самих себя. С этого времени, собственно говоря, начался бескровный переворот, который окончится уходом Ельцина в конце 1999 года. И Патриарх Московский и всея Руси Алексий II стал идейным вдохновителем смены власти, как некогда его небесный покровитель митрополит Московский и всея Руси Алексий явился идейным вдохновителем Дмитрия Донского, а Патриарх Гермоген — Минина и Пожарского.

Неожиданно встала необходимость поездки в Японию, где 7 мая скончался митрополит Феодосий (Нагасима), первый Предстоятель Японской Православной Церкви — японец. Патриарх Алексий II отправился в Токио, где 13 мая совершил отпевание митрополита Феодосия, а на следующий день возвёл в сан митрополита Токийского и всея Японии епископа Даниила (Нусиро). Вернувшись, Предстоятель выпустил ещё одно воззвание по поводу событий на Балканах.

Когда разбойник влезает в дом и начинает грабить и убивать, едва ли на него подействуют увещевания стоящего во дворе этого дома священника, каким бы даром слова тот ни обладал. Но, быть может, настанет в его разбойничьей жизни час раскаяния, и тогда вспомнятся слова пастыря. Так же и воззвания Святейшего Патриарха всея Руси были пустым звуком для убийц, которым «добрые дяди» из Пентагона развязали руки. Но важно было, чтобы и косовские разбойники, и те, кто стоял за них горой, чувствовали, что их действия вызывают в христианском мире горячее осуждение.

Убийство, грабёж, насилие благодаря стараниям так называемого «мирового сообщества» стали в последние годы XX столетия нормой, но против этого надо было постоянно возвышать голос. Точно так же и против других мировых язв — против всеобщего узакониваемого разврата, против наркомании.

С 18 по 19 июля Святейший председательствовал на заседании Синода. Было решено провести Архиерейский Собор и окончательно определиться по вопросу о канонизации императора Николая II и его семьи, а также значительного числа новомучеников и исповедников Российских.

В августе 1999 года на высшем политическом небосклоне впервые ярко засверкала звезда Владимира Путина. Ранее эта фигура держалась в тени, несмотря на то что Владимир Владимирович занимал всё более высокие посты. В начале девяностых он обрёл вес в Северной столице, где мэр Собчак назначил его своим первым заместителем; после поражения Собчака на губернаторских выборах 1996 года Путин перебрался в Москву — заместителем управляющего делами президента Ельцина, коим тогда был Павел Бородин. В 1997 году Путин стал заместителем руководителя администрации президента России, в 1998 году — первым заместителем, и считался одной из самых влиятельных фигур в Кремле. При этом народ его по-прежнему знал плохо, поскольку Владимир Владимирович не высовывался где надо и не надо, подобно Жириновскому, не выступал с пламенными речами, как Лужков, и вообще вёл себя подобно умелому охотнику, тихо расставляющему сети и ловушки, дабы не спугнуть зверя. 25 июля 1998 года он возглавил Федеральную службу безопасности. 26 марта 1999 года, сохраняя за собой пост главы ФСБ, Путин стал секретарём Совета безопасности Российской Федерации, а в мае Ельцин уже принял решение о передаче ему своей власти. Но тогда мало кто мог подумать, что 2000 год мы будем встречать с президентом Путиным! Даже после того, как его назначили 9 августа исполняющим обязанности председателя правительства России. Даже после того, как в телеобращении к народу в тот же день Ельцин объявил его своим преемником. Даже при том, что по всем новостным каналам об этом говорилось как о важном историческом событии. Просто народ уже перестал чему бы то ни было верить и с горечью взирал на чехарду с назначением премьер-министров.

Ельцин в своём телеобращении произнёс буквально следующее:

— Ровно через год будут президентские выборы, и сейчас я решил назвать человека, который, по моему мнению, способен консолидировать общество, опираясь на самые широкие политические силы, обеспечить продолжение реформ в России. Он сможет сплотить вокруг себя тех, кому в новом XXI веке предстоит обновлять великую Россию. Это секретарь Совета безопасности, директор ФСБ России Владимир Владимирович Путин. Сегодня я принял решение об отставке правительства Сергея Владимировича Степашина. В соответствии с конституцией я обратился к Государственной думе с просьбой утвердить Владимира Владимировича в должности председателя правительства России. Убеждён, работая на этом высоком посту, он принесёт большую пользу стране и россияне получат возможность оценить деловые качества этого человека. Я в нём уверен.

Только вот россияне не были уверены в том, что Ельцин не врёт, потому что за годы своего правления врал он много и часто. Да и до этого он уже не раз называл имена своих возможных преемников, то Александра Лебедя, то Бориса Немцова. «Сегодня назвал Путина, завтра назовёт Шалопутина», — говорил один известный писатель. Словом, народ к очередному заявлению Ельцина отнёсся равнодушно. Даже матёрые политологи склонны были воспринимать выдвижение Путина как какой-то очередной хитрый манёвр Ельцина и не спешили делать ставку на Владимира Владимировича как на будущего руководителя великой державы.

Предстоятель Русской Православной Церкви давно знал Путина, видел в нём если и не глубоко воцерковлённого человека, то,