На следующий день Святейший посетил место Вознесения Господня на Елеонской горе, гробницу в Вифании, из которой Спаситель Своим словом воскресил праведного Лазаря, гробницу Богородицы в пещерном храме в Гефсимании, поклонился мощам княгини Елизаветы и инокини Варвары в храме равноапостольной Марии Магдалины русского женского монастыря в Гефсимании, принадлежащем Русской Зарубежной Церкви. В тот же день он почтил своими визитами премьер-министра Израиля Беньямина Нетаньяху и мэра Иерусалима Иехуда Ольмерта. Они пообещали содействовать проведению церковных торжеств в 2000 году, когда множество паломников прибудут в Святую землю для участия в праздновании 2000-летия пришествия в мир Иисуса Христа.

В ночь под Троицкую родительскую субботу Предстоятель Русской Церкви совершил у Гроба Господня Божественную литургию пасхальным чином под пение хора московского подворья Троице-Сергиевой лавры. На следующий день Святейший приехал в Горненский женский монастырь, отслужил литию по почившим насельницам обители, совершил молебен о завершении строительства монастырского собора в честь Всех Святых, в земле Российской просиявших.

Вечером в канун праздника Троицы он возглавил всенощное бдение в Свято-Троицком соборе миссии, а в самый день праздника там же отслужил обедню. Затем посетил священное место Тайной вечери — Сионскую горницу, где в день Пятидесятницы Дух Святой сошёл на апостолов. В тот же день в зале торжеств иерусалимской гостиницы «Царь Давид» состоялся юбилейный акт, посвящённый 150-летию Русской духовной миссии, окончившийся банкетом.

16 июня, в День Святого Духа, Святейший отправился в арабскую часть Израиля — в Вифлеем. Там, в базилике, воздвигнутой над местом рождения Иисуса Христа, он совершил литургию совместно с греческим и русским духовенством, поклонился священному месту Рождества Спасителя в пещере под алтарём базилики, посетил пещеру вифлеемских младенцев, убитых Иродом, побывал на поле, где ангелы явились пастухам и возвестили о родившемся Христе: «Слава в вышних Богу, и на земли мир, в человецех благоволение!»

Вечером в Вифлееме глава Палестинской автономии Ясир Арафат устроил в честь Алексия II приём. В Палестине среди арабов довольно высокий процент христиан.

В тот же день Патриарх Алексий удостоил своим визитом президента Израиля Эзера Вейцмана, побывал на русском участке в Хевроне, к югу от Вифлеема, где всё ещё жив древний дуб Мамврийский, под которым Авраам угощал Божьих посланцев, олицетворявших Святую Троицу.

Вернувшись в Иерусалим, он снова явился в храм Воскресения, приложился к вечно душистому Камню помазания, молился в пещере Гроба Господня, с благоговением обошёл все приделы храма, поднялся на Голгофу и припал к месту, на котором был некогда установлен крест Христов.

Два последних дня своего паломничества Святейший посвятил древним православным обителям Иудейской пустыни, побывал в монастыре преподобного Георгия Хозевита, совершил восхождение на Сорокадневную гору близ Иерихона, на которой после сорокадневного поста Спаситель отверг дьявольские искушения. Далее он посетил берег Иордана, гору Фавор, Назарет, город, где проживает наибольшее количество арабов-христиан, и участок нашей духовной миссии на берегу Тивериадского озера, в Магдале, близ родонового источника Марии Магдалины, купание в котором весьма целебно. Совершив молебен, Предстоятель освятил закладной камень гостиницы для паломников. Далее он отправился в израильское приморье, посетил Хайфу и Яффу.

Вечером 18 июня Святейший возвратился в Москву, а уже 20 июня полетел в Вену, где провёл четыре дня, совершая богослужения в величественном православном Свято-Николаевском соборе, построенном ещё Александром III. Пока он находился в столице Австрии, Ельцин рукой самодура отклонил принятый Государственной думой и одобренный Советом Федерации закон «О свободе совести и о религиозных объединениях».

«Это решение главы государства вызвало сожаление в среде верующих Русской Православной Церкви, — писал Патриарх в своём экстренном заявлении на сей счёт. — Новый закон “О свободе совести и о религиозных объединениях” создаст предпосылки для действенного ограждения личности и общества от произвола деструктивных псевдорелигиозных культов и иностранных лжемиссионеров. Он устраняет существенные правовые пробелы, имеющиеся в ныне действующем законодательстве о свободе совести, необходимость коренного совершенствования которого признаётся практически всем нашим обществом...»

Ельцин вынужден был принять Патриарха, выслушать его; и закон, который столь рьяно бросился защищать Святейший, приняли в сентябре того же года.

В августе Святейший побывал в Ярославской епархии, освятил памятный знак народному ополчению 1612 года. В сентябре он освятил территории, прилегающие к храму Христа Спасителя. Этим событием открывались торжества, посвящённые 850-летию Москвы. 7 сентября после торжественного молебна Патриарх освятил стены храма Христа Спасителя. С этого времени началось восстановление художественного убранства храма: установка на фасады скульптурных изображений святых и воссоздание росписи.

В конце сентября в Одессу на экологический форум прибыл Константинопольский Патриарх Варфоломей, и Патриарх Алексий II встретился с ним в Свято-Успенском мужском монастыре. Увы, переговоры о преодолении разногласий между двумя Церквями не дали никаких положительных результатов.

В октябре Святейший побывал в Архангельске на Иоанновских (в честь Иоанна Кронштадтского) общеобразовательных чтениях.

В ноябре разразился скандал в связи с показом на телеканале НТВ фильма «Последнее искушение Христа». Этот фильм был снят американским кинорежиссёром Мартином Скорсезе в конце восьмидесятых, имел большой успех, но и такую же громкую скандальность, поскольку заключал в себе откровенную ересь в отношении к Спасителю, показывал Христа не Сыном Божиим, а простым смертным грешником, который решил искупить свои грехи и в итоге стал Мессией. Большинство сцен не могло не вызывать решительного отторжения у верующих христиан.

Святейший выступил с гневным заявлением: «Церковь неоднократно предупреждала, что, если фильм будет показан, верующие окончательно будут воспринимать НТВ как духовно чуждое явление. Так и получилось... Уже давно целый ряд программ этого телеканала вызывает массированную критику, поскольку через них распространяются безнравственность, пропаганда насилия, чересчур лёгкое отношение к человеческим трагедиям, к святости семьи, к общественной морали.

Приняв решение показать фильм после длившихся более полугода просьб и протестов со стороны самых разных слоёв общества не допустить его демонстрации, телекомпания переступила последнюю грань, разделяющую добро от зла, этические нормы от вседозволенности.

НТВ и некоторые газеты пытались убедить всех нас, что этот показ и есть подлинная демократия, свидетельство прогрессивных преобразований в стране. Однако я убеждён, что развитие общества в сторону дозволения оскорблять самые светлые чувства людей есть не прогресс, а упадок. И о какой демократии можно вести речь, когда перед самым показом фильма, которому предшествовала небывалая реклама, ведущий программы “Итоги”, комментируя акцию протеста людей, пришедших в холодный зимний вечер к зданию “Останкина” только лишь по зову сердца —