5 ноября 1808 года Наполеон вторгся в Испанию во главе 180-тысячной армии. В течение месяца он нанес тяжелые поражение испанским войскам, взял Мадрид и оттеснил Веллингтона в Португалию. 4 декабря французский император объявил программу реформ для Испании, отменявшую феодальные привилегии. Упразднялись внутренние таможни, ликвидировалась инквизиция. Но реформы, принесенные на штыках завоевателей, не встретили поддержки в Испании. После ухода из страны Наполеона с основной частью армии партизанская борьба («герилья») возобновилась.

В 1809 году папа римский, лишенный Наполеоном светской власти и помещенный под арест, специальной буллой отлучил французского императора от церкви. Для глубоко религиозных испанских крестьян борьба с армией Наполеона стала богоугодным делом, и они истребляли «слуг антихриста» – французов – особенно жестоко.

Причины, почему на борьбу с французами поднялись испанские крестьяне, как ранее это сделали крестьяне неаполитанские, а позднее – русские, лежали прежде всего в тех широкомасштабных реквизициях, которые осуществляли французские войска. Благодаря этому достигалась высокая маневренность войск, не зависящих от снабжения с родины, и французская казна оказалась в состоянии вынести почти четверть века непрерывных войн. Испания, Неаполь и Россия были беднейшими странами Европы. Здесь реквизиции, производимые французами, изымали у крестьян последнее и ставили их на грань голодной смерти. У них не оставалось выбора, кроме как начать партизанскую войну против завоевателей, оказывая помощь своим регулярным войскам. В более богатых землях Германии, Австрии и Северной Италии реквизиции и контрибуции не ставили все же местное население на грань выживания, поэтому широкомасштабного партизанского движения там не возникло. Войска же коалиции, субсидировавшиеся и снабжавшиеся Англией, представляли все же меньшее бедствие для населения, чем армия Наполеона.

Испанским партизанам помогали английская армия и флот. Испанские войска смогли удержать порт Кадис. Но и на остальной территории страны французы постоянно подвергались нападениям со стороны небольших отрядов, скрывавшихся в горах и пользовавшихся горячей поддержкой населения. Наполеон вынужден был постоянно держать в Испании армию в 300–400 тысяч солдат, что ослабляло его возможности на других театрах военных действий.

Увидев, что французы увязли в Испании, Австрия попыталась взять реванш за Аустерлиц. Англия предоставила австрийцам 4-миллионную субсидию. 8 февраля был заключен англо-австрийский союз.

К весне 1809 года Австрия поставила под ружье 310 тысяч человек. 10 апреля 150-тысячная армия во главе с генералиссимусом эрцгерцогом Карлом вторглась в Баварию и разбила баварские войска. На помощь своим союзникам поспешил Наполеон. Его армия вышла на пути сообщения австрийцев. 19–23 апреля в пятидневном сражении под Регенсбургом армия эрцгерцога была разбита по частям и, потеряв более 40 тысяч убитыми, ранеными и пленными, отошла на левый берег Дуная.

13 мая Наполеон вступил в Вену. Но австрийский император отказался заключить мир. Тогда Наполеон решил форсировать Дунай. 17 мая французы захватили остров Лобау, а в ночь на 21 мая по понтонному мосту на левый берег переправились 33 тысячи солдат во главе с маршалами Ланном и Массеной. Они овладели деревнями Асперн и Эсслинг.

В 4 часа дня французские войска на левом берегу были атакованы 88 тысячами австрийцев. Корпуса Ланна и Массены, получив подкрепления, увеличившие их силы до 60 тысяч, смогли удержать плацдарм, куда прибыл сам Наполеон. Но понтонный мост оказался разрушен австрийской артиллерией. Французы, оставшиеся у Асперна и Эсслинга, израсходовали все боеприпасы и к вечеру 22 мая стали отступать к реке, неся большие потери от артиллерийского огня противника. Ланн был смертельно ранен ядром, а Массене удалось ночью починить мост и отвести остатки своих войск на Лобау.

Поражение не сломило Наполеона. Он продолжал подготовку к форсированию Дуная, сосредоточив на Лобау значительные силы. Всего Наполеон имел от 150 до 170 тысяч солдат при 550–584 орудиях. Эрцгерцог Карл мог противопоставить ему 110-тысячную армию при 450 орудиях. Вечером 4 июля французы начали переправу. Корпус Удино сбил австрийские заслоны и захватил плацдарм у деревни Энцерсдорф. К утру 5 июля 100-тысячная французская армия была на левом берегу Дуная. В 9 часов войска Даву взяли Энцерсдорф. К этому времени сюда переправилась вся наполеоновская армия.

Эрцгерцог Карл встретил неприятеля на хорошо укрепленной Русбахской позиции. Он ожидал подхода армии эрцгерцога Иоанна, что уравняло бы австрийские силы с французскими. Однако в 8 часов вечера 5 июля корпуса Даву, Удино и Бернадота атаковали австрийские позиции у селений Нейзидель, Баумерсдорф и Ваграм. Атаки оказались неудачны. Войска Удино были отброшены за реку Русбах с большими потерями. Корпус Макдональда контратакой австрийских резервов во главе с Карлом был приведен в полное расстройство, причем его саксонская и итальянская дивизии, приняв друг друга за неприятеля, вели между собой жестокий бой. Только помощь французской кавалерии спасла армию Макдональда от разгрома.

На следующий день Карл попытался атаковать левый фланг французов и отрезать неприятеля от Дуная. Одновременно левое крыло австрийцев должно было соединиться с армией эрцгерцога Иоанна и охватить правый фланг неприятеля. Наполеон, в свою очередь, наносил главный удар в центре, чтобы овладеть Ваграмом и Нейзиделем, прорвать фронт армии Карла и отрезать ее от армии Иоанна.

В 4 часа утра левофланговые колонны австрийцев, пользуясь туманом, неожиданно атаковали корпус Даву. Наполеон ошибочно решил, что это подошли войска Иоанна, и бросил в контратаку два полка кирасир с конной артиллерией. Австрийцы были отброшены в исходное положение.

В 7 часов утра австрийцы начали основную атаку на своем правом фланге и заняли деревню Адерклаа, накануне покинутую корпусом Бернадота. Тот пытался контратаковать, но попал под перекрестный огонь и отступил с большими потерями. В 10 часов австрийцы сбили с позиции дивизию генерала Ж. Буде и были уже близки к тому, чтобы отрезать противника от переправ.

Наполеон тем временем сосредоточил в центре ударный 45-тысячный корпус с 104 орудиями под командованием Макдональда. Его поддерживали кирасиры и гвардейская кавалерия. В час дня Даву взял Нейзидельские высоты. Увидев французский флаг на Нейзидельской башне, Наполеон приказал Макдональду перейти в наступление. Однако эта атака была отражена с большими потерями. Но поражения австрийцев на обоих флангах предопределили исход сражения.

Потеряв Ваграм и Нейзидель и опасаясь новой атаки в центре, Карл начал отступление. В 4 часа вечера к месту боя подошла армия Иоанна, но, увидев общее отступление австрийских войск, повернула обратно. В битве при Ваграме каждая из сторон потеряла по 25 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными. Французы лишились 12 знамен и 11 орудий, австрийцы – одного знамени и 9 орудий.

Ваграмское поражение вынудило Австрию подписать 14 октября 1809 года Шенбруннский мирный договор. Она вынуждена была, по требованию Наполеона, уступить России Тарнопольский уезд в Галиции, основную же часть этой провинции отдать союзному Франции Варшавскому герцогству; присоединиться к континентальной блокаде, уплатить большую контрибуцию и сократить свою армию до 150 тысяч человек.