Гогенлоэ с частью армии отступил к Наумбургу, надеясь соединиться с войсками герцога Брауншвейгского. Однако под Буттельштадтом он неожиданно встретил толпы солдат из армии герцога, бежавших после разгрома при Ауэрштадте. Там решительное поражение главным силам пруссаков в тот же день нанес корпус Даву. Всего в двойном сражении под Иеной и Ауэрштадтом прусская армия потеряла 20 тысяч убитыми и ранеными и 18 тысяч пленными, а также 200 орудий. Было убито, ранено или пленено 20 прусских генералов. Потери французов убитыми и ранеными составили 13 тысяч человек.

27 октября Наполеон вступил в Берлин. 8 ноября французы взяли саксонскую крепость Магдебург. 21 ноября в Берлине Наполеон подписал декрет о континентальной блокаде, запрещавший всем подвластным ему странам торговать с Англией. Французские войска вторглись в Восточную Пруссию и в прусскую часть Польши и заняли Варшаву.

На помощь Пруссии пришла русская армия. 3 ноября на помощь пруссакам был отправлен 60-тысячный корпус Л. Л. Беннигсена, а немного позже – 40-тысячный корпус Буксгевдена. Главнокомандующим русской армией был назначен фельдмаршал М. Ф. Каменский. 7 декабря начались стычки с французскими авангардами. Основная часть русских войск сосредоточилась у Пултуска. 14 декабря Каменский внезапно сложил с себя обязанности командующего и удалился от армии в свое имение. Армию возглавил Беннигсен, сдержавший 26 декабря под Пултуском корпус Ланна.

8 февраля 1807 года у города Прейсиш-Эйлау произошло генеральное сражение. Армия Беннигсена стремилась не допустить французов к Кенигсбергу, где находились крупные военные склады. Она насчитывала 70 тысяч человек при 400 орудиях. Наполеон имел примерно столько же солдат и 450 орудий.

Главный удар по левому флангу русских должен был нанести корпус Даву. Сражение началось с артиллерийской перестрелки. Затем маршал Сульт атаковал правое крыло русских, чтобы отвлечь внимание противника от направления главного удара. Русские отразили его наступление и перешли в контратаку. Тогда Наполеон приказал маршалу Ожеро начать наступление в центре. Однако войска Ожеро и Сент-Илера были встречены огнем в упор 70-орудийной батареи генерала К. Ф. Левенштерна. Затем русские ударили в штыки. Корпус Ожеро отступил с большими потерями. В ходе его преследования русская кавалерия дошла до ставки Наполеона на городском кладбище. Но тут ее контратаковали 90 эскадронов Мюрата и гвардейская кавалерия маршала Ж.-Б. Бессьера. Бой стоил больших потерь обеим сторонам, но в итоге русская атака была остановлена.

В полдень перешел в наступление корпус Даву. Его поддержала дивизия Сент-Илера. Русский левый фланг был оттеснен настолько, что оказался почти под прямым углом к фронту остальной русской армии. В этот момент начальник артиллерии правого крыла русской армии генерал А. И. Кутайсов перебросил на левый фланг 36-орудийную батарею под командованием подполковника А. П. Ермолова. Она остановила продвижение неприятеля и позволила русской пехоте вновь овладеть только что оставленной деревней Ауклаппен.

В 5 часов вечера к месту сражения подошел 14-тысячный прусский корпус генерала А. – В. Лестока. Его атака позволила почти полностью восстановить положение на русском левом фланге. Артиллерийская перестрелка продолжалась до 9 часов вечера, но атаки с обеих сторон прекратились. Потери французов составили 18 тысяч убитых и раненых, а потери русских – 25 тысяч.

После сражения при Прейсиш-Эйлау наступила пауза. Французская армия за это время увеличилась до 200 тысяч человек, а русская – до 105 тысяч. 23 мая войска Беннигсена перешли в наступление и потрепали части корпусов Сульта и Нея. 10 июня 1807 года произошло сражение у города Гейльсберга, в котором обе стороны потеряли по 10 тысяч человек убитыми и ранеными, но не достигли решительного результата. Потом Наполеон предпринял обходный маневр по кенигсбергской дороге, чем вынудил Беннигсена также повернуть к Кенигсбергу.

13 июня русские войска, только что занявшие город Фридланд на восточном берегу реки Алле, готовились к переправе на ее западный берег, чтобы начать марш к столице Восточной Пруссии. В этот момент к расположению армии Беннигсена вышел 13-тысячный корпус Ланна, открывший по русским колоннам сильный артиллерийский огонь. Беннигсен ошибочно решил, что перед ним – главные силы Наполеона. На западный берег Алле была переправлена вся русская армия. Беннигсен начал атаку в 7 часов утра. К тому времени силы французов увеличились до 33 тысяч человек. Наполеон, получив донесение Ланна о местонахождении русских, стал перебрасывать к Фридланду всю свою армию. Невыгоды позиции Беннигсена заключались в том, что русские войска были сосредоточены в узкой лощине в излучине Алле и в случае неудачи должны были отступать только по одному мосту.

Русский арьергард был атакован французской кавалерией и пехотой, вышедшей из леса, но Александрийский гусарский полк и несколько русских батальонов быстро загнали неприятеля обратно в лес. К 9 часам силы сторон уравнялись, Ланн уже с трудом сдерживал русские атаки, когда в полдень к полю боя прибыл Наполеон. Он подкрепил корпуса Ланна и Мортье, оборонявшие деревню Герихсдорф и возвышенность Постенен. Император дожидался корпусов Нея и Виктора и гвардии, чтобы атаковать левый фланг русских и отрезать армию Беннигсена от моста через Алле.

В 5 часов вечера корпус Нея вышел из леса и под прикрытием 40-пушечной батареи атаковал корпус Багратиона, после тяжелого боя опрокинув его. Осознав, наконец, опасность окружения, Беннигсен отдал приказ отступать. Но фридландский мост и наведенные понтонные переправы оказались под огнем французской артиллерии.

К 8 часам вечера Ней захватил Фридланд. Русские войска, отступая, подожгли переправы. Тем временем начали отступление правофланговые части русских под командованием генерала А. И. Горчакова, но мосты уже были уничтожены. Им пришлось переходить реку по бродам под огнем неприятеля. В 9 часов вечера Ланн и Мортье сбросили части Горчакова в реку. Часть русских солдат погибла, часть была взята в плен.

Французы потеряли убитыми и ранеными 7 тысяч человек, русские – 15 тысяч убитых, раненых и пленных и почти всю артиллерию. Уцелевшие русские части были деморализованы и небоеспособны. Беннигсен настаивал на заключении перемирия.

22 июня Александр послал своего представителя с просьбой о прекращении боевых действий. 7 июля 1807 года в городе Тильзите вблизи русской границы был заключен мирный договор. Восточная Пруссия и отделенное от Пруссии герцогство Варшавское оставались под контролем французских войск. Россия вступала в союз с Францией и присоединялась к континентальной блокаде. Наполеон предоставил Александру свободу рук против Швеции, оставшейся союзником Англии.

В результате войны 1808–1809 годов русские войска нанесли шведам поражение. К России была присоединена Финляндия.

В мае 1808 года Наполеон заманил испанскую королевскую семью во французский город Байонна и арестовал ее. Император Франции провозгласил испанским королем своего брата Жозефа. Французские войска вторглись в Испанию. Наполеон рассчитывал на легкую военную прогулку, так как боеспособность испанской армии расценивал невысоко. Однако его маршалы не смогли ее уничтожить, хотя и нанесли испанцам ряд поражений. Испанские войска, пользуясь поддержкой местного населения, смогли восполнить потери и при помощи партизанских отрядов 23 июля вынудили к капитуляции окруженный у города Байлен в Андалузии 18-тысячный корпус французского генерала П. Дюпона. В августе в Португалии высадилась английская армия генерала Артура Уэлсли – будущего фельдмаршала герцога Веллингтона. Она изгнала из страны французский корпус генерала Ж. А. Жюно, который подписал в сентябре капитуляцию в Синтре. Французским солдатам было позволено вернуться на родину.