В 6 часов вечера Моро отдал сильно запоздавший приказ об отступлении. К тому времени французы уже обратились в беспорядочное бегство. Левое крыло, отходившее через Пастурано, оказалось под перекрестным огнем войск Края и занявших Нови русских дивизий. Большинство французских солдат в панике разбежалось. Генерал Э. Груши пытался с одним батальоном удержать деревню, но был ранен и взят в плен. К 8 часам вечера, с наступлением темноты, союзные войска прекратили преследование. Французы потеряли 7 тысяч убитыми и 3 тысячи пленными и лишились 37 пушек. В рядах союзников было убито и ранено около 7 тысяч человек.

В Неаполитанском королевстве вспыхнуло восстание против французов. 30-тысячная повстанческая армия, возглавляемая кардиналом Руффо, при помощи английского флота в сентябре освободила Неаполь. Тогда же русский десант с эскадры Ушакова вступил в Рим. Французы были изгнаны из всей Италии, за исключением Генуи, где засел сильный гарнизон.

После побед в Италии австрийское командование настояло на том, чтобы русские войска под командованием Суворова направились в Швейцарию на помощь союзной армии под командованием русского генерала Римского-Корсакова и австрийского генерала Готце, а затем, соединившись, вторглись бы во Францию. Австрийская армия фельдмаршала Меласа в Италии должна была овладеть французскими крепостями, а потом также идти во Францию. Армия эрцгерцога Карла должна была двигаться на Нижний Рейн для соединения с высадившейся в Голландии англо-русской армией герцога Йоркского, а затем вторгнуться во Францию с востока. Однако все эти планы полностью провалились.

В Швейцарии французская армия генерала Массены, насчитывавшая 45 тысяч человек, в мае 1799 года вынуждена была отступить к Цюриху, преследуемая 50-тысячной австрийской армией эрцгерцога Карла и генерала Фридриха Готце. 7 июля французам пришлось оставить Цюрих. Затем Массене удалось потеснить неприятеля, и 14 августа он атаковал Цюрих, но неудачно. Часть австрийских войск из Швейцарии была переброшена с армией эрцгерцога Карла к Майнцу для похода в Нидерланды. Оставшийся 20-тысячный русско-австрийский корпус под командованием Римского-Корсакова был наголову разбит Массеной 25 сентября 1799 года у Цюриха. Генерал Готце в этом сражении погиб. Русские и австрийцы потеряли 8 тысяч убитыми, ранеными и пленными и 100 орудий, потери французов не превышали 4 тысяч человек.

8-тысячный отряд французского генерала Лекурба смог удержать перевал Сен-Готард против 20-тысячной армии Суворова до тех пор, пока Массена не разбил Римского-Корсакова. Сбивший в конце концов французов с Сен-Готарда, Суворов оказался в очень опасном положении против вдвое превосходящей неприятельской армии. Однако русский полководец смог нанести ряд поражений отдельным французским отрядам и пробиться в Италию, выйдя 7 октября к городу Иланц. Он потерял при этом только 5 тысяч из 20 тысяч своих солдат. За успехи в Италии и Швейцарии Суворов был удостоен звания генералиссимуса, однако в целом швейцарская кампания была союзниками проиграна.

Неудачно для коалиции сложилась и экспедиция в Голландию, хотя сначала ее ожидал большой успех. 30 августа 1799 года голландский флот сдался британской эскадре. 16 сентября у Бергена сошлись 35-тысячная англо-русская армия герцога Йоркского и 22– тысячная франко-голландская армия под командованием французского генерала Гийома Мари Анна Брюна. Французские потери составили 3 тысячи человек, а потери союзников – 4 тысячи. Второе сражение у Бергена произошло 2 октября. На этот раз обе стороны потеряли по 2 тысячи солдат и офицеров, и союзникам удалось потеснить французов и голландцев. Однако следующее сражение при Кастрикуме 6 октября закончилось победой получивших подкрепление французов. Союзники потеряли 3,5 тысячи, а франко-голландская армия – 2,5 тысячи человек.

Герцог Йоркский отступил на север. Он понял, что сил для завоевания Голландии у него недостаточно. Основная же задача по нейтрализации голландского флота была уже выполнена. Поэтому 18 октября 1799 года был заключен Алкмаарский договор с Батавской республикой, по которому союзники покинули территорию Голландии.

В тот же день император Павел I, считавший, что англичане и австрийцы намереваются заставить русских таскать каштаны из огня, вышел из 2-й антифранцузской коалиции. Более того, через год, в декабре 1800 года, был фактически заключен русско-французский союз против Англии, и император Павел в январе 1801 года предписал корпусу донских казаков отправиться на завоевание британских владений в Индии. Главной причиной убийства Павла группой заговорщиков в ночь с 23 на 24 марта 1801 года стало опасение, что сближение с Францией приведет к прекращению русско-английской торговли, от которой очень зависела экономика России. Ведь на Британские острова шла значительная часть вывозившегося из России продовольствия и сельскохозяйственного сырья, а оттуда поступали промышленные товары. Наполеон решил нанести главный удар в Италии, где он сам встал во главе армии. Одновременно он распустил слухи, что генеральное наступление предпримет в прирейнских областях другая армия, под командованием Моро. Новую армию для Италии Бонапарт тайно формировал в Дижоне вблизи швейцарской границы.

8 мая 1800 года Первый консул прибыл в Женеву. 14 мая он повел армию через Альпы. Бонапарт рассчитывал пройти через Сен-Готардский перевал и ударить в тыл австрийской армии генерала Меласа, действовавшей в Италии. 24 мая французский авангард под командованием генерала Ж. Ланна разбил австрийский заслон у Ивре. 2 июня армия Бонапарта без боя вошла в Милан. Мелас решил дать генеральное сражение французам. 14 июня 45-тысячная австрийская армия атаковала неприятеля у деревни Маренго, накануне занятой французами. Корпус генерала Виктора занимал сильную позицию у ручья Фантаноне и успешно отражал натиск австрийцев. Наконец, австрийская дивизия генерала Отта форсировала ручей и ворвалась в Маренго. В этот момент подошел Бонапарт с резервными частями и остановил дальнейшее продвижение неприятеля. Первый консул ввел в бой 800 солдат своей гвардии, которые стойко сопротивлялись атакам австрийской пехоты и кавалерии. В три часа французские войска не выдержали натиска превосходящих сил противника и стали отходить под прикрытием корпуса Ланна и Консульской гвардии. Против гвардии австрийцы выставили 24 орудия. Ядра пробивали бреши во французских каре, но гвардейцы сохраняли строй и медленно отходили. За 3 часа войска Ланна отступили только на 4 км.

Мелас был уверен в победе и послал в Вену бодрую реляцию. Австрийцы стали устраивать лагерь на оставшемся за ними поле боя, когда сюда вернулась французская дивизия Л. Дезе, ранее посланная Бонапартом на разведку к Нови. Она атаковала не ожидавшего нападения неприятеля. Сам Дезе пал в первые же минуты возобновившегося сражения, но пример его дивизии воодушевил остальные французские войска. Кавалеристы Келлермана смяли французских драгун, а корпус Ланна опрокинул австрийскую пехоту в центре. К 5 часам вечера австрийцы в беспорядке отступили за реку Бормида. Они потеряли 12 тысяч человек убитыми, ранеными и пленными и значительную часть артиллерии. Мелас, потрясенный тем, как казавшаяся уже достигнутой победа обернулась сокрушительным поражением, начал переговоры о перемирии.

9 февраля 1801 года между Францией и Австрией был заключен Люневильский мир. Австрийцы уступили французам всю Северную Италию вплоть до реки Минчино. Оставшись в одиночестве, Англия 25 марта 1802 года заключила с Бонапартом Амьенский мир, оказавшийся на деле лишь коротким перемирием.