12 апреля 1798 года был подписан приказ об образовании Восточной армии, во главе которой встал Бонапарт. По пути в Египет французские войска 12 июня заняли Мальту. 1 июля армия Бонапарта высадилась в Египте и на следующий день овладела Александрией. Двигаясь к Каиру, французы разгромили в битве при Пирамидах 21 июля армию египетских мамлюков. По словам Наполеона, он располагал всего 23 тысячами солдат, тогда как неприятельское войско достигало 60 тысяч человек. Не исключено, что численность мамлюков преувеличена – вряд ли французы имели возможность их точно подсчитать, и даже командующие египетской армией братья Ибрагим-паша и Мурад-паша не знали наверняка, сколько у них подчиненных. По свидетельству Наполеона, в одиночном бою всадник-мамлюк превосходил французского кавалериста. В бою нескольких всадников силы были равны, а эскадрон французских гусар уверенно громил египетский эскадрон, не имевший представления о правильных боевых порядках. Атака мамлюков при пирамидах была легко отбита, а их укрепленный лагерь взят штурмом. 22 июля французские войска захватили Каир. Ибрагим-паша с остатками армии отступил в Сирию. Там она соединилась с войсками Ахмед-паши, принявшего общее командование.

Наполеон считал кампанию выигранной, но тут в дело вмешался английский флот. Командующий Средиземноморской эскадрой адмирал Нельсон 1 августа внезапно атаковал французский флот в Абукирской бухте близ устья Нила, причем часть британских кораблей смогла незаметно встать между неприятельскими судами и берегом, а другая часть атаковала врага со стороны моря. Французские корабли попали под перекрестный огонь и почти все были потоплены или захвачены. Из 13 линейных кораблей спаслись лишь 2, из 4 фрегатов – также 2. В бою погиб и командующий флотом адмирал де Брюэс. Французы потеряли убитыми, ранеными и пленными 6 тысяч, а англичане – только 900 человек.

После Абукира участь французской армии в Египте была уже предрешена, так как, лишенная снабжения из Франции, она не могла ни предпринять успешного похода на Восток, ни просто сколько-нибудь длительное время удержаться в Египте, где мамлюки развернули против французов партизанскую борьбу. Вести борьбу приходилось в пустынной местности, где принцип самоснабжения, исповедовавшийся революционной армией, был неприменим. Наполеон тем не менее отправился в отчаянный поход в Сирию.

14-15 февраля 1799 года его армия взяла Эль-Ариш на Синайском полуострове, а 3–7 марта – Яффу, оборонявшуюся уже турецкими янычарами. Сдавшийся в плен 4-тысячный гарнизон Яффы, которому перед капитуляцией была обещана жизнь, Бонапарт приказал расстрелять. У него не было продовольствия, чтобы кормить пленных, а отпускать их французский командующий не хотел, опасаясь, что янычары усилят гарнизоны других турецких крепостей, как это сделали турки, захваченные в Эль-Арише и вновь взятые в плен Яффе.

17 марта французы осадили старую твердыню крестоносцев Аккру, которую оборонял англо-турецкий отряд во главе с британским морским офицером Уильямом Сиднеем. Осажденные, беспрепятственно получавшие снабжение морем, отбили несколько приступов. К тому времени французское войско имело в строю немногим более 10 тысяч человек – сказались потери в боях и от болезней, да и в Египте пришлось оставить часть сил. Начавшаяся в лагере чума заставила Наполеона прекратить осаду Аккры и 14 июня вернуться в Каир.

15 июля у Абукира высадилось 15-тысячное турецкое войско, базировавшееся на острове Родос. Наполеон, располагая всего лишь 6 тысячами солдат, разбил турок наголову, а 2 августа остатки турецкой экспедиционной армии капитулировали в Абукире.

Вскоре Наполеон узнал о том, что армии Директории терпят поражение от русских и австрийских войск под командованием фельдмаршала Суворова, а потому правительство стремительно теряет популярность в народе. Генерал Бонапарт решил, что пора вернуться во Францию и взять власть в свои руки. 23 августа 1799 года он отплыл из Александрии на 2 фрегатах во главе 500 солдат и 5 генералов – Жана Ланна, Александра Бертье, Иоахима Мюрата, Александра Андреосси и Огюста Мармона. Ему удалось благополучно миновать встречи с английской эскадрой и 9 октября, после остановки на родной Корсике, достичь французского побережья.

9 ноября (18 брюмера) 1799 года сторонники Бонапарта добились назначения генерала командующим войсками Парижа под предлогом подавления роялистского заговора. На следующий день, когда депутаты нижней палаты парламента, Совета пятисот, усомнились в существовании заговора, Наполеон с помощью верных ему войск разогнал парламент. На защиту Директории не выступил никто. Наполеон был провозглашен Первым консулом и получил практически неограниченную власть.

Бонапарту досталось незавидное наследство. Казна была пуста. Французские войска потерпели тяжелые поражения в Италии и в Египте. В Вандее бушевало роялистское восстание. 25 декабря новый правитель Франции обратился к союзникам с мирными предложениями. К тому времени Россия вышла из антифранцузской коалиции, однако Англия и Австрия рассчитывали, что и без русских войск им удастся добиться победы, и от мирных переговоров отказались.

Оставшуюся в Египте французскую армию возглавил генерал Жан Батист Клебер. Англичане не направляли против нее значительных сил, не без основания рассчитывая, что блокированному с моря неприятелю рано или поздно придется сдаться. Турецкие же и египетские отряды не в состоянии были самостоятельно справиться с закаленными в боях французскими гренадерами и гусарами. 21 января 1800 года Клебер договорился с турками о беспрепятственной эвакуации своей армии из Египта, но англичане воспротивились выполнению соглашения. Тогда 20 марта французы разбили турецкий отряд у Гелиополиса и вновь заняли Каир.

14 июня 1800 года Клебер погиб в стычке с разъездом мамлюков. Сменивший его генерал Жан Франсуа де Мену, принявший мусульманство и женившийся на египтянке, а потому подписывавшийся Абдалла Мену, держался еще в течение года. Наконец 20 марта 1801 года французы были разбиты при Абукире 18-тысячной англо-турецкой армией генерала Ральфа Аберкромби, павшего в этом сражении. В июле и августе союзники заняли Александрию и Каир. 31 августа 1801 года Мену капитулировал. По условиям соглашения он с 26-тысячным войском вернулся во Францию на британских судах, сохранив оружие и знамена.

Еще в 1798 году английская дипломатия создала вторую антифранцузскую коалицию из Англии, Австрии, России, Турции, Испании и Неаполитанского королевства.

В июле 1798 года командующий российским Черноморским флотом вице-адмирал Ф. Ф. Ушаков получил приказ идти в Константинополь для соединения с турецким флотом. 13 июля он вышел в море с эскадрой из 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 посыльных судов, с 792 орудиями, 7406 членами экипажа и 1700 солдат десанта. 23 августа Ушаков прибыл к Босфору, а 26-го получил разрешение на свободный проход через проливы и обязательство Турции снабжать его эскадру всем необходимым. 30 августа под команду Ушакова поступила еще и турецкая эскадра.

Объединенному русско-турецкому флоту было поручено овладеть Ионическими островами, ранее захваченными французами. 28 сентября Ушаков подошел к Ионическим островам. К началу ноября ему удалось установить контроль над четырьмя небольшими островами Цериго, Занте, Кефалония и Санта-Мавра. Теперь необходимо было захватить главный остров Ионического архипелага – Корфу. На острове было две крепости с 650 орудиями и 3 тысячами солдат гарнизона. 8 ноября Корфу был блокирован русско-турецкой эскадрой. Осада продолжалась три с половиной месяца. Как осажденные, так и осаждающие несли основные потери от болезней, а не от ядер и пуль. В середине февраля 1799 года на корабли союзников был переброшен турецкий экспедиционный корпус. Главный удар решено было нанести по острову Видо, прикрывавшему главную крепость.