Это также означало, что католические подданные Елизаветы больше не были связаны клятвой верности, а оппозиция больше не являлась изменой. Краткосрочное воздействие буллы оказалось минимальным, однако долговременные последствия стали огромными.

Елизавета использовала возможность преследования остатков сил Северного восстания, послав Хансдона с карательной армией в Шотландию. Он достиг значительного успеха в грабежах и разрушениях, завершив кампанию сражением с Дейкром. Считается, что это заставило саму Елизавету обратиться к стихосложению:

Качество этого стихотворения невысоко по сравнению с тем, на что она была способна. Кампания Хансдона дала, однако, Шотландии знать, что было бы разумнее оказать искреннюю поддержку приемлемому для Елизаветы регенту. К несчастью, в июне Шотландия снова была на грани гражданской войны между сторонниками Леннокса — партией короля и теми, кто поддерживал Марию, — партией королевы.

Лесли был освобожден из своего заключения в доме епископа Лондонского и нанес визит Марии в надежде, что сможет отправиться в Рим и начать юридические процедуры, необходимые для аннулирования брака королевы с Босуэллом. Ему были даны инструкции встретиться с испанским послом и сказать ему: «Если его господин поможет мне, я через три месяца стану королевой Англии и по всей стране зазвучит месса». Мария также рекомендовала Норфолку Лесли как верного слугу. Саму королеву в конце мая перевели в более комфортабельный Чатсуорт, там она охотилась в хорошую погоду и вышивала в плохую. В июле начали проявляться первые внешние признаки того, что вынужденное воздержание от физических упражнений подрывало ее здоровье: Мария жаловалась, что у нее опять начались боли в боку из-за того, что новое платье «слишком тесно». Другими словами, Мария Стюарт опять набрала вес.

Мария по-прежнему не могла избавиться от интриг безумных романтиков, и следующим в череде странствующих рыцарей стал Джон Холл. Холл был уроженцем Уорикшира, получил образование в судебных иннах и служил у графа Шрусбери. Совершенно не зная графа и Марию, которую он никогда не видел, Холл отправился на остров Уайт и даже в Уиторн и Дамбартон, чтобы прозондировать возможность побега. Во всех упомянутых местах он встретил осторожную поддержку его идее в принципе, если не на практике. Он нашел полных энтузиазма союзников во Фрэнсисе Роллстоне и его сыне Джордже, а 28 июля к заговору присоединился сэр Томас Джерард, местный землевладелец-католик, хотя Холла предупреждали: Джерард может «говорить слишком свободно». На этой стадии заговорщики предполагали увезти Марию на остров Уайт через Ливерпуль, а потом — в другое, неназванное место. Джерард, в свою очередь, завербовал сэра Томаса и сэра Эдварда Стенли. Теперь уже всем было ясно, что в планы заговорщиков вовлечено слишком много людей, к тому же не все они были надежными, однако Холл и Ролстон были слишком большими романтиками, чтобы обращать внимание на такие практические детали. 3 августа, в пять часов утра, на высоком холме неподалеку от Чатсуорта они встретились с камергером двора Марии Джоном Битоном. Сэр Томас Стенли замыслил вывести Марию из Чатсуорта через окно и укрыть ее в близлежащем лесу. Мария проявила разумную осторожность относительно безумного плана и через Битона спросила об именах заговорщиков и деталях их плана, а также об использовавшихся ими шифрах и о том, куда ее увезут. Более всего она желала гарантий собственной безопасности, которых явно не могла получить, однако все детали были должным образом записаны, зашифрованы и переданы Битону во время еще одной встречи на холме, состоявшейся двумя неделями позже.

Через два дня Роллстон сообщил детали заговора Томасу Стенли, который «даже не прочел письмо, но немедленно разорвал в клочья и его, и шифр, сказав: мы все погибли». Заговорщики скрылись, а затем попытались бежать, однако их преследовала неудача. Роллстон 2 марта 1571 года бежал на остров Уайт, к 27 мая он через Дамбартон добрался до Лондона, а Холл был захвачен в Дамбартоне 2 апреля 1571 года. Все остальные заговорщики тоже были арестованы. 15 июля Стенли отрицал все, однако просил прощения у королевы за то, что не предпринял никаких действий против Холла. 20 июля Фрэнсис Роллстон признал, что доставлял зашифрованные послания, встречался с Битоном и знал некоторые детали заговора, но утверждал, что никогда не встречался с епископом Росским, и «умолял о прощении во имя своего возраста, болезни и бедности и неспособности выдержать тяготы тюремного заключения». Сам Холл рассказал о планах заговорщиков: «Я никогда не слышал ничего определенного о том, как освободить королеву Шотландии; предполагалось, что ее освободят во время охоты или поездки верхом». Битон «от имени своей госпожи, королевы», заявлял, что умолял их «отказаться от этого и отверг их планы». Стенли не был первым, кто придумал освободить королеву Шотландии, и никогда не имел намерения воплотить планы в жизнь. Все они должны были умереть смертью изменников, и Холл действительно был казнен, однако остальным вынесли мягкие приговоры, вероятно из-за их полной некомпетентности, сэр Томас Джерард провел в Тауэре всего два года.

16 июля 1570 года Леннокса наконец утвердили в качестве нового регента Шотландии. Он был «обременен тяжелыми и опасными обязанностями государственного управления». Летингтон подытожил для Марии состояние дел в Шотландии, где ее сторонники находились в растерянности. Мария обещала Елизавете, что они не превратятся в вооруженную оппозицию, но противоборствовавшие партии справедливо опасались встречаться друг с другом безоружными. Летингтон и Аргайл «никак не могли решить, как себя вести». Киркалди из Грэнджа все еще удерживал Эдинбургский замок, где хранилась большая часть драгоценностей Марии, в частности «ее золотая и серебряная утварь», наряды и мебель. Летингтон послал лорда Сетона вместе со своим братом Томасом Мейтлендом к Альбе в Нидерланды, а затем во Францию. Он надеялся получить помощь для возвращения Дамбартона, который был захвачен Хансдоном от имени Елизаветы.

Норфолк поклялся отказаться от любого контакта с Марией и в августе 1570 года был освобожден из Тауэра, где разразилась вспышка чумы, и отправлен под домашний арест. В письме Джону Лесли, епископу Росскому, Летингтон написал, что это лучшие новости, на какие он мог надеяться, не считая восстановления Марии на престоле или же вести о том, что «королева Англии отправилась к праотцам». Он также сослался на более раннее письмо епископу, в котором шла речь о возможном побеге Марии — возникли планы увезти ее «за западные моря», но точная цель не была определена, — и Норфолк умолял его быть осторожным: «Я смертельно боюсь коварства ее врагов, которые не постесняются предложить увезти ее, а затем заманить в ловушку и так привести в исполнение свои злобные намерения в отношении нее». Его осторожность была оправданна.

Елизавета опять попробовала решить проблему положения Марии путем переговоров. В октябре Сесил и сэр Уолтер Майлдмэй отправились в Чатсуорт с проектом договора об урегулировании. В нем не было никаких новых уступок со стороны Елизаветы, но предполагалось, что Шотландия вернется к состоянию, в котором находилась до сражения при Карберри (15 июня 1567 года). Марию неизбежно просили ратифицировать Эдинбургский договор и отправить Якова на воспитание в Англию. Можно и не говорить, что, хотя обсуждения продолжались в Чатсуорте, а затем в Лондоне и обе стороны вплоть до середины 1571 года посылали своих представителей на переговоры, никакого соглашения достигнуто не было. Они, однако, создали впечатление, что Елизавета желает мирных переговоров: она могла утверждать, что все ее мирные предложения были отвергнуты ее неблагодарной кузиной. Тем не менее Сесил встретился лицом к лицу со своим заклятым врагом — Марией и нашел, что она «по натуре мягкая и податливая и склонна подчиняться тому, кому доверяет». Лесли сообщил Норфолку, что Сесил «потрудится» для того, чтобы устроить встречу двух королев. Сесил, казалось, благоволил браку Марии и Норфолка, но говорил, что, по мнению королевы, если эта пара поженится, то «окажется слишком влиятельной».